| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,462,693 | T→G | 6.9% | V555V (GTA→GTC) | PP_3078 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,462,693 | 0 | T | G | 6.9% | 181.7 / 4.7 | 58 | V555V (GTA→GTC) | PP_3078 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/29); new base G (2/2); total (27/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
AGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGCCATCAACCGGT > NC_002947/3462545‑3462841 | aGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCt < 6:149326/149‑1 (MQ=255) ggTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACg < 4:351192/149‑1 (MQ=255) ggTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATAGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACAAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTCCg > 6:141874/1‑149 (MQ=255) 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caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTAGACCACCTGATCGACGGcctg < 1:118801/146‑3 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTAGACCACCTGATCGACGGcctg > 2:118801/1‑144 (MQ=255) caGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGAGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCCGGCCGTAGA‑CACCTGATCGACGGCCTGGTcc < 4:75156/149‑1 (MQ=255) gACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGGCGGC‑CGGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCt < 4:258359/149‑1 (MQ=255) aGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGGCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAAcc < 8:305275/149‑1 (MQ=255) 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tCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCgcgcgc > 3:187423/1‑148 (MQ=255) tCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGcc < 4:146962/149‑1 (MQ=255) gtggtCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGCCATc > 3:191759/1‑148 (MQ=255) gtCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGCCATCAAc < 5:214169/148‑1 (MQ=255) tACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGCCATCAACCGGt > 7:15367/1‑149 (MQ=255) | AGCGGTTCCACCAGACGGTGGAGCTGCCCGGTGGGTAATAGTTGGGGATCCAGTAGTAATTCCATTGCAGCACGCGGTCCAGGGCATGGGCGTGGCGCAGCATGTCGGC‑CTGGGTGTCGGCGCGGACCAGGCCGTCGATCAGGTGGTCTACGGCCGGGTCCTGCAAAACCATCAGGTTGTTCGAGCCGGGGTCGTGAGCGGCCGCCGAACCAAAGTAGTTGTACAACTCGGCGCCCGGCGACAGGGTGACCGGGTAGCCGGTGACGATCATGTCGTAGTCGCGCGCCATCAACCGGT > NC_002947/3462545‑3462841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |