| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,462,687 | G→C | 7.0% | H557Q (CAC→CAG) | PP_3078 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,462,687 | 0 | G | C | 7.0% | 179.6 / 3.2 | 57 | H557Q (CAC→CAG) | PP_3078 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/29); new base C (2/2); total (26/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
AGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGCCATC > NC_002947/3462545‑3462834 | aGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCt < 6:149326/149‑1 (MQ=255) ggTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACg < 4:351192/149‑1 (MQ=255) ggTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATAGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACAAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTCCg > 6:141874/1‑149 (MQ=255) ttCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGc > 3:93591/1‑149 (MQ=255) cacaaGAAGGTGGAGATGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCAAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCgg < 1:297576/149‑1 (MQ=255) accaGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCggg > 4:56984/1‑149 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTc > 4:208033/1‑149 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTc < 7:227476/149‑1 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTAGACCACCTGATCGACGGcctg < 1:118801/146‑3 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTAGACCACCTGATCGACGGcctg > 2:118801/1‑144 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGAGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCCGGCCGTAGA‑CACCTGATCGACGGCCTGGTcc < 4:75156/149‑1 (MQ=255) gACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGGCGGC‑CGGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCt < 4:258359/149‑1 (MQ=255) aGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGGCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAAcc < 8:305275/149‑1 (MQ=255) cccGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGCCCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAg > 4:42443/1‑149 (MQ=255) ggTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGgtt < 5:57634/149‑1 (MQ=255) ggTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGgtt > 2:81709/1‑149 (MQ=255) ggTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTc < 1:378650/149‑1 (MQ=255) ggTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTc < 3:208033/149‑1 (MQ=255) 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gTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATTAGGTTGTTCGAGCCgg > 8:310189/1‑149 (MQ=255) gTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATTAGGTTGTTCGAGCCgg < 7:310189/149‑1 (MQ=255) gggATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTc < 2:74898/149‑1 (MQ=255) gggATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTc < 2:204560/149‑1 (MQ=255) cAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGc < 7:288409/149‑1 (MQ=255) 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cAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGt < 3:275680/149‑1 (MQ=255) cGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTcg > 3:146962/1‑149 (MQ=255) cGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGCGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTcg > 8:123831/1‑149 (MQ=255) tCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCgcgcgc > 3:187423/1‑148 (MQ=255) tCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGcc < 4:146962/149‑1 (MQ=255) gtggtCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGCCATc > 3:191759/1‑148 (MQ=255) | AGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGCCATC > NC_002947/3462545‑3462834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |