| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 564,453 | T→C | 6.2% | intergenic (+105/‑68) | rplQ → / → katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 564,453 | 0 | T | C | 6.2% | 189.8 / 2.1 | 64 | intergenic (+105/‑68) | rplQ/katA | 50S ribosomal protein L17/catalase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/25); new base C (2/2); total (37/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
GTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTCCGCCGGCCCGCGCGGTCC > NC_002947/564307‑564600 | gTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTaa > 1:263256/1‑149 (MQ=255)gTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTaa < 3:131398/149‑1 (MQ=255) ggTCGGCGGTGCTGTATTAGCTGGTTAGTAAGAAGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTTTTTATACATCTATTGTTTACTTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGt < 1:291039/149‑1 (MQ=255) ggTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTaa > 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gAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCATGTAATATTGATCGTCTATACTGTCTCTACAGCAGATTATAAGGAACTTGTAGTCCTAAATGgag > 5:292104/1‑149 (MQ=255) aaaaCCGGGC‑CTAGTGGCCGGTTTTTTGTTTATAGATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGgaga < 8:84613/149‑1 (MQ=255) aaCCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGc > 3:351634/1‑149 (MQ=255) ccGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGccc < 5:40644/149‑1 (MQ=255) ccGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGcc > 5:168206/1‑148 (MQ=255) gggC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCAt < 1:154578/149‑1 (MQ=255) tGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGa < 5:310575/149‑1 (MQ=255) cccGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGAt < 8:142781/148‑1 (MQ=255) ccGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTACTGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGACCAAGAtt < 7:97442/148‑1 (MQ=255) tttttGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGCCCGAAATGGAGCGCCCATGAGCAAGATTCTcacc > 8:364937/1‑149 (MQ=255) 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cTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTggt < 8:10992/136‑3 (MQ=255) tATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACaa > 4:264990/1‑149 (MQ=255) ttGATTTAAGTCATGTAATGAATTTGCCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAAc < 6:292104/148‑1 (MQ=255) tAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAAc < 2:263256/148‑1 (MQ=255) gTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTccc > 2:228722/1‑149 (MQ=255) tCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCg > 6:20944/1‑149 (MQ=255) tAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTccg > 1:206778/1‑149 (MQ=255) aTGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTccgcc > 7:297548/1‑149 (MQ=255) aTGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTacgcc > 7:292243/1‑149 (MQ=255) gAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACa < 4:287159/42‑1 (MQ=255) gAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTCCGCCgg > 2:383040/1‑149 (MQ=255) gTCCCTGTAATTTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTCCGCCGGCCcgcg > 8:259803/1‑149 (MQ=255) cccTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTCCGCCGGCCcgcgc < 4:80896/148‑1 (MQ=255) cTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTccc < 2:383239/129‑1 (MQ=255) cTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTccc > 1:383239/1‑129 (MQ=255) cTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTCCGCCGGCCCGCGCGGt > 5:378010/1‑149 (MQ=255) gTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTCCGCCGGCCCGCGCGGTcc > 5:260938/1‑149 (MQ=255) | GTTGATCGTCCGGTCGGCGGTGCTGTAGAAGCTGCTGAGTAAGACGTTCTGTCTGCTACAGAAAACCGGGC‑CTAGTGCCCGGTTTTTTGTTTATACATCTATTGTTTA‑TTTCTATTGATGTAAGTCATGTAATGAATTTGTCCCTGTAATCTTGCTCGTCAATACTCTCTCTACAGCCGATTAGCCGGCCCTTGAAGACCGAAATGGAGAGCCCATGAGCAAGATTCTCACCACCGCTAGCGGTGCACCTGTAGCCGACAACCAGAACTCCCGCTCCGCCGGCCCGCGCGGTCC > NC_002947/564307‑564600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |