| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,004,570 | G→A | 8.7% | intergenic (+60/+90) | PP_1787 → / ← PP_1788 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,004,570 | 0 | G | A | 8.7% | 157.6 / 3.6 | 58 | intergenic (+60/+90) | PP_1787/PP_1788 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/26); new base A (3/2); total (29/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
GCCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCTTT > NC_002947/2004426‑2004716 | gcCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGAttt > 1:225007/1‑149 (MQ=255) cccGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTg < 8:269418/149‑1 (MQ=255) ccGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTAGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGc < 1:282611/149‑1 (MQ=255) gTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCACCGAAAATGAAATAGCTTATTCCAGATTTGCaa > 6:200521/1‑149 (MQ=255) ttttCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATaa < 2:17032/149‑1 (MQ=255) tCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGc > 3:210632/1‑148 (MQ=255) cAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAAATCTGCAATAAGCt < 2:191631/148‑1 (MQ=255) aaGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAATGTTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAAATCTGCAATaa > 1:201831/1‑145 (MQ=255) aaGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTa < 6:148305/148‑1 (MQ=255) aaGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAAATCTGCAATaa < 2:201831/144‑1 (MQ=255) cAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTaa < 6:244840/148‑1 (MQ=255) aaaGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAATGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTATAAAt > 7:56787/1‑149 (MQ=255) aGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAAttt < 1:174998/149‑1 (MQ=255) 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cGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAAc < 3:296675/149‑1 (MQ=255) gTGAATGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGAAATGCCCCGAAAATTAAATAGCTTATTGAAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTCAGGCGAAAGGTTTTTTGGATGTGAAAcc > 3:218143/1‑149 (MQ=255) aTGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCt > 2:272323/1‑148 (MQ=255) tGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTCTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCa < 1:272323/149‑1 (MQ=255) gcttaatgcttaatAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCt > 2:339181/1‑149 (MQ=255) 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tatTTATAGTCTACCTCACCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTAt < 8:206725/148‑1 (MQ=255) atTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGa > 3:62305/1‑149 (MQ=255) tttATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCATATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGAt < 5:200521/149‑1 (MQ=255) tttATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGa < 8:56787/148‑1 (MQ=255) ttATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGAt > 4:116212/1‑135 (MQ=255) ttATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGAt < 3:116212/135‑1 (MQ=255) taGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTTTCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAgtg < 1:316175/149‑1 (MQ=255) aCCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTGTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACGGCTCGCGTCAGGGTTGGTGTTGTGTATTTTTGATAGTGTTGAtg > 8:327822/1‑148 (MQ=255) cTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCt > 7:194391/1‑148 (MQ=255) gACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTg < 2:225007/147‑1 (MQ=255) gACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGc < 1:339181/148‑1 (MQ=255) cATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAAt < 4:239853/149‑1 (MQ=255) tGCCCCTAAAATTAAATAGCTTATTGCAGTTTTGCAATAAGATATTTCTAATTTTTTTTGCTGACGCTTTCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATTGTGTTGATCAAAGCTTGCAATAc < 8:240205/149‑1 (MQ=255) tGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATAc > 1:157378/1‑149 (MQ=255) gCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGTTTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTAtt > 1:217760/1‑118 (MQ=255) gCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCttt < 3:160117/106‑1 (MQ=255) gCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCttt > 4:160117/1‑106 (MQ=255) gCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTAtt < 2:217760/118‑1 (MQ=255) cccGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGa > 5:66688/1‑149 (MQ=255) atttagAAATAGCTTATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTgg > 3:137430/6‑149 (MQ=255) gCTTATTGCAAATCTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTg > 8:202160/1‑149 (MQ=255) cTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTAATTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTAttt > 6:35683/1‑101 (MQ=255) cTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTAATTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTAttt < 5:35683/101‑1 (MQ=255) cAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCttt > 7:167147/1‑149 (MQ=255) cAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCttt > 4:281096/1‑149 (MQ=255) | GCCCGTATTTTCAAGGTTTCAAAGTTCGCGGTCGAAAT‑TTAAAAGTGAGTTTTTTGACGTGACTGAAATGACGCTTAATGCTTAATAAGATATTTATAGTCTACCTCCCCTTGACATGCCCCGAAAATGAAATAGCTTATTGCAGATTTGCAATAAGCTATTTCTAAATTTGTTAGCTGAGGCGATCGGTTTTTTGGATGTGAAACCGCTCGCCTCAGGCTTTGTGATGTGTATTTATGATAGTGTTGATCTAAGCTTGCAATACGGATTGGTTTTAATGGTGCCATCTTT > NC_002947/2004426‑2004716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |