| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,158,920 | G→A | 7.0% | M351I (ATG→ATA) | gtsA → | mannose/glucose ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,158,920 | 0 | G | A | 7.0% | 253.5 / 5.4 | 85 | M351I (ATG→ATA) | gtsA | mannose/glucose ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/37); new base A (4/2); total (46/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TACAACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGTGCAGGGCGCGTTCTTCGATG > NC_002947/1158774‑1159068 | tACAACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCt > 8:305407/1‑149 (MQ=255) acaTCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGcc > 8:203278/1‑149 (MQ=255) aTCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCg > 7:64634/1‑148 (MQ=255) tCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGa > 7:256700/1‑148 (MQ=255) aCTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATACTTGcccatgtc > 6:353435/1‑143 (MQ=255) tggtgTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGAAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTGTTCAGCATCAACAAGGGGTCGATCCCGGTACGCAACGCCTTGCTTGCCGACATGGGCAAGTAt > 2:351186/1‑149 (MQ=255) ttCAAGCATAACAACGCTGCCACCTCTGCTGGTCAGAAGTAAATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTTAGGAATTCCAGACGGTCTTCAGCATCAACAAGGTTACGATCCCGGTACGCAACGACATACTTGCCCATGTCGGCAAGCATgtcg < 1:286846/148‑4 (MQ=255) ttCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTTGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGATGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATTGGCAAGTATGGttt < 2:290868/149‑1 (MQ=255) ttCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGttt > 7:309325/1‑149 (MQ=255) ttCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGttt < 3:191775/149‑1 (MQ=255) ttCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATACTTGCCCATGTCGGCAAGCATgtcg < 5:353435/148‑4 (MQ=255) ttCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAACGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGCGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGCGCAAGTATCGttt > 8:195817/1‑149 (MQ=255) cAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGGTGGGTTAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCGCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTc < 7:195817/148‑1 (MQ=255) gCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATg > 8:59811/1‑149 (MQ=255) cAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGc < 1:206953/149‑1 (MQ=255) gAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCt < 8:64634/149‑1 (MQ=255) acaacGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCtgt < 6:122602/149‑1 (MQ=255) caacGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCg < 8:247703/119‑1 (MQ=255) caacGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCg > 7:247703/1‑119 (MQ=255) aacGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGc < 3:132435/149‑1 (MQ=255) aacGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGc > 8:213902/1‑149 (MQ=255) cTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCaa < 7:305407/149‑1 (MQ=255) gCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCaaa < 8:256700/147‑1 (MQ=255) aCCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGCCATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTc > 2:167287/1‑149 (MQ=255) ccactgctgGTGAGCAGCACATCGCCCCCAAGGTGGTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACTAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATTGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTcc < 8:361255/146‑1 (MQ=255) ccTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTcc < 8:212050/149‑1 (MQ=255) tgGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAg > 2:347648/1‑148 (MQ=255) gTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGAc > 2:381504/1‑149 (MQ=255) gTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGAc > 7:151891/1‑149 (MQ=255) cagcagGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACtt > 2:85874/1‑149 (MQ=255) agcagGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTc < 6:329128/149‑1 (MQ=255) agGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTg < 8:309325/149‑1 (MQ=255) agGACATCGCCAGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTg < 3:282896/149‑1 (MQ=255) tCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGAc > 8:311236/1‑149 (MQ=255) tCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGAc > 5:392591/1‑149 (MQ=255) ccGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCGCAAACCACCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGcc > 7:55853/1‑148 (MQ=255) gggTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGggcggc < 5:214792/148‑1 (MQ=255) gggTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGcc > 8:383/1‑149 (MQ=255) ggTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCt > 3:185216/1‑149 (MQ=255) ggTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCAAAAACGGGCGGCCt < 8:151891/149‑1 (MQ=255) gAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAA‑GGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCaa < 5:196560/149‑1 (MQ=255) ggACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAAc > 1:233114/1‑149 (MQ=255) cTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAAc < 5:104545/132‑1 (MQ=255) cTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAAc > 6:104545/1‑132 (MQ=255) cTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAAcc > 1:115957/1‑147 (MQ=255) cTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGa < 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tCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGca > 3:84092/1‑148 (MQ=255) cTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGTCCTGCAACCGAGCATGGCGcaca < 7:59811/149‑1 (MQ=255) ttCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCacaa > 6:104693/1‑149 (MQ=255) gCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATg > 1:92097/1‑149 (MQ=255) aTCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGACTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGc > 6:294125/1‑149 (MQ=255) 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gATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGcc < 6:375056/148‑1 (MQ=255) aTCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGt < 7:383/149‑1 (MQ=255) ccGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGTGCa < 2:92097/149‑1 (MQ=255) ccGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGTGCa < 4:185216/149‑1 (MQ=255) cGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGTGCAg > 4:10139/1‑149 (MQ=255) 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cATACTTGCCCATGTCGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGTGCAGGGCGCGttcttc > 7:270883/1‑148 (MQ=255) tGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGTGCAGGGCGCGTTCTTCGAt < 7:311236/149‑1 (MQ=255) tGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGACTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGTGCAGGGCGCGTTCTTCGAt < 5:294125/149‑1 (MQ=255) gCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGTGCAGGGCGCGTTCTTCGAtg > 3:140723/1‑149 (MQ=255) | TACAACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCCGACATGGGCAAGTATGGTTTCGATGCCTGTGCTCAAACCTCCGCCAAGGACTTCCTGGCTGACGCCAAAACGGGCGGCCTGCAACCGAGCATGGCGCACAACATGGCCACCACGCTGGCCGTGCAGGGCGCGTTCTTCGATG > NC_002947/1158774‑1159068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |