Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 563,006 | C→G | 6.7% | P30R (CCT→CGT) ‡ | rpoA → | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 563,006 | 0 | C | G | 6.7% | 326.0 / 9.5 | 101 | P30R (CCT→CGT) ‡ | rpoA | DNA‑directed RNA polymerase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/49); new base G (2/5); total (47/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TCAACGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGACGTAA > NC_002947/562858‑563152 | tCAACGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGcc > 2:362215/1‑149 (MQ=255) aCGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCctct > 1:194083/1‑149 (MQ=255) gAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCtctc > 3:253544/1‑148 (MQ=255) aaaaCCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGa < 5:294410/149‑1 (MQ=255) ccTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGt < 6:7489/149‑1 (MQ=255) ccTGATTGGCCATCTCTACTCCTAGTAATGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAATTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGAAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGt < 2:330889/149‑1 (MQ=255) cTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTg < 3:154823/149‑1 (MQ=255) cTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGAGGCTCGAGCGt > 8:295088/1‑148 (MQ=255) gATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGt > 3:254671/1‑149 (MQ=255) aTTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGAGGCTCGAGCGtaa < 7:295088/147‑3 (MQ=255) ttGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGtt < 1:362215/148‑1 (MQ=255) ttGTAGAGCTCAACTCCAAGTAAGCGCTAGAAAATAGGTGGATCCATGCAGATGTCCGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGAGGCTCGAGCGtaattt < 7:302778/149‑6 (MQ=255) tCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGACAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTCGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCg < 7:278833/148‑1 (MQ=255) tCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAACTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCC‑AAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCgg < 8:357112/148‑1 (MQ=255) tCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCATAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCg < 1:47969/148‑1 (MQ=255) gAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCTCATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTg > 1:123540/1‑140 (MQ=255) gAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTg < 2:123540/140‑1 (MQ=255) ctctACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCGAAACCACGCTCGAGAGGCTCGAGCGTAATTTTGGcgcgg < 6:277085/149‑5 (MQ=37) ctctACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCGAAACCACGCTCGAGAGGCTCGAGCGTAATTTTGGcgcgg < 2:69151/149‑5 (MQ=37) tctACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATAc > 3:351847/1‑149 (MQ=255) tctACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATAc > 8:121232/1‑149 (MQ=255) ctACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATAcc > 7:348332/1‑149 (MQ=255) cAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTggg > 6:153224/1‑148 (MQ=255) aaGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGc > 1:177621/1‑148 (MQ=255) aaGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGc > 2:66404/1‑148 (MQ=255) gTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAAc > 6:340307/1‑149 (MQ=255) gCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTg > 7:209843/1‑149 (MQ=255) gCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTg > 7:148788/1‑149 (MQ=255) gCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTg < 2:247547/149‑1 (MQ=255) tAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATc < 8:348332/149‑1 (MQ=255) gTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtg > 4:166894/1‑149 (MQ=255) gCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgtt > 1:45768/1‑149 (MQ=255) cATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgtt < 4:253544/148‑1 (MQ=255) cATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgtt < 2:231412/148‑1 (MQ=255) ccATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTgg > 3:273843/1‑120 (MQ=255) aTGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGtcctc > 2:388542/1‑149 (MQ=255) gATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGc > 5:321598/1‑149 (MQ=255) ggTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCt < 4:315008/149‑1 (MQ=255) ggTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCt > 2:19805/1‑149 (MQ=255) tAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCTGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCGTGGCtgt < 6:124777/149‑1 (MQ=255) tAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCtgt > 8:243355/1‑149 (MQ=255) aaTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCtgtg < 1:19805/148‑1 (MQ=255) aTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAATGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCtgtg > 4:303112/1‑147 (MQ=255) aTGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCa < 7:121232/149‑1 (MQ=255) tGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCtgtg > 2:147505/1‑146 (MQ=255) tGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCag < 6:321598/149‑1 (MQ=255) tGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCa < 1:147505/148‑1 (MQ=255) aGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCagta < 1:66404/149‑1 (MQ=255) ccTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTc > 4:183463/1‑148 (MQ=255) ccTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTc > 1:196275/1‑148 (MQ=255) cTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAACGTCGTTTCGGCAAAACCCTGGGCAACGCTCTGCGCCGCAAACAGTTGTCCTCCATGCCTCGCTGTGCAGTAGTCGa > 6:344806/1‑149 (MQ=255) tGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAg > 2:252046/1‑149 (MQ=255) aCTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGc < 4:100639/149‑1 (MQ=255) aCTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGc > 6:166273/1‑149 (MQ=255) aCTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGc > 8:202350/1‑149 (MQ=255) tCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGcc > 2:62335/1‑148 (MQ=255) cccGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGcc > 3:281542/1‑146 (MQ=255) gggCCACATTGATGTTCAGGTAGTCAGTCCGAGCCGCGCCAAATTTACGCTCGAGCGTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCTTACCCTGGGGAAGGGGCTGCGCCGCATCGTGTTGTCCTCGATGGCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCgaga < 5:344806/147‑1 (MQ=255) cGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGcc > 6:36695/1‑144 (MQ=255) caTTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATg < 4:254671/149‑1 (MQ=255) caTTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATg < 7:67328/149‑1 (MQ=255) ttGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGc > 1:144749/1‑119 (MQ=255) ttGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGc < 2:144749/119‑1 (MQ=255) ttGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGc < 5:340307/149‑1 (MQ=255) ttGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGc < 8:209843/149‑1 (MQ=255) gtgCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGc < 4:313165/119‑1 (MQ=255) gtgCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGc > 3:313165/1‑119 (MQ=255) gtgCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGACGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACt > 7:207401/1‑149 (MQ=255) gCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCGGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGAAGGCGTACTc > 4:64801/1‑148 (MQ=255) cAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCa < 2:196275/149‑1 (MQ=255) gTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCGATGa > 4:56154/1‑149 (MQ=255) gTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCAt > 7:136445/1‑147 (MQ=255) gTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGa < 4:281542/149‑1 (MQ=255) gTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGa < 5:153224/149‑1 (MQ=255) gTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGa < 3:183463/149‑1 (MQ=255) gTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCGGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGa < 6:326656/149‑1 (MQ=255) tcagtcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTAc > 8:54327/1‑149 (MQ=255) gtcCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCATGGAGTACGcc < 1:62335/149‑1 (MQ=255) cGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCcgcg < 7:202350/149‑1 (MQ=255) gACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGa < 2:49923/149‑1 (MQ=255) aCCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGAt > 8:158342/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGACGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCg < 3:64801/149‑1 (MQ=255) gcgcCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGaa < 8:148788/149‑1 (MQ=255) ctccAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGGGGTTTCTGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTTGTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAg < 3:268339/147‑1 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGgtg > 1:78536/1‑149 (MQ=255) cAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTACGCGAGCGAAGgtg > 8:244847/1‑149 (MQ=255) aaaTTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGtt < 8:207401/149‑1 (MQ=255) aaaTTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGtt < 3:82406/149‑1 (MQ=255) aaTTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgtt > 1:129496/1‑69 (MQ=255) aaTTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCtgtt < 2:129496/69‑1 (MQ=255) aaTTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTc < 7:243355/149‑1 (MQ=255) ttACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAg < 5:302679/141‑1 (MQ=255) ccaCGCTCGAGAGGCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCAGCGATCGAAGGTGTTCAg > 8:311684/3‑149 (MQ=255) cGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGaa < 1:252046/149‑1 (MQ=255) gCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCGTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAg > 6:376366/1‑149 (MQ=255) tCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGa > 4:236687/1‑91 (MQ=255) gAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGAc < 2:194083/147‑1 (MQ=255) gAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGAc < 5:166273/147‑1 (MQ=255) gAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGAc < 5:36695/147‑1 (MQ=255) gCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGACGTaa < 8:136445/149‑1 (MQ=255) | TCAACGAAAACCTGATTGTCGAGCTCTACTCCAAGTAAGGGCTAGAAAATAGGTGCATCCATGCAGATTTCGGTAAATGAGTTCCTGACTCCCCGCCACATTGATGTGCAGGTAGTCAGTCCGACCCGCGCCAAAATTACGCTCGAGCCTCTCGAGCGTGGTTTCGGCCATACCCTGGGCAACGCGCTGCGCCGCATCCTGTTGTCCTCCATGCCTGGCTGTGCAGTAGTCGAGGCCGAGATCGATGGCGTACTCCATGAGTACTCCGCGATCGAAGGTGTTCAGGAAGACGTAA > NC_002947/562858‑563152 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |