Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,168,181 | C→G | 7.3% | intergenic (‑302/‑202) | hrpA ← / → PP_4547 | ATP‑dependent helicase HrpA/glutamine synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,168,181 | 0 | C | G | 7.3% | 169.7 / 4.3 | 55 | intergenic (‑302/‑202) | hrpA/PP_4547 | ATP‑dependent helicase HrpA/glutamine synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/20); new base G (2/2); total (33/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.84e-01 |
CGTGGTGCTTTCAACACGAATGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCGGCCAGCGTCTGGCCGTTT > NC_002947/5168037‑5168324 | cGTGGTGCTTTCAACACGAATGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGaa < 1:139585/149‑1 (MQ=255) tggtgCTTTCAACACGAATGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAgg < 1:341862/149‑1 (MQ=255) tggtgCTTTCAACACGAATGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAgg > 7:174269/1‑149 (MQ=255) tgCTTTCAACACGAATGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCATACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGGTAGCGAAgggcg < 4:347977/149‑4 (MQ=255) cTTTCAACACGAATGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGGTAGCGAAgggcgg < 4:89865/148‑5 (MQ=255) acGAATGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGc < 6:230595/149‑1 (MQ=255) gAATGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCg < 2:247022/149‑1 (MQ=255) aaTGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCgg < 7:291743/149‑1 (MQ=255) tGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCgggg < 7:160196/149‑1 (MQ=255) ttAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGaa > 3:353741/1‑148 (MQ=255) aGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAAt > 3:138205/1‑149 (MQ=255) ccAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATcc > 8:218950/1‑149 (MQ=255) ccAAGTGCAATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATcc > 7:290952/1‑149 (MQ=255) gATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAATGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTcc < 4:270754/149‑1 (MQ=255) gATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTc > 2:278315/1‑148 (MQ=255) aTGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCCCCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCca > 2:333920/1‑149 (MQ=255) aGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGCCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCAcatcat > 8:348138/1‑149 (MQ=255) gTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATcc < 6:314309/149‑1 (MQ=255) gCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTc < 8:290952/148‑1 (MQ=255) cATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTACCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGCGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCAACCTCgac > 8:90869/1‑147 (MQ=255) tGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTggg > 4:109063/1‑149 (MQ=255) aTCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTtgtg < 1:278315/149‑1 (MQ=255) cTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTg > 2:174385/1‑149 (MQ=255) gccgcATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGt > 5:185543/1‑148 (MQ=255) gccgcATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGt > 4:73574/1‑148 (MQ=255) cgcATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCAc < 6:273703/149‑1 (MQ=255) gtgAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCAcgcgcg > 2:215743/1‑149 (MQ=255) aTCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCATCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGGCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCAcc > 1:97169/1‑149 (MQ=255) tCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCg > 4:356183/1‑149 (MQ=255) cAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGTCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCgg > 1:117534/1‑149 (MQ=255) aaaGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGa > 5:386063/1‑149 (MQ=255) aaaGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGa < 8:174269/149‑1 (MQ=255) aaaGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACAGTCGTCCCCCCCTACCCAACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCCCTGGTCCCCATCATCCTCGCCGTCTGGGCCTTTTGGCACGGCCGTCACGCGCGCCCACCCGa > 8:326204/1‑149 (MQ=255) tGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCg < 1:333920/149‑1 (MQ=255) cTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTc < 7:218950/149‑1 (MQ=255) tCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATACTCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGCCACTTCGCTCa > 6:83740/1‑149 (MQ=255) tCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCGTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATGCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCCCTGCCGTCACGCCCGCCCACCGGACACTTCGCtac > 3:288977/1‑147 (MQ=255) ccGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACg > 3:67033/1‑149 (MQ=255) cGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGc < 4:138205/149‑1 (MQ=255) cagcccaTCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGTCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCAtt < 2:117534/149‑1 (MQ=255) agcccaTCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATtg > 8:89378/1‑149 (MQ=255) gcccaTCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATtgt < 3:109063/149‑1 (MQ=255) cccaTCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCGGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCGCCCGCCATtgtg > 7:59382/1‑149 (MQ=255) aTCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCCCCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGAc > 5:19265/1‑148 (MQ=255) aTCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGAcc < 4:353741/149‑1 (MQ=255) ccACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAAccc > 5:172153/1‑149 (MQ=255) cACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACCCTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCg > 2:278614/1‑149 (MQ=255) aCCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCgg > 1:39106/1‑149 (MQ=255) cgtcgtCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGTCACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCGGcc > 7:216110/1‑149 (MQ=255) tccgggccTTCGGTAGCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCCCATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCGGCCAGCGt > 6:233976/7‑149 (MQ=255) tcCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCGGCCAGCGt > 6:229363/1‑149 (MQ=255) gggccTTCGGTAGCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTAGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCGGCCAGCGTCTg > 3:36850/4‑149 (MQ=255) ttCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCGGCCAGCGTCTGGCCGt > 8:257253/1‑149 (MQ=255) cGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCGGCCAGCGTCTGGCCGt < 1:278614/147‑1 (MQ=255) gCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGTCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCGGCCAGCGTCTGGCCGttt < 7:326204/148‑1 (MQ=255) | CGTGGTGCTTTCAACACGAATGTTTAGCCAAGTGCGATGTAAAGGTTGCCATTCACTGCTTTAATCAACCTTACGCCGCATGTGAGTATCAAAGGCATGACTCCCGCCCAGCCCATCGCCCCACCGTCGTCCCGCCCTTCGCTACCGAAGGCCCGGAGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCTGGTCCACATCATCCTCGCCTTCTGGGCCTTGTGGCACTGCCGTCACGCGCGCCCACCGGACACTTCGCTCACGCCATTGTGACCAAACCCGGCCAGCGTCTGGCCGTTT > NC_002947/5168037‑5168324 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |