Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 165,929 | G→T | 10.5% | A326A (GCC→GCA) | pntAA ← | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 165,929 | 0 | G | T | 10.5% | 148.1 / 7.5 | 55 | A326A (GCC→GCA) | pntAA | pyridine nucleotide transhydrogenase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/24); new base T (3/3); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.28e-01 |
CTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCT > NC_002947/165781‑166074 | cTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAg < 8:358730/149‑1 (MQ=255) ccGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCgg > 7:335505/1‑148 (MQ=255) cGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCa < 2:231824/149‑1 (MQ=255) gTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCAGATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCAc > 1:35999/1‑149 (MQ=255) ttGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACtgt < 5:82510/148‑3 (MQ=255) tgaggACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCGCTCTCTTCGAGGACCATGTTCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCCTCGGCACt < 1:319867/145‑1 (MQ=255) gCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATACTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCAGAGGCATCGGCACTCAcat > 4:9341/1‑147 (MQ=255) ggACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTgg > 1:251947/1‑149 (MQ=255) ccTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCgg > 3:162532/1‑148 (MQ=255) aCCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGt < 1:257153/149‑1 (MQ=255) aTCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAGCAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGTCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTgg < 8:84905/149‑1 (MQ=255) aTCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTgg > 3:287024/1‑149 (MQ=255) tCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCAGCCTAGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTGGCGTGCGTCCAGTGCCGAGGCATCGGCACTCCCCGGGGCCGGCAGGTTGGt > 8:119725/1‑149 (MQ=255) gCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGATGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGc < 2:363784/149‑1 (MQ=255) gCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGAGGCTCAGCGCGACATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCAGGAAGGCCAGCAGGGTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGCCGGGc < 6:202322/149‑1 (MQ=255) cacaTCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGcc < 2:13703/149‑1 (MQ=255) caTCAGGCAGGCCGGGTCGATGTCG‑‑‑TCTTCGTGGTTGATGATCAGCTCGCGATCCTTGTCGAACATCAGCTTCATGAAGTCGAGCAGGTTGCGTGCTTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcga < 4:287024/149‑1 (MQ=255) aTCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCCTCGGCCCTCCCCTGGGCGGGCAGGGTGGTGGGGCcgag > 2:299439/1‑148 (MQ=255) aTCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGAGGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCcgac < 7:347360/149‑1 (MQ=255) caggcCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCCAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACgatgat < 1:316689/149‑1 (MQ=255) aggcCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACgatgat > 8:21782/1‑148 (MQ=255) cgcgACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGc > 3:358878/1‑149 (MQ=255) gaagatCAGCGAGCCATCCTAGACGAACAGCCGCTTCAAGAAGTCCAGCAGGTTGCCTTCGTACAGTGCCGAGGCAAATCGAATCACCTCGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATGACGGAGTTCTCCTGAACCACGTGGTCTg > 4:157785/4‑149 (MQ=255) atgatCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTg < 4:358878/148‑1 (MQ=255) tCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACg < 4:162532/149‑1 (MQ=255) ccATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCgg < 1:321271/149‑1 (MQ=255) cATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCggg > 3:346096/1‑149 (MQ=255) aTCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGc < 1:299439/149‑1 (MQ=255) tCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCggg > 6:218583/1‑147 (MQ=255) cTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAg < 5:205726/141‑1 (MQ=255) cTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAg > 6:205726/1‑141 (MQ=255) tCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTgcc > 4:167869/1‑149 (MQ=255) aaCAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTgccgcc > 1:271991/1‑149 (MQ=255) gcagcTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTgg < 2:251947/149‑1 (MQ=255) cATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCa < 4:346096/148‑1 (MQ=255) cATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCa < 3:167869/148‑1 (MQ=255) aTGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGc > 4:46475/1‑149 (MQ=255) tGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCtt < 8:191160/138‑1 (MQ=255) tGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCtt > 7:191160/1‑138 (MQ=255) gcagGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGAt > 5:230743/1‑148 (MQ=255) gcgtgcgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGa < 5:217406/143‑1 (MQ=255) gcgtgcgtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGa > 6:217406/1‑143 (MQ=255) gtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAg > 2:166808/1‑129 (MQ=255) gtACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAg < 1:166808/129‑1 (MQ=255) tACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCggg < 7:119725/149‑1 (MQ=255) tACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCggg > 1:270431/1‑149 (MQ=255) gtgaGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCggg > 2:17088/4‑149 (MQ=255) gaGTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCt > 5:284872/2‑149 (MQ=255) cAGTTCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGc < 3:9341/148‑1 (MQ=255) cAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGc < 6:230743/148‑1 (MQ=255) aGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCtt > 6:3043/1‑149 (MQ=255) gTGCCGATGCCTCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTc > 7:346122/1‑149 (MQ=255) gCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCt > 4:145981/1‑67 (MQ=255) gCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCt < 3:145981/67‑1 (MQ=255) ccGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATc > 4:230549/1‑149 (MQ=255) cGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGCCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCt < 2:35999/149‑1 (MQ=255) | CTCCTTAGCCGTTTTTGCGGACGACCTGACCATCACGGCACATCAGGCAGGCCGCGACGATGTCG‑‑‑TCTTCGAGGTTGATGATCAGCGCGCCATCCTTGTCGAACAGCAGCTTCATGAAGTCCAGCAGGTTGCGTGCGTACAGTGCCGAGGCATCGGCACTCACCTGGGCCGGCAGGTTGGTCGGGCCGACGATGATCACGCCGTTCTCCTGCACCACCTGGTCTGCGACGGTCAGCGGGCAGTTGCCGCCTTGGGCTGCAGCCAGGTCGATGACCACCGAGCCGGGCTTCATCT > NC_002947/165781‑166074 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |