Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,053,618 | T→C | 10.5% | intergenic (‑18/+48) | PP_1828 ← / ← PP_1829 | hypothetical protein/alpha/beta family hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,053,618 | 0 | T | C | 10.5% | 149.0 / 8.1 | 57 | intergenic (‑18/+48) | PP_1828/PP_1829 | hypothetical protein/alpha/beta family hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/25); new base C (4/2); total (30/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 |
CTGCGGTCGGTCGGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGC > NC_002947/2053473‑2053763 | ctgcGGTCGGTCGGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGCTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATg > 5:27342/1‑149 (MQ=255) gtcggtcgGCAGTGCGGCCTGGCGTAGCAGCTGGAAATGTGCGGCGGTCCGCGCGGCCCAGGGCAGGGGGGGGGTTGCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGCAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCctgc < 1:16646/149‑1 (MQ=255) gcgggcggCTGGGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAAGGTTCGGCGGGCAGCTCGGCCCCGGGCAGGGCGGGGGTTGCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGCCGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCctgct < 4:161703/148‑1 (MQ=255) gcggCAGTGCTGCCTGGCGTTGCAGCTGGAAATGTGCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTAt < 3:46161/148‑1 (MQ=255) gCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCgg > 1:289023/1‑149 (MQ=255) cAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCgg > 1:31783/1‑148 (MQ=255) gTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGGGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCggcag < 5:34598/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATgg > 1:302406/1‑149 (MQ=255) ggCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCt > 8:101456/1‑148 (MQ=255) gCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCTGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTga < 2:256098/149‑1 (MQ=38) cGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTgag < 2:31783/149‑1 (MQ=255) gTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTgaga > 5:12149/1‑149 (MQ=255) agcTGTAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGa < 5:301/149‑1 (MQ=255) ttgggcggTCCGCGCGGCCCCGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTGCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGAc < 8:76447/146‑1 (MQ=255) ttCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGAc > 6:17345/1‑149 (MQ=255) ttCGGCGGTCAGCCCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGAc > 7:355770/1‑149 (MQ=255) ggcggGCCGCGCGGCCCCGGGCTGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTGCGGCCGGCGCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTa < 3:220385/149‑1 (MQ=255) ggcggGCAGCGCGGCCCAGGGCTGGGGGGGGGTTTCGTGGGGTTCTTCGGCCGGCGCGACGGCGGTGGGGGTGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTa < 3:215392/149‑1 (MQ=255) cAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCg > 7:311374/1‑148 (MQ=255) aGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGaa < 2:340447/149‑1 (MQ=255) gCTCGGCCCCGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGcc < 6:200797/145‑1 (MQ=255) gCTCGGCCCCGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGcc > 5:200797/1‑145 (MQ=255) cTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAgg > 2:383641/1‑149 (MQ=255) tCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAgg > 5:103186/1‑148 (MQ=255) tCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTAGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAgg > 5:386225/1‑148 (MQ=255) ggcagggcGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTg > 8:102708/1‑148 (MQ=255) gcagggcGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGa < 7:101456/149‑1 (MQ=255) gcagggcGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGa < 6:103186/149‑1 (MQ=255) ctggggggggGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGAGGGCGGGGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGAt < 2:289023/147‑1 (MQ=255) gggggggTTTCCTGGTGTTCTTCGGCCGGATCTACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCATCTATGCATTCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAAc < 2:132751/147‑1 (MQ=255) cGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACg > 5:144230/1‑149 (MQ=255) gggggTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGt < 6:12149/149‑1 (MQ=255) gggggTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGt > 3:200866/1‑149 (MQ=255) ggTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTcac < 5:17345/149‑1 (MQ=255) cTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATtcg > 7:171558/1‑149 (MQ=255) gggTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATtcgctc > 8:200991/1‑149 (MQ=255) ttcttcGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTcac > 1:256937/1‑137 (MQ=255) ttcttcGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTcac < 2:256937/137‑1 (MQ=255) cgacggccggcGCGACGGCGGGGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCTCCCa < 2:302406/146‑1 (MQ=255) ttcGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAg > 6:226415/1‑149 (MQ=255) ccggcTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCAc < 8:86537/149‑1 (MQ=255) ggcggTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCgg < 4:165645/149‑1 (MQ=255) tggtCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGa < 6:144230/149‑1 (MQ=255) catcaGGGGTTGTCCTCAGATATTCCTGCTGTATCTGCAGGCATTGCTGAGACCTGAGA‑CTTTTTGACTTAGGCCGAAGTCAAATGCTGGATTAACGTCACAATTCGCTCGCCCTGCTCACGCGCCAGGGGAAGCTGGGGGTTGAGGt < 6:27342/148‑1 (MQ=255) atcaGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAg > 8:104394/1‑149 (MQ=255) atcaGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAg < 8:171558/149‑1 (MQ=255) gggCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGt > 1:81289/1‑149 (MQ=255) ggCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGCGCTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGt > 1:296663/1‑149 (MQ=255) ccTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCgctgc > 6:297355/1‑149 (MQ=255) cTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCgctgct > 7:109488/1‑149 (MQ=255) cTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCgctgc < 8:311374/148‑1 (MQ=255) tCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCGGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCCGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGctgctg > 1:297640/1‑149 (MQ=255) tCAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGctgctg > 7:45366/1‑149 (MQ=255) cAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTcgc > 7:119595/1‑141 (MQ=38) cAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTcgc < 8:119595/141‑1 (MQ=38) cAGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAACGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTgg > 8:274832/1‑149 (MQ=38) aGCCATGCCTGCCGATACAGCAGGCATAGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGc > 7:252730/1‑149 (MQ=255) | CTGCGGTCGGTCGGCAGTGCTGCCAGGCGTAGCAGCTGGAAATGTTCGGCGGTCAGCTCGGCCCAGGGCAGGGCGGGGGTTTCCTGGGGTTCTTCGGCCGGCTCGACGGCGGTGGGGGAGGTGGTCATCAGGGCTTGTCCTCAGCTATGCCTGCTGTATCGGCAGGCATGGCTGAGACCTGAGC‑CTGTTTGACTTACGCCGAAGGCAAATGCTGGATGAACGTCACAATTCGCTCGCCCAGCTCACGCGCCAGCGGCAGCTCGGGGTTGAGGTAGCTGTCGCGCTGCTGGC > NC_002947/2053473‑2053763 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |