| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,991,239 | G→T | 6.7% | intergenic (‑108/+121) | PP_4399 ← / ← bkdR | glutamine synthetase/Bkd operon transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,991,239 | 0 | G | T | 6.7% | 241.2 / 5.7 | 75 | intergenic (‑108/+121) | PP_4399/bkdR | glutamine synthetase/Bkd operon transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/36); new base T (3/2); total (37/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
TGCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATCCTTGTGCCGGCGCCGCCCCCTACTCCCGCAAGGTCATGCCAT > NC_002947/4991094‑4991382 | tGCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGac > 4:39609/1‑148 (MQ=255) gCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGacaa > 8:267685/1‑149 (MQ=255) gCAGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGacaa > 6:50242/1‑149 (MQ=255) cctccgaccGCCTTCGAGGACGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGACCGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCCGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGacaa < 8:336766/144‑1 (MQ=255) aGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGacaac > 8:354003/1‑148 (MQ=255) aGACGACGGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGacaac > 2:655/1‑148 (MQ=255) acgacgGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGacaacaac < 3:39609/149‑1 (MQ=255) acgGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATa < 3:328408/149‑1 (MQ=255) acgGCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGATCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATa < 6:57676/149‑1 (MQ=255) ggCCTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAgg > 3:346613/1‑149 (MQ=255) ccTTCGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCt > 8:353999/1‑149 (MQ=255) cGAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGc < 7:353999/147‑1 (MQ=255) gAGGAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCggg > 5:246095/1‑149 (MQ=255) gAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGATCGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGGAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGgtgt < 2:324857/149‑1 (MQ=255) gAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGgtgt < 1:48724/149‑1 (MQ=255) gAAGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGgtgt > 2:48724/1‑149 (MQ=255) aaGCCTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGGTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGtt < 1:249833/149‑1 (MQ=255) ccTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCaa < 2:208434/149‑1 (MQ=255) cTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTCAGCCTacaacaacaa < 4:30749/131‑2 (MQ=255) cTTCGGCGGTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTCAGCCTacaacaacaa > 3:30749/1‑130 (MQ=255) cggcggTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCaaaa < 4:346613/147‑1 (MQ=255) gcggTCATCACCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAatat > 3:373493/1‑148 (MQ=255) atcaCCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAagcag > 2:40731/1‑149 (MQ=255) atcaCCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAagca < 5:50242/148‑1 (MQ=255) tcaCCTTGCCGCGCTGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGGTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAagcagc < 5:321954/149‑1 (MQ=255) tcaCCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAagcagc > 2:190467/1‑149 (MQ=255) tcaCCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAagcagc < 2:167517/149‑1 (MQ=255) aCCTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCt < 4:373493/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTCAGCCTacaacaacaag < 2:55244/117‑3 (MQ=255) ccTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTCAGCCTacaacaacaag > 1:55244/1‑115 (MQ=255) cTTGCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTAt > 2:159722/1‑149 (MQ=255) gCCGCGCGGAACGCCGTTGTGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTAtt < 3:32905/147‑1 (MQ=255) gCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCATTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTAtt < 5:52275/147‑1 (MQ=255) gCCGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTgg > 7:289135/1‑149 (MQ=255) ccGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGacaa < 5:147883/105‑1 (MQ=255) ccGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGacaa > 6:147883/1‑105 (MQ=255) ccGCGCGGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTgcg > 1:139908/1‑147 (MQ=255) gcgcgGAACGCCGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTg > 2:125019/1‑149 (MQ=255) cGTTGAGGTCGGTGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAagca < 7:275653/126‑1 (MQ=255) cGTTGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAagca > 8:275653/1‑126 (MQ=255) tGAGGTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCctc > 1:55601/1‑149 (MQ=255) ggTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCtt < 1:655/148‑1 (MQ=255) gTCGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTcg > 1:297853/1‑149 (MQ=255) cGGGGGTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCACTTagcg > 1:214192/1‑149 (MQ=255) gggggTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 7:354003/149‑1 (MQ=255) gggTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt < 4:321190/149‑1 (MQ=255) gggTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt < 8:289135/149‑1 (MQ=255) gggTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt < 6:231549/149‑1 (MQ=255) gTGACGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCgggag > 2:121758/1‑146 (MQ=255) cGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCt < 4:120634/123‑1 (MQ=255) cGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCt > 3:120634/1‑123 (MQ=255) cGCATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAAccc < 1:190467/149‑1 (MQ=255) cATTCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCcgc > 6:202380/1‑149 (MQ=255) ttCGATTTCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCgcgc < 6:246095/149‑1 (MQ=255) tttCGTCGATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTa > 6:126140/1‑147 (MQ=255) tcgtcgATGCCCTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAg < 1:40731/148‑1 (MQ=255) ccTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGAt > 4:9935/1‑149 (MQ=255) ccTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTAGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGAt > 1:220406/1‑149 (MQ=255) cTGGAGCTGAGCAGTGCTCATGACGCTTGTCCTTGTTGTTGTAGGCTGACAACAACATAGGCTGCGGGTGTTCAAAATATCAAGCAGCCTATTGGGTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCGCCTACAGGTGGATGCGATc > 2:225509/1‑149 (MQ=255) 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NC_002947/4991094‑4991382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |