Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,645,887 | G→C | 12.1% | S490R (AGC→AGG) ‡ | gcd ← | quinoprotein glucose dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,645,887 | 0 | G | C | 12.1% | 153.6 / 13.1 | 58 | S490R (AGC→AGG) ‡ | gcd | quinoprotein glucose dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base C (3/4); total (30/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.59e-01 |
CTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCGGGGTCTGGT > NC_002947/1645745‑1646035 | cTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGcc > 1:325748/1‑148 (MQ=255) gtggggtgggGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGAGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTTATTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGTTCGGCAGCCAGCCGa < 6:36066/147‑1 (MQ=255) tggggtggggAGCTCGCGGATCGTCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCAGCCAGCCGAcc < 7:130747/148‑2 (MQ=255) gggtggggATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGGACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGGACAGGCTGCCTTGCTTGGGCGGTACGATGAGCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCAGCCAGCCGAccctg < 6:277413/149‑5 (MQ=255) ggtggggATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCATGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCa > 2:313848/1‑149 (MQ=255) gggATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTc > 3:77167/1‑149 (MQ=255) ggATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTcc < 6:289487/149‑1 (MQ=255) gATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTcc > 2:249492/1‑148 (MQ=255) ctcGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGAGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTAGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTGTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCAGCCGACGTCCATGtacaa > 2:74353/1‑143 (MQ=255) ctcGCGGATCCGCACGATTGGCGTACCGTCCCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATCATCGCCGGTATCACACCATCGTCGGTTATCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCAGCCGACGACCATGTCCca > 2:79723/1‑147 (MQ=255) gcgGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑t > 8:316288/1‑149 (MQ=255) gcgGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTCGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAg < 4:21908/147‑1 (MQ=255) gcgGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCATCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAgg < 4:328920/148‑1 (MQ=255) tCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCgtgg < 5:390570/149‑1 (MQ=255) 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gTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATa < 4:254622/149‑1 (MQ=255) tACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAg > 2:15563/1‑149 (MQ=255) tACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAg < 3:276212/149‑1 (MQ=255) ccGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGtt > 6:175725/1‑149 (MQ=255) cGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTc > 5:354583/1‑149 (MQ=255) tCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACAATCGTCGGTTTTCAGGTTTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGtta > 4:205297/1‑146 (MQ=255) gAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGc > 8:143969/1‑149 (MQ=255) cGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGTGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TGGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTg < 1:74353/149‑1 (MQ=255) cGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACTGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTg < 1:79723/149‑1 (MQ=255) gTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTgg > 3:119968/1‑149 (MQ=255) aGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAg > 1:110437/1‑149 (MQ=255) ggCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAgg < 8:82521/149‑1 (MQ=255) gCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAgg > 1:351227/1‑148 (MQ=255) ccTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCaa < 7:143969/148‑1 (MQ=255) ttgGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGAc > 2:46090/1‑149 (MQ=255) ggTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGAc < 1:15563/147‑1 (MQ=255) gTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGACGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCg > 5:231061/1‑149 (MQ=255) gatgatCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAgg > 1:168491/1‑133 (MQ=255) gatgatCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAgg < 2:168491/133‑1 (MQ=255) atgatCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCt < 5:175725/149‑1 (MQ=255) atgatCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCt > 5:212728/1‑149 (MQ=255) tgatCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTg < 7:316288/149‑1 (MQ=255) tgatCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTg < 6:3419/149‑1 (MQ=255) ttCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCTGCGTGCCTTGCAGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGACGGCGCTGTACTTCTCg > 5:286230/1‑147 (MQ=255) acCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCg > 8:277502/1‑149 (MQ=255) gtcgGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGGAGCGTGGTGGGTGAACTGTTATTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCGGGTCAAGGGGGACCCCGCCGGCGCGGTAATTCTCGGCGCCCGGGGTg > 1:300617/1‑149 (MQ=255) gtcgGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTg < 6:212728/148‑1 (MQ=255) ggTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCTGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGt > 1:283974/1‑149 (MQ=255) gTTTTCATGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTc < 1:313848/149‑1 (MQ=255) gtgtACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGcccc < 2:19862/149‑1 (MQ=255) ccAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTg < 4:77167/148‑1 (MQ=255) cAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGt > 8:312858/1‑149 (MQ=255) gacgTCGGCAGCCAGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTc > 4:43362/4‑149 (MQ=255) gggTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCggg > 1:78279/1‑125 (MQ=255) gggTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCggg < 2:78279/125‑1 (MQ=255) gggTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTcc > 7:157031/1‑149 (MQ=255) acgTCGGCAGCCAGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTcc > 5:252386/3‑149 (MQ=255) tCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCggg < 1:249492/149‑1 (MQ=255) gctggctgCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTcc > 4:171609/1‑143 (MQ=255) gctggctgCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTcc < 3:171609/143‑1 (MQ=255) gctggctgCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCGGGGTc < 6:354583/149‑1 (MQ=255) gctgCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCGGGGTCTGGt < 8:157031/149‑1 (MQ=255) | CTTGTGGGGTGGGGATCTCGCGGATCGGCACGATTGGCGTACCGTCGCGGCGGTCGAGCACGTACAGGCTGCCTTGCTTGGTCGGTACGATGATCGCCGGTTTCACACCATCGTCGGTTTTCAGGTGTACCAGGGTCGGCTGGCTGCCGACGTCCATGTCCCACAGG‑TCGTGGTGGGTGAACTGATAGTTCCAGCGTGCCTTGCCGGTGGCCAGGTCAAGGGCGACCACGCCGGCGCTGTACTTCTCGGCGCCCGGGGTGCGGTCGGCGCCCCACTGGTCCGGGGTCTGGT > NC_002947/1645745‑1646035 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |