| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,916,384 | T→G | 5.6% | intergenic (+86/‑29) | PP_1715 → / → PP_1716 | hypothetical protein/Cro/CI family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,916,384 | 0 | T | G | 5.6% | 225.9 / 3.8 | 71 | intergenic (+86/‑29) | PP_1715/PP_1716 | hypothetical protein/Cro/CI family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/36); new base G (2/2); total (33/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
GCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGA > NC_002947/1916240‑1916531 | gcgTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTg < 2:28054/149‑1 (MQ=255) cGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACAGCATGTAATccg > 8:142659/1‑148 (MQ=255) gAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCtt < 4:166777/149‑1 (MQ=255) 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tGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAg > 3:325415/1‑149 (MQ=255) cTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGc > 4:31487/1‑126 (MQ=255) cTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGc < 3:31487/126‑1 (MQ=255) cTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGttt < 1:27484/149‑1 (MQ=255) cTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGttt < 4:325415/149‑1 (MQ=255) ggAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCTGATTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAAttg < 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aaTCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTc < 6:369289/132‑1 (MQ=255) aaTCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTc > 5:369289/1‑132 (MQ=255) aTCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCg > 4:21719/1‑146 (MQ=255) aTCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTa < 3:21719/148‑1 (MQ=255) aTCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTCGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACGCGAGTACGCCGTAg < 2:169364/149‑1 (MQ=255) ccTCCACTGCACAGACCGCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATACGGCGTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGAAATGGGGATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCt < 8:196544/149‑1 (MQ=255) tCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTACGGGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTg > 1:106664/1‑149 (MQ=255) tCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGATATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTgg > 1:273247/1‑149 (MQ=255) aaCTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGcc < 2:33323/112‑1 (MQ=255) aaCTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGcc > 1:33323/1‑112 (MQ=255) aaCTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGa < 6:272216/149‑1 (MQ=255) aCTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAg < 5:178079/149‑1 (MQ=255) cacaGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCaa > 3:44290/1‑148 (MQ=255) ccTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAgg < 6:80498/149‑1 (MQ=255) cTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACg < 5:362408/121‑1 (MQ=255) cTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACg > 6:362408/1‑121 (MQ=255) gAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTg > 6:305273/1‑149 (MQ=255) ttGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCt > 4:205399/1‑148 (MQ=255) ggTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCa < 4:361582/148‑1 (MQ=255) tAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAgc < 3:205399/148‑1 (MQ=255) ttGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCGTGGGAGGAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTggaggt > 8:209066/1‑148 (MQ=255) gCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAgg > 6:32991/1‑149 (MQ=255) cTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGGTTCATCAGCCGGTACGTTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTAACTGTGAGAAATAACAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGTCACCAGCCGAgtc > 1:300742/1‑147 (MQ=255) cTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATTAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCa < 8:122122/109‑1 (MQ=255) cTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCg > 2:102754/1‑149 (MQ=255) cTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATAAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCa > 7:122122/1‑109 (MQ=255) tAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCgg > 3:193781/1‑149 (MQ=255) aaaggATTACAGCATGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCgg > 7:101235/4‑149 (MQ=255) tACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCCGG‑TCAGCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGGTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCa < 5:21837/148‑1 (MQ=255) aTGCTTTAATCCTTTTTAACGGGGTTTGTAATGGGTATGCCGG‑TCATCCGCCGGGACGGTCAACCCTTTTACGCCTTAGTTCCGTGGCCCAAATCCCCGGCGTTGCTCAGCGCTGCTGGCCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTCCCCGTGa < 2:273247/149‑1 (MQ=255) aTGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGt > 7:234514/1‑147 (MQ=255) | GCGTGGTCGAGCGCCTGCCGGCTACCCCGGAAGCGCTGCGGCTGGAGCGCAACAAGTAATGAAACCGGCCTGAATCTCACCTCAACTGCACAGACCTCGGAGTTGGTAATATAATTGGCATAAGGGTTATGCCTAC‑GGATTACATGCTGTAATCCTTTTTAAAGGGGTTTGTAATGGGTATTCAGG‑TCATCAGCCGGGACGGTCAACCCGAGTACGCCGTAGTTCCCTGGGAGCAATACCAGGCGTTGCTCAGCGCTGCAGGGCAGGCACCAGCCGAGGCGGTTTCCAGTGA > NC_002947/1916240‑1916531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |