| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,064,030 | A→G | 7.4% | N121S (AAC→AGC) | ubiA → | 4‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,064,030 | 0 | A | G | 7.4% | 189.5 / 3.3 | 66 | N121S (AAC→AGC) | ubiA | 4‑hydroxybenzoate octaprenyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/34); new base G (2/3); total (29/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGACTTTGCCGACCGCAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGC > NC_002947/6063885‑6064172 | aaCGACTTTGCCGACCGCAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGTTGGTGCACAGCACCAGCa < 4:208276/148‑1 (MQ=255)aaCGACTTTGCCGACCGCAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCACAGCACCAGCa < 3:316767/148‑1 (MQ=255) aCGACTTTGCCGACCGCAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGc > 6:273678/1‑149 (MQ=255) gACTTTGCCGACCGCAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCACAGCACCAGCa > 4:88504/1‑145 (MQ=255) gACTTTGCCGACCGCAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCACAGCACCAGCa < 3:88504/145‑1 (MQ=255) cGACCGCAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCt > 7:177882/1‑149 (MQ=255) aCCGCAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTgg < 3:137753/149‑1 (MQ=255) cAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGt > 7:350133/1‑149 (MQ=255) cAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGt > 2:318921/1‑149 (MQ=255) cAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGt < 5:59598/149‑1 (MQ=255) aaGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTc < 5:241905/149‑1 (MQ=255) ggTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGt > 3:380103/1‑149 (MQ=255) ggTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCAGACAGTGCGGCTGttgg < 1:247512/149‑4 (MQ=255) ggCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGc > 6:139860/1‑149 (MQ=255) ggCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGc > 4:281419/1‑149 (MQ=255) ggCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGc > 5:54915/1‑149 (MQ=255) ggCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGc < 1:237928/149‑1 (MQ=255) ccACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAg < 2:77447/120‑1 (MQ=255) ccACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAg > 1:77447/1‑120 (MQ=255) aCGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTg < 6:40278/149‑1 (MQ=255) 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cagACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCTCCAACAGCCGCTCTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGGGTTCTGc > 4:358658/1‑149 (MQ=255) aCCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTAc > 5:313915/1‑149 (MQ=255) gCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCg < 7:90567/149‑1 (MQ=255) cccTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGtt < 5:64181/149‑1 (MQ=255) cTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCa < 8:177882/149‑1 (MQ=255) cTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCa > 1:56102/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCa < 6:304743/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCAt < 3:281419/147‑1 (MQ=255) ggCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGGGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCAt < 8:219120/147‑1 (MQ=255) aGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTAccc > 8:281664/1‑137 (MQ=255) aGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTAccc < 7:281664/137‑1 (MQ=255) aGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAgcg < 4:380103/149‑1 (MQ=255) ggTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACct < 5:273678/149‑1 (MQ=255) ggCCACGCGAGGTGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACctact < 1:379978/147‑1 (MQ=255) ggCCACGCGAGGTGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACctact > 2:379978/1‑147 (MQ=255) ggCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCtactac < 1:57795/149‑1 (MQ=255) ggCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCtactac < 2:171358/149‑1 (MQ=255) gcACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTAccc > 6:283187/2‑149 (MQ=255) aGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAggtg < 6:1944/149‑1 (MQ=255) gcTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGc > 5:99931/1‑149 (MQ=255) tGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAg < 7:43930/119‑1 (MQ=255) tGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAg > 8:43930/1‑119 (MQ=255) 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aGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCAt < 6:54915/149‑1 (MQ=255) tgcggctgttgGTGCACAGCACCAGCAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATg > 7:353451/6‑149 (MQ=255) tttCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATgg > 7:300119/1‑149 (MQ=255) tttCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATgg > 3:362465/1‑149 (MQ=255) tttCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATg < 6:313915/148‑1 (MQ=255) tCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGc < 3:373844/148‑1 (MQ=255) ctgctgGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCttt > 3:266732/1‑149 (MQ=255) ctgctgGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCttt < 5:283187/149‑1 (MQ=255) ctgctgGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCtt < 8:350133/148‑1 (MQ=255) ctgGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTca < 7:106720/148‑1 (MQ=255) tgGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTcc > 7:352264/1‑146 (MQ=255) tgtgCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCt > 4:177078/1‑149 (MQ=255) cACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGc < 7:32443/148‑1 (MQ=255) | AACGACTTTGCCGACCGCAAGGTTGACGGCCACGTCAAGCGCACAGCAGACCGCCCCTTGGCCAGCGGCCGGGTGCGGCCACGCGAGGCGCTGACACTGTTCGCGATTCTGGTCGGGGTGAGTTTCCTGCTGGTGCTGTGCACCAACAGCCGCACTGTCTGGCTGTCGTTCGGGGCGGTGGCCTTGGCGTTCTGCTACCCGTTCATGAAGCGCTACACCTACTACCCGCAGGTGGTGCTGGGGGCGGCGTATTCGTGGGGCATTCCCATGGCTTTCACAGCCGCTGGC > NC_002947/6063885‑6064172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |