Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 677,152 | C→T | 6.8% | A164T (GCC→ACC) | PP_0580 ← | MaoC domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 677,152 | 0 | C | T | 6.8% | 171.0 / 2.2 | 59 | A164T (GCC→ACC) | PP_0580 | MaoC domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/26); new base T (2/2); total (31/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 |
ATGGCCGTGGGAAAGCCGAACAACCGCGCACTGACGGCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGTTGTGCGTGTA > NC_002947/677004‑677296 | aTGGCCGTGGGAAAGCCGAACAACCGCGCACTGACGGCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTcggc < 6:239215/149‑1 (MQ=255) gAAAGCCGAACAACCGCGCACTGACGGCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACtt > 3:406/1‑149 (MQ=255) cGAACAACCGCGCACTGACGGCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCg > 7:267955/1‑149 (MQ=255) 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gcgcACTGACGGCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGTTCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAgg < 1:271498/149‑1 (MQ=255) cgcACTGACGGCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAggg > 7:305401/1‑149 (MQ=255) cgcACTGACGGCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAggg > 2:5929/1‑149 (MQ=255) aCGGCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGc > 8:134408/1‑148 (MQ=255) gCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACg < 4:371428/149‑1 (MQ=255) aTAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCg > 1:105156/1‑149 (MQ=255) gTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCAAAGCCACGCACCAAc > 3:134175/1‑139 (MQ=255) gTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCAAAGCCACGCACCAAc < 4:134175/139‑1 (MQ=255) aaTCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGc > 7:274093/1‑108 (MQ=255) aaTCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGc < 8:274093/108‑1 (MQ=255) aaTCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTcg > 2:32581/1‑149 (MQ=255) 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aaCGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCa > 4:117861/1‑149 (MQ=255) gccggccgATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCt > 8:9648/1‑149 (MQ=255) ggccgATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCa < 2:112035/149‑1 (MQ=255) gccgATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGTGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAg > 6:193899/1‑149 (MQ=255) gccgATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGTGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAg > 6:188296/1‑149 (MQ=255) atatCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTc < 6:100254/149‑1 (MQ=255) tatCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCg < 7:134408/149‑1 (MQ=255) tatCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCg < 8:267955/149‑1 (MQ=255) tCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGCTCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGt > 2:372763/1‑149 (MQ=255) aCTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGa > 3:214627/1‑149 (MQ=255) cTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGAc < 1:5929/149‑1 (MQ=255) tGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCCCTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGAc > 7:219116/1‑148 (MQ=255) tCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAg > 4:246300/1‑149 (MQ=255) ggCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGt > 3:318063/1‑149 (MQ=255) gCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTc < 6:41391/149‑1 (MQ=255) 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ggTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGGGCCAc < 3:117861/149‑1 (MQ=255) gCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCttt < 5:314319/149‑1 (MQ=255) cTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTgg < 2:105156/149‑1 (MQ=255) c‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGTGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCt < 5:193899/149‑1 (MQ=255) c‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGTGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCt < 5:188296/149‑1 (MQ=255) aTCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTg > 1:267511/1‑147 (MQ=255) tCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCa < 7:151155/148‑1 (MQ=255) tCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGAGCCACCTTTGGCATGGCGCTg > 8:151155/1‑146 (MQ=255) aGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCACCATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGt > 6:303868/1‑149 (MQ=255) aGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGt > 6:219650/1‑149 (MQ=255) gCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGTtg > 2:10572/1‑149 (MQ=255) cTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGTtgt < 4:318063/149‑1 (MQ=255) cTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGTtgt < 5:219650/149‑1 (MQ=255) aGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGTTGTGCg > 4:273822/1‑149 (MQ=255) gTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATCCCATCTTCAGCCTCGGTGCCCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGTTGTGCgtg > 7:319305/1‑148 (MQ=255) tCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGTTGTGCGTGTa < 7:9648/149‑1 (MQ=255) cggcggGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGTTGTGCGTGTa > 6:227070/1‑148 (MQ=255) | ATGGCCGTGGGAAAGCCGAACAACCGCGCACTGACGGCACTGAGATGGATAGGGTTGTAATCCCCGCACACCTTGGCATAACGCCGGCCGATATCACTGTCGGCGTACCAGCGGGTGGCCTCGGCCAAC‑GGATCAGGCTCAGGGTCGGCGGGCTCACTTGCCTCGCCTTCCAGGGCCAAGCCACGCACCAACATGCGGCTGGTTTCGCGCCAGAGCAGGCCGATACCATCTTCAGCCTCGGTGACCAGGTCGAAGGTGCCACCTTTGGCATGGCGCTGCAGGTTGTGCGTGTA > NC_002947/677004‑677296 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |