| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,920,571 | C→G | 10.7% | P386R (CCC→CGC) | PP_5190 → | type II secretion system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,920,571 | 0 | C | G | 10.7% | 165.1 / 9.8 | 56 | P386R (CCC→CGC) | PP_5190 | type II secretion system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/31); new base G (3/3); total (22/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
ATCCTGGTCACCGGCCCCACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATCCGCGACCGCGAAACCGCTCTGGTGGCGGTGCAGGCAGCGCTGACCGGGCACCTGGTGCTATCGACCCT > NC_002947/5920423‑5920718 | atcCTGGTCACCGGCCCCACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGcc > 5:297360/1‑149 (MQ=255) gTCACCGGCCCCACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGGGCAGCCCGCGCt < 5:237600/149‑1 (MQ=255) tCACCGGCCCCACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTg < 2:123611/149‑1 (MQ=255) aCCGGCCCCACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGa < 2:368994/149‑1 (MQ=255) aCCGGCCCCACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTCCAGCGCGGGCTgcg > 5:70098/1‑147 (MQ=255) gCCCCACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTCCAGCGCGGGCTGCACCTg < 6:70098/149‑1 (MQ=255) ccccACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTgg < 8:86175/149‑1 (MQ=255) ccACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTgggg < 2:264582/149‑1 (MQ=255) cACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGt < 5:248847/149‑1 (MQ=255) ggCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGc < 8:8525/149‑1 (MQ=255) cTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACTCCAGCCTCAAACTGCTGGCGACACGACAGGTCAAGCTGTGCACCATCGTAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTggct < 4:82769/149‑4 (MQ=255) cGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAAcg > 2:361396/1‑149 (MQ=255) cGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAAc < 1:351985/148‑1 (MQ=255) 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5:77227/149‑1 (MQ=255) ccAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCaa < 4:176360/149‑1 (MQ=255) cTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGAccc > 6:85340/1‑149 (MQ=255) tCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGACGCCCGCGCTGGCACTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTTCGCCAAGAcacc > 8:159940/1‑149 (MQ=255) tCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTCCAGCGCGGGCTGCACCt > 5:387646/1‑106 (MQ=255) tCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTCCAGCGCGGGCTGCACCt < 6:387646/106‑1 (MQ=255) gCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGAcatcatc < 4:215596/147‑1 (MQ=255) cacaccacaGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGa > 5:180557/1‑149 (MQ=255) cacaGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGc > 2:277726/1‑149 (MQ=255) aGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGa > 4:36026/1‑148 (MQ=255) tCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATc > 2:383768/1‑149 (MQ=255) aCCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGc > 8:112678/1‑132 (MQ=255) aCCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGc < 7:112678/132‑1 (MQ=255) aCCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATccgcgaccgcga < 1:277726/149‑1 (MQ=255) aCCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATccgcgaccgcg > 6:109930/1‑148 (MQ=255) aTCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATCCGCGACCGCGAAAc < 1:298003/149‑1 (MQ=255) aTCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATCCGCGACCGCGAAAc < 4:120804/149‑1 (MQ=255) aTCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATCCGCGACCGCGAAAc > 7:164090/1‑149 (MQ=255) 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gTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATCCGCGACCGCGAAACCGCTCTGGTGGCGGTGCAGGCAGCGCTGACCGGGCACCTGGTGCTATc < 6:182349/149‑1 (MQ=255) ctGCGGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGG‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATCATCGGCGAAATCCGCGACCGCGAAAc < 2:176615/100‑1 (MQ=255) gCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCg < 7:166765/80‑1 (MQ=255) gCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCg > 8:166765/1‑80 (MQ=255) cccGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATCCGCGACCGCGAAACCGCTCTGGTGGCGGTGCAGGCAGCGCTGACCGGGCACCTGGTGCTATCGACCCt > 6:157444/1‑149 (MQ=255) | ATCCTGGTCACCGGCCCCACCGGCTCCGGCAAGACCAGCACGCTGTACACCAGCCTCAAACTGCTGGCCACACCACAGGTCAACCTGTGCACCATCGAAGACCCGATCGAGCGCCTGGAGCCAGCCTTCAACCAGTTGCAGGTGCAGCCCGCGCTGGACCTGGGGTTTGCCAACGCGGT‑CAGGGCCATGCTGCGCCAAGACCCCGACATCATCATGATCGGCGAAATCCGCGACCGCGAAACCGCTCTGGTGGCGGTGCAGGCAGCGCTGACCGGGCACCTGGTGCTATCGACCCT > NC_002947/5920423‑5920718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |