Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,450,062 | T→A | 6.9% | T2T (ACA→ACT) ‡ | PP_1268 ← | HtrA suppressor protein SohA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,450,062 | 0 | T | A | 6.9% | 166.6 / 2.8 | 58 | T2T (ACA→ACT) ‡ | PP_1268 | HtrA suppressor protein SohA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/26); new base A (2/2); total (30/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.78e-01 |
TCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCATGATGAT > NC_002947/1449917‑1450207 | tCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCTACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGt < 5:288967/148‑1 (MQ=255) aaGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCa < 7:229492/148‑1 (MQ=255) aGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAAt > 8:343693/1‑149 (MQ=255) cccAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATg > 3:99462/1‑148 (MQ=255) aaGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAgg < 7:343693/149‑1 (MQ=255) ttgcgcgcCGCACCGTTTCGGGAACATTTGTTTGATTGCGATCGGTCAGCGTTGAGTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGTTTA‑CATCGATACAACTCAATGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGt < 6:282088/147‑1 (MQ=255) aGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGACAAGGCAATGCaatc < 8:226078/149‑4 (MQ=255) aGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGACAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGt < 1:157814/149‑1 (MQ=255) ccgcACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGACAAGGCAATGCaa > 2:389510/1‑139 (MQ=255) ccgcACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGACAAGGCAATGCaa < 1:389510/140‑2 (MQ=255) ccGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACgg < 8:37965/149‑1 (MQ=255) aCAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGt > 2:129713/1‑149 (MQ=255) aGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGTGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCa < 5:339073/149‑1 (MQ=255) aGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCa < 2:351636/149‑1 (MQ=255) tGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAgg < 2:35813/149‑1 (MQ=255) aTAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGcc > 1:223940/1‑149 (MQ=255) cGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCccacc < 3:243395/149‑1 (MQ=255) gATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCccac > 1:45976/1‑147 (MQ=255) gATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCccac < 2:45976/147‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGGAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAaca < 2:223503/149‑1 (MQ=255) tCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGTATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTAcc > 6:163386/1‑149 (MQ=255) gACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑TAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCg > 3:368555/1‑149 (MQ=255) tCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGATCAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGt > 1:69878/1‑148 (MQ=255) cGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCaa > 6:302938/1‑149 (MQ=255) aaGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATc < 1:129713/149‑1 (MQ=255) aGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCa > 3:318433/1‑149 (MQ=255) aGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTcgc < 2:223940/149‑1 (MQ=255) aGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTcgc < 8:336163/149‑1 (MQ=255) tAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTGAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGa > 1:31292/1‑149 (MQ=255) tGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACgg > 2:365226/1‑149 (MQ=255) ggTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACgg < 6:269184/148‑1 (MQ=255) cTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTcc < 2:389427/149‑1 (MQ=255) cTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTc > 3:34794/1‑148 (MQ=255) tgGGTTA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCa < 3:117566/147‑1 (MQ=255) ggTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCaa < 4:318433/149‑1 (MQ=255) a‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGt > 3:52817/1‑138 (MQ=255) a‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGt < 4:52817/138‑1 (MQ=255) a‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCa > 4:117901/1‑141 (MQ=255) a‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCa < 3:117901/141‑1 (MQ=255) cGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGccacc > 4:321843/1‑146 (MQ=255) aaCTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACcgc > 7:138377/1‑148 (MQ=255) tCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGa > 5:4188/1‑147 (MQ=255) ggTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtg > 2:179084/1‑149 (MQ=255) ggTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtg < 1:365226/149‑1 (MQ=255) tAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtggc > 4:249121/1‑149 (MQ=255) aaTGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCAACCAACACTGGCATGTATAACCGGTAAATCACCTTCGCGCTGATTGACTGGTCCATAAACCGCCACAACCGCGACAggtggcg > 5:100211/1‑149 (MQ=255) cGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtggcggtgg > 1:135803/1‑149 (MQ=255) attgcattgcATTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGcc < 4:99462/149‑1 (MQ=255) ctgcattgaCAAGGCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGcc > 6:53363/2‑148 (MQ=255) cattgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCgg < 4:37870/80‑1 (MQ=255) cattgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCgg > 3:37870/1‑80 (MQ=255) cattgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtgg > 4:87270/1‑137 (MQ=255) cattgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtgg < 3:87270/137‑1 (MQ=255) cattgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCatg < 1:179084/149‑1 (MQ=255) cattgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCat > 1:167606/1‑148 (MQ=255) attgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCatga > 1:60525/1‑149 (MQ=255) attgcCTTGTCAATGCAGGTGCATTACAACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACAATGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTACAGCAAACGCCCCAACCTCGACGGGTGGCGGTGGCCAatga > 6:384572/1‑149 (MQ=255) cTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCATgatgat > 1:383104/1‑148 (MQ=255) | TCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGA‑CAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGCCCATGATGAT > NC_002947/1449917‑1450207 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |