Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 465,442 | A→G | 7.1% | L124L (TTG→CTG) | PP_0384 ← | AsnC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 465,442 | 0 | A | G | 7.1% | 155.2 / 2.7 | 56 | L124L (TTG→CTG) | PP_0384 | AsnC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/27); new base G (2/2); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 |
CCCGCTCCTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTGATCCCGACA > NC_002947/465299‑465590 | cccGCTCCTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAGCTgga > 8:306453/1‑147 (MQ=255) ccGCTCCTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATc > 1:308403/1‑149 (MQ=255) cTCCTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAg < 2:163874/149‑1 (MQ=255) ccTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAgct > 2:281563/1‑149 (MQ=255) tACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAgctgc > 6:335119/1‑149 (MQ=255) aCAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAgctgct > 5:217943/1‑149 (MQ=255) ccGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCgac < 2:271080/149‑3 (MQ=255) ccGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCggg < 2:347761/149‑1 (MQ=255) gCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGc > 5:332554/1‑147 (MQ=255) gCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCg > 2:158204/1‑148 (MQ=255) gCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGa < 5:38270/149‑1 (MQ=255) cTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCgaccagat < 7:306453/149‑8 (MQ=255) gATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCCCCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTAc > 7:150857/1‑149 (MQ=255) gATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTAc < 8:25580/149‑1 (MQ=255) ccccACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGc > 3:68558/1‑149 (MQ=255) cccACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGc > 7:101548/1‑148 (MQ=255) cccGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGc < 5:145165/149‑1 (MQ=255) ccGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGc > 5:354858/1‑148 (MQ=255) cGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGa > 2:98573/1‑149 (MQ=255) gAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGAc < 1:158204/149‑1 (MQ=255) cAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTc < 6:217943/149‑1 (MQ=255) gCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTAc < 1:325696/128‑1 (MQ=255) gCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTAc > 2:325696/1‑128 (MQ=255) cccGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTc > 5:155613/1‑146 (MQ=255) cccGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTc < 6:155613/146‑1 (MQ=255) cACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGcaca > 3:107440/1‑148 (MQ=255) gTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACTTAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAgct < 6:332554/149‑1 (MQ=255) cACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTAGGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAgctgc < 1:281563/148‑1 (MQ=255) gctgctGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCt > 4:45880/1‑149 (MQ=255) ctgAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGTTCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGcc > 1:329960/1‑149 (MQ=255) ctgAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGAc > 8:119710/1‑104 (MQ=255) ctgAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGAc < 7:119710/104‑1 (MQ=255) ctgAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTgg < 6:354858/147‑1 (MQ=255) agaATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGccc < 6:183487/147‑1 (MQ=255) gaATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATg < 4:68558/149‑1 (MQ=255) gaATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATg < 4:107440/149‑1 (MQ=255) tCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGTTCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTc < 2:329960/149‑1 (MQ=255) gACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCa < 6:216989/148‑1 (MQ=255) tctcCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGcaccac < 8:14451/148‑1 (MQ=255) tctcCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGcaccac < 3:241019/148‑1 (MQ=255) ccccGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTg > 8:15497/1‑149 (MQ=255) cccGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGc > 4:56274/1‑149 (MQ=255) ccGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTg > 7:166933/1‑147 (MQ=255) ccGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGcc < 5:335119/149‑1 (MQ=255) ccGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGcc > 1:92195/1‑149 (MQ=255) ccGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAAATCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTCGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGcc > 7:51990/1‑149 (MQ=255) cGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCg < 8:101548/149‑1 (MQ=255) acacTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCAc > 1:100882/1‑104 (MQ=255) acacTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCAc < 2:100882/104‑1 (MQ=255) cTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTgg < 2:308403/149‑1 (MQ=255) ccAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCGCACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTc > 5:114630/1‑114 (MQ=255) ccAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCGCACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTc < 6:114630/114‑1 (MQ=255) gTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTg < 2:381013/148‑1 (MQ=255) gTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTg < 3:56274/148‑1 (MQ=255) tCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACCGCTGCTGCACCTGGCCGATGGCCCTCAGGCGCCGCCCCACGTCCTTGCCGGAGTGTGGCGGCACCTTGAt > 6:368393/1‑149 (MQ=255) ccGAGCAGCTGGATCAGTTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTGAt > 2:301703/2‑149 (MQ=255) aaCTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTGATCCCGAc < 2:92195/149‑1 (MQ=255) aCTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTGATCCCGACa > 1:277823/1‑149 (MQ=255) | CCCGCTCCTACAACCGGCCTCATCGATAACCCCACCCGAGCGCCAGCCCGTTCAAAGCGGCTGTCCACGGTCCACCTTGCTGCTGAGAATGATCGACGTGGTGGTTTTCTCCACCCCGTCGACACTGCCAATCTGGTCGAGCAACTGATCCAGCTGCTCGGGCGAGTCCGTACGCAGCCAGGCGACATAGTCGAATTCGCCGCTTACCGCACACAGCTGCTGCACCTGGCCCATGGCACTCAGGCGCCGCACCACGTCCTTGCCGGAGCGTGGCTGCACCTTGATCCCGACA > NC_002947/465299‑465590 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |