Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,212,988 | T→A | 10.0% | L19M (TTG→ATG) | mexC → | multidrug RND transporter membrane fusion protein MexC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,212,988 | 0 | T | A | 10.0% | 187.2 / 11.4 | 70 | L19M (TTG→ATG) | mexC | multidrug RND transporter membrane fusion protein MexC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/33); new base A (5/2); total (35/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 |
TAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAG‑CCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTGC > NC_002947/3212843‑3213132 | tAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTgg > 3:309187/1‑149 (MQ=255) tAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGGGTGGGATGGGCAAGACAGGTTCGAGAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTgg > 8:115249/1‑149 (MQ=255) aaGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGTTAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTgg < 1:259376/148‑1 (MQ=255) agagTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGc < 1:61723/148‑1 (MQ=255) tCTTTTATTATTTAAATGAGACAATTTTGACTCTTGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCTATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGgt < 4:232912/149‑1 (MQ=255) tCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGGTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGgt < 7:206562/149‑1 (MQ=255) ttttATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGgtgt > 5:344846/1‑149 (MQ=255) ttttATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGgtgt > 4:45187/1‑149 (MQ=255) tctGATTTTAATGCCACAATCTAGACTCATGGGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGCCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGa < 4:309187/146‑1 (MQ=255) 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ccATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGACCCCGCATCAGAGCAGGACGGTGCAGACCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGgc < 1:265551/92‑1 (MQ=255) gCGATCGCCATGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAG‑CCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGa < 7:346626/149‑1 (MQ=255) gATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAG‑CCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAgg > 6:150677/1‑149 (MQ=255) gCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAG‑CCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTGc < 7:226926/148‑1 (MQ=255) | TAAGAGTCTTTTATGATTTTAATGAGACAATATTGACTCATGTGGGTTTGAAAAGTAGCATCCGCCCCGTTTTCAATCAAGGTTCGGGTGTGTGATGGGCAAGACAGGTTCGATAAGGGTGGGCGCATTGGCCATGGCGATCGCCTTGGCCGGGTGTGAGCCCGCAGCAGAGCAGGACGGTGCAG‑CCAATGCGAGCTACCCGGTGGAAATCGTGACATTGGCGCCCGAGCAGGTCGCCTTGGCGGCTGAACTGCCGGGCCGGGTCGAGCCGATGCGCGTCGCCGAGGTGC > NC_002947/3212843‑3213132 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |