| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,462,680 | C→A | 6.7% | D560Y (GAC→TAC) | PP_3078 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,462,680 | 0 | C | A | 6.7% | 189.0 / 3.8 | 60 | D560Y (GAC→TAC) | PP_3078 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/31); new base A (2/2); total (27/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
GGCAGGCCGAAGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCG > NC_002947/3462535‑3462825 | ggCAGGCCGAAGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGa < 7:208724/148‑1 (MQ=255) aGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCt < 6:149326/149‑1 (MQ=255) ggTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACg < 4:351192/149‑1 (MQ=255) ggTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATAGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACAAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTCCg > 6:141874/1‑149 (MQ=255) ttCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGc > 3:93591/1‑149 (MQ=255) cacaaGAAGGTGGAGATGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCAAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCgg < 1:297576/149‑1 (MQ=255) accaGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCggg > 4:56984/1‑149 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTc > 4:208033/1‑149 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTc < 7:227476/149‑1 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTAGACCACCTGATCGACGGcctg < 1:118801/146‑3 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTAGACCACCTGATCGACGGcctg > 2:118801/1‑144 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGAGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCCGGCCGTAGA‑CACCTGATCGACGGCCTGGTcc < 4:75156/149‑1 (MQ=255) gACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGGCGGC‑CGGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCt < 4:258359/149‑1 (MQ=255) 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aGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCg > 3:59337/1‑149 (MQ=255) gTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATTAGGTTGTTCGAGCCgg > 8:310189/1‑149 (MQ=255) gTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATTAGGTTGTTCGAGCCgg < 7:310189/149‑1 (MQ=255) gggATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTc < 2:204560/149‑1 (MQ=255) gggATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTc < 2:74898/149‑1 (MQ=255) 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gCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCgg > 4:275680/1‑149 (MQ=255) cGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGCCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGc < 2:359406/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACa < 4:93591/149‑1 (MQ=255) gcagcaTGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGcc < 7:304040/59‑1 (MQ=255) gcagcaTGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGcc > 8:304040/1‑59 (MQ=255) gcagcaTGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAgg < 2:281270/149‑1 (MQ=255) aTGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGAc < 1:352853/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTTGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCgg < 1:81709/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCTGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCgg < 6:81355/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACg < 2:228161/148‑1 (MQ=255) gcgcGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGGCTACGGCCGGGTCCTGCAAACCCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGGGACCGGGTAGCCGGTGACGAt < 7:280549/149‑1 (MQ=255) cccggCCGTAGACCACCTGATCGACGGCCTGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCg > 6:151132/4‑149 (MQ=38) cAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGt < 3:275680/149‑1 (MQ=255) cGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTcg > 3:146962/1‑149 (MQ=255) cGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGCGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTcg > 8:123831/1‑149 (MQ=255) | GGCAGGCCGAAGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCG > NC_002947/3462535‑3462825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |