| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,577,060 | T→A | 5.3% | E396D (GAA→GAT) | ttgC ← | efflux pump outer membrane protein TtgC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,577,060 | 0 | T | A | 5.3% | 235.6 / 2.5 | 76 | E396D (GAA→GAT) | ttgC | efflux pump outer membrane protein TtgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/38); new base A (2/2); total (36/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
GCGCTTGCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGCCGGCGTTGAAGATCGG > NC_002947/1576918‑1577203 | gcgcTTGCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGTCCGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGaa < 1:17283/149‑1 (MQ=255) cgcTTGCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAgg > 4:115351/1‑149 (MQ=255) cgcTTGCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAgg > 1:98551/1‑149 (MQ=255) gcTTGCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCTGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGTTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAgg > 2:311363/1‑148 (MQ=255) cTTGCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTc < 3:64743/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCt > 3:126756/1‑149 (MQ=255) ttGCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCt > 6:238561/1‑149 (MQ=255) gCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCtt < 3:251358/148‑1 (MQ=255) gCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCtt < 1:88701/148‑1 (MQ=255) tGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCg > 2:264412/1‑149 (MQ=255) cACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGAAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTgcc > 3:82730/1‑149 (MQ=255) cTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTgccgc < 3:115351/149‑1 (MQ=255) tGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTgccgc > 2:89844/1‑148 (MQ=255) tGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTCCGTgccgc > 7:46129/1‑148 (MQ=255) tagaGGTTGCGTTGGGCATCGAGGATGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTTACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGACGGTCTTGCGTGCCGCCAg < 7:71533/146‑1 (MQ=255) aaCAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCa < 4:334983/148‑1 (MQ=255) aaCAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAg < 4:159499/149‑1 (MQ=255) aCAGGTTGCGTTGGGCATCTAGGAAGGGCTGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGTTAACGGCGTTCGGCCAAGCGTTAGTAGTCTTAGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAg < 1:311363/148‑1 (MQ=255) ggTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCa > 6:117013/1‑149 (MQ=255) cGTGGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCGCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGga < 8:355238/149‑1 (MQ=255) ttGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGgaga < 1:89844/149‑1 (MQ=255) cATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCAT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTcc > 3:150324/1‑149 (MQ=255) cATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCAT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTcc > 3:156092/1‑149 (MQ=255) cGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTTCCGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTcc < 1:264412/147‑1 (MQ=255) gAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTgg < 6:260088/148‑1 (MQ=255) gAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTgg > 3:258616/1‑148 (MQ=255) ggAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTGCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAg < 7:108818/149‑1 (MQ=255) aGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGcc < 1:389184/149‑1 (MQ=255) aGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCt < 5:134335/148‑1 (MQ=255) gTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGa > 4:210195/1‑149 (MQ=255) gCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTc < 3:239288/100‑1 (MQ=255) gCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTc > 4:239288/1‑100 (MQ=255) aaTCCCGATGCGGTCACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCGGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGGCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGtttatt < 6:82470/149‑1 (MQ=255) aaTCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGtttttt < 4:126756/149‑1 (MQ=255) aTCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGc < 5:168334/97‑1 (MQ=255) aTCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGc > 6:168334/1‑97 (MQ=255) tGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTg < 1:105172/149‑1 (MQ=255) ggTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGc > 2:192122/1‑148 (MQ=255) tAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCa > 1:10376/1‑94 (MQ=255) tAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCa < 2:10376/94‑1 (MQ=255) aaCGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACg > 3:131464/1‑149 (MQ=255) aCGGCGGTCTGCCAATCGGTAGTAGTCCTGGTTCTCCTGCACCATGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTGTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCGGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGt < 8:46129/149‑1 (MQ=255) ggCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCAT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTg < 4:156092/149‑1 (MQ=255) ggCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCAT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTg < 4:150324/149‑1 (MQ=255) gTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATg > 5:229085/1‑149 (MQ=255) ggCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCt < 4:258616/149‑1 (MQ=255) gCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGgaga > 7:275610/1‑94 (MQ=255) gCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGgaga < 8:275610/94‑1 (MQ=255) gCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCtt > 7:11981/1‑149 (MQ=255) ccAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTc > 5:191381/1‑149 (MQ=255) gCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGa < 8:35865/149‑1 (MQ=255) ggTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGAtt < 2:98551/149‑1 (MQ=255) gtagtaGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGTTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGAttt > 3:170965/1‑149 (MQ=255) tagtagTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGAtttt > 1:377464/1‑149 (MQ=255) agtagtCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTc < 4:82730/149‑1 (MQ=255) gtagtCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTc < 5:238561/148‑1 (MQ=255) tagtCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTc > 4:175259/1‑147 (MQ=255) gtCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGag < 3:210195/148‑1 (MQ=255) cTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAGGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGagtagt > 7:203123/1‑149 (MQ=255) gTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTc > 7:311335/1‑147 (MQ=255) cGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAgg < 3:175259/148‑1 (MQ=255) ccTGCACCAGGT‑CGCGCTGGTCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAggctg < 2:105433/149‑1 (MQ=255) ccTGCACCAGCT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAggctg > 3:324753/1‑149 (MQ=255) gCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGa < 8:229715/133‑1 (MQ=255) gCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGa > 7:229715/1‑133 (MQ=255) cACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAggctggct < 5:117013/148‑1 (MQ=255) cACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCtt > 4:364209/1‑149 (MQ=255) aCCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCttt > 6:345636/1‑149 (MQ=255) aGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAGGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAg < 8:203123/149‑1 (MQ=255) ggT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAgg < 3:364209/149‑1 (MQ=255) cgcTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGACATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGcc > 3:6552/1‑149 (MQ=255) gggCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGCCGGCg < 5:345636/149‑1 (MQ=255) ccTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGCCGGCGtt > 6:356204/1‑148 (MQ=255) cTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGCCGGCGTTg > 8:38798/1‑148 (MQ=255) aaCTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTTCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGCCGGCGTTGAAGAt < 1:192122/149‑1 (MQ=255) tGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGCCGGCGTTGAAGATCgg > 1:147132/1‑149 (MQ=255) ctctT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGCCGGCGTTg > 3:155371/1‑139 (MQ=255) ctctT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGCCGGCGTTg > 1:176538/1‑139 (MQ=255) | GCGCTTGCTGGGCACTGAACAGGTTGCGTTGGGCATCGAGGAAGGTCAGGTTGCTGTCAATCCCGATGCGGTAACGGCGTTCGGCCAAGCGGTAGTAGTCCTGGTTCGCCTGCACCAGGT‑CGCGCTGGGCCTGCAACTGCTCTT‑CGAAGGTCTTGCGTGCCGCCAGGCCATCGGAGACTTCCTGGAAGGCCGTCTGGATGGTTTTTTCGTACTTGGCGACGTTGATGTCCTTCTGGATTTTCGAGTAGTCCAGGCTGGCTTTGAGGCTGCCGGCGTTGAAGATCGG > NC_002947/1576918‑1577203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |