Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,228,275 | C→G | 9.1% | T143R (ACG→AGG) ‡ | holB → | DNA polymerase III subunit delta' |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,228,275 | 0 | C | G | 9.1% | 166.0 / 7.4 | 55 | T143R (ACG→AGG) ‡ | holB | DNA polymerase III subunit delta' |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/22); new base G (2/3); total (30/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.50e-01 |
TGGCCTTTGTGGTGCAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTG > NC_002947/2228131‑2228423 | tggCCTTTGTGGGGAAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGTTGGTGTTTATCGAGCCTGTGTAGGCGATGAATGTCAACGCCTCAAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGTTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCAc < 8:840/149‑1 (MQ=255) cTTTGTGGTGCAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCAccagc > 7:174015/1‑149 (MQ=255) cTTTGTGGTGCAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCAccagc > 3:24664/1‑149 (MQ=255) cTTTGTGGTGCAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCAccagc < 2:64325/149‑1 (MQ=255) tgtgGTGCAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGCGTCAccagcaa < 5:164188/148‑3 (MQ=255) tgtgGTGCAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGCGTCAccagcaa < 4:79705/148‑3 (MQ=255) ggtgCAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACcagcccagcc > 4:307821/1‑149 (MQ=255) tgCAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGt > 7:86903/1‑149 (MQ=255) ccGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTg < 2:287937/149‑1 (MQ=255) gcAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCcga < 7:136088/149‑1 (MQ=255) cAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCAc > 4:164368/1‑126 (MQ=255) cAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCAc < 3:164368/126‑1 (MQ=255) gTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCcgacga > 4:210601/1‑149 (MQ=255) gtggtgTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGc > 3:214937/1‑147 (MQ=255) gtgtTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCcag > 3:149154/1‑147 (MQ=255) gtTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAgg > 8:226318/1‑149 (MQ=255) gATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTg < 8:86903/148‑1 (MQ=255) tCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGCGTCAccagcaa > 3:140469/1‑102 (MQ=255) tCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGCGTCAccagcaa < 4:140469/104‑3 (MQ=255) ccGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTcc < 3:307821/149‑1 (MQ=255) ccGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTcc > 7:152177/1‑149 (MQ=255) cGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTcc < 5:105920/148‑1 (MQ=255) cGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTcc > 6:105920/1‑148 (MQ=255) gTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCcagcag > 6:43580/1‑135 (MQ=255) gTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCcagcag < 5:43580/135‑1 (MQ=255) gTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCa < 5:358719/149‑1 (MQ=255) gAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGcc < 7:226318/149‑1 (MQ=255) aGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGcc > 1:25137/1‑148 (MQ=255) gATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGc < 7:63827/101‑1 (MQ=255) gATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGc > 8:63827/1‑101 (MQ=255) gAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTg < 2:79624/148‑1 (MQ=255) aaTGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTgg < 1:179991/148‑1 (MQ=255) gTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGcc > 2:256661/1‑147 (MQ=255) tCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCa < 4:149154/148‑1 (MQ=255) aCGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGCGCTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCATGCCTGGctctggg > 1:203487/1‑143 (MQ=255) aCGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGc > 1:262413/1‑149 (MQ=255) cTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAgg > 6:217559/1‑149 (MQ=255) cTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAgg > 5:355638/1‑149 (MQ=255) cAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCAt > 4:263567/1‑149 (MQ=255) ccTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCATGCCTGGCTCTGGGCCAGACTgggctgc < 2:203487/149‑2 (MQ=255) cTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCAtggctggc > 7:3980/1‑149 (MQ=255) aaaaGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTTCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGc > 3:75496/1‑122 (MQ=255) aaaaGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTACCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGc < 4:75496/122‑1 (MQ=255) cTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTAcc > 1:189290/1‑149 (MQ=255) ttGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTAccc > 7:176421/1‑149 (MQ=255) cTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGcgac < 1:256661/149‑1 (MQ=255) gTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTc < 3:263567/149‑1 (MQ=255) aTACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGa < 8:174015/148‑1 (MQ=255) aTACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAg > 7:14768/1‑149 (MQ=255) aCCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAgcg > 2:379342/1‑149 (MQ=255) ccGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAgcgc < 2:25137/149‑1 (MQ=255) gggCTGGTGCGTCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAgct > 4:59144/3‑149 (MQ=255) gCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAgctgc > 3:61573/1‑149 (MQ=255) cTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAgctgc < 1:379342/148‑1 (MQ=255) gTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGAc > 8:304913/1‑149 (MQ=255) cGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTg < 4:24664/149‑1 (MQ=255) | TGGCCTTTGTGGTGCAGACCGCGCAGTTAGGCGGGCGCAAGGTGGTGTTGATCGAGCCGGTGGAGGCGATGAATGTCAACGCCTCCAACGCCCTGCTCAAAAGC‑CTTGAAGAACCTTCCGGTGATACCGTGTTGTTGCTGGTGACGCACCAGCCCAGCCGTCTGTTGCCGACGATCAAGAGCCGCTGCCAGCAGGTGGCCTGTCCGCAGCCCAGTCTGGCCCAGAGCCAGGCATGGCTGGCTGGCGCGTTACCCGACTGCGACGAGGTCGAGCGCGATGAGCTGCTGACGCTG > NC_002947/2228131‑2228423 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |