| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,290,398 | A→G | 6.8% | intergenic (+23/‑252) | pepN → / → PP_2018 | aminopeptidase N/BNR domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,290,398 | 0 | A | G | 6.8% | 167.5 / 2.5 | 59 | intergenic (+23/‑252) | pepN/PP_2018 | aminopeptidase N/BNR domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/24); new base G (2/2); total (33/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.73e-01 | |||||||||||
ACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACCCACC > NC_002947/2290255‑2290541 | acGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGc > 7:201369/1‑149 (MQ=255)acGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGc > 1:375649/1‑149 (MQ=255)acGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGc > 5:256522/1‑149 (MQ=255) gcgcAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCTGGGCGGcccca < 4:58703/147‑2 (MQ=255) gcgcAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGc > 7:136497/1‑149 (MQ=255) gcAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGAGAGCATGAGTCTGGCGTATTTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCAGGCtt > 6:168148/1‑149 (MQ=255) aCGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGcc > 1:230693/1‑149 (MQ=255) aTGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCCAGAGTCTGGGGTTAGTGTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCGTTGCCCGGcc > 4:298909/1‑146 (MQ=255) cgcgTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGaca‑a < 1:359321/148‑1 (MQ=255) gcAGGCGGTGTTGCAGGGTGCGCGGGAGCGCTTTCTGGCTTGGGGTGTGTTGTCCAGTGATGTTTATGTGGTTGTGAGCACGAGGCTGGCGTAATTCTGGTTAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACaaaa < 2:375649/148‑1 (MQ=255) aGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTg < 4:81025/148‑1 (MQ=255) gAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTcc < 8:13103/149‑1 (MQ=255) gAGCGCAGTCTGGCTTCGGGGGAGTTGTCCAGGGATGGGTAGGAGGGTGTGCGCAAGAGTCTGGCTTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGTCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTcc < 4:122604/149‑1 (MQ=255) aTTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCTGGGCGGccc > 3:166744/1‑93 (MQ=255) aTTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCTGGGCGGccc < 4:166744/93‑1 (MQ=255) aTTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGt > 2:141658/1‑135 (MQ=255) aTTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGt < 1:141658/135‑1 (MQ=255) aTTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCaaa < 3:329347/149‑1 (MQ=255) cTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATcccc > 8:355850/1‑149 (MQ=255) ttCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCg > 3:215669/1‑149 (MQ=255) tCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGc > 7:217486/1‑149 (MQ=255) gggTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTa < 7:31075/149‑1 (MQ=255) gTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGCCA‑ACAACACCTAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATctcct > 6:298669/1‑149 (MQ=255) gTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGc > 2:294146/1‑138 (MQ=255) gTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGc < 1:294146/138‑1 (MQ=255) tCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAACCATCCCCGCTACGATctcct > 8:319040/1‑148 (MQ=255) cAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCaa < 8:217486/149‑1 (MQ=255) gTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGc < 6:256522/149‑1 (MQ=255) gTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGc > 4:36347/1‑149 (MQ=255) gATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTa > 2:240829/1‑149 (MQ=255) gtgtATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTg > 1:368533/1‑149 (MQ=255) tgtATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTg > 6:376384/1‑148 (MQ=255) tATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAg < 1:281535/149‑1 (MQ=255) tATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAg > 2:281535/1‑149 (MQ=255) gTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCctct < 1:214302/149‑1 (MQ=255) taGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTCAATTGCGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGAt < 8:136497/147‑1 (MQ=255) aggaaGAGTCTGGCGTAATTCTGTTGAATTGGGGCCGCCCAGCGTCCCCGGCTTTCCCCGGCCGAAA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCa < 5:168148/146‑1 (MQ=255) gCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAg > 3:27367/1‑149 (MQ=255) gCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAg > 4:26177/1‑149 (MQ=255) cAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAgg > 7:199806/1‑149 (MQ=255) agagTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCt < 3:71310/149‑1 (MQ=255) ctCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCttt < 2:230693/147‑1 (MQ=255) tGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACATACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTg > 1:106312/1‑149 (MQ=255) gCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTg < 8:201369/146‑1 (MQ=255) cGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCaaa < 7:355850/149‑1 (MQ=255) aTTCTGGGGATTGGGGGCCGCCCAGGGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTAGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGTCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCt < 2:196926/149‑1 (MQ=255) ttCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTg > 2:301953/1‑149 (MQ=255) ggTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAAt > 6:339174/1‑149 (MQ=255) gTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAAt < 2:106312/148‑1 (MQ=255) tGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGc < 5:376384/149‑1 (MQ=255) gAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCa > 8:345371/1‑149 (MQ=255) aaTTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCa > 4:353713/1‑123 (MQ=255) aaTTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCa < 3:353713/123‑1 (MQ=255) aaTTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCa < 4:27367/148‑1 (MQ=255) aaTTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCAt > 4:240293/1‑149 (MQ=255) gccggggCCGCTGGGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCTCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCAtt > 3:365175/4‑149 (MQ=255) gggCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGAcc > 5:84159/1‑149 (MQ=255) ggCCGCCCAGAGGCCCCGGCATTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACGCCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCAACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCACGCGATCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGAcc > 6:329974/1‑148 (MQ=255) gccCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTAAGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccacc > 6:291494/1‑148 (MQ=255) | ACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGGCGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACA‑ACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACCCACC > NC_002947/2290255‑2290541 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |