Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,463,547 | C→G | 8.2% | D271H (GAC→CAC) | PP_3078 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,463,547 | 0 | C | G | 8.2% | 170.8 / 4.9 | 58 | D271H (GAC→CAC) | PP_3078 | ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/28); new base G (2/3); total (27/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 |
TAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGC > NC_002947/3463402‑3463689 | tAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCAc < 8:178333/148‑1 (MQ=255) gctcAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGGTGTAGTCGTCGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCACGTGAcct < 6:373798/145‑3 (MQ=255) ccAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACAGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATCCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TCGCGGGAAGGTCACGTGcc > 1:257678/1‑149 (MQ=255) cAAGGTGTAGGCCGTGGCTGAGAAGTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGccc < 4:79269/149‑1 (MQ=255) cAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGCATGGTGGGCACGTGACCTGcc > 6:37614/1‑149 (MQ=255) gtgtAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCccacca < 7:57587/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGCTTGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCgg < 1:34780/149‑1 (MQ=255) cGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGCATGGTGGGCACGTGACCTGCccgccagccgtgg < 5:37614/149‑8 (MQ=38) ggCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTcgc > 5:188947/1‑149 (MQ=255) ggAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGtt < 5:298841/149‑1 (MQ=255) ggAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGtt < 6:273798/149‑1 (MQ=255) aaCTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTGCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGGAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGaa < 4:47926/149‑1 (MQ=255) aCTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAg < 6:303374/149‑1 (MQ=255) aCTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAg < 2:75227/149‑1 (MQ=255) aCTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGACACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAg < 5:88783/149‑1 (MQ=255) tCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGt > 7:197441/1‑149 (MQ=255) ctgTTTTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGAt < 2:257678/147‑1 (MQ=255) ttgTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGcg > 4:357725/3‑148 (MQ=255) gTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCg < 5:347076/148‑1 (MQ=255) tAGCCACCGCCTTTTAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGAtgctgc < 4:352429/142‑1 (MQ=255) tAGCCACCGCCTTTAAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGAtgctgc > 3:352429/1‑142 (MQ=255) aCCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGa > 4:117081/1‑149 (MQ=255) ccGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGAt < 8:197441/149‑1 (MQ=255) cTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGGCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATgcgc > 7:138061/1‑149 (MQ=255) cTTTGAGGACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAACTTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATgcgc < 4:46758/149‑1 (MQ=255) aGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGGTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAAt > 8:111828/1‑149 (MQ=255) ccTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCgg > 4:160356/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTc > 1:204680/1‑132 (MQ=255) cTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTc < 2:204680/132‑1 (MQ=255) cTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCg > 7:243269/1‑133 (MQ=255) gcgcgcCACTTCGGAGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATg < 8:138061/149‑1 (MQ=255) ccACTTCGGTGTCGCCGAAGGACTCGATGCGCAGTGTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGGCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCg > 2:285800/1‑149 (MQ=255) cACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGc < 6:188947/149‑1 (MQ=255) cTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCTCGTGCCCACGATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGccc < 4:10504/130‑1 (MQ=255) cTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGccc > 3:10504/1‑130 (MQ=255) tgtCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACt > 4:256325/1‑149 (MQ=255) tgtCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACt > 8:169298/1‑149 (MQ=255) gtCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTg < 3:160356/149‑1 (MQ=255) gCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCt > 2:367827/1‑149 (MQ=255) ccGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCtt > 8:254761/1‑149 (MQ=255) cGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGGAAAATGGCTTg > 1:134392/1‑149 (MQ=255) gAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGt < 3:117081/149‑1 (MQ=255) gAAGTACTCGATGCGCAGTTTGGCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGt < 4:130037/149‑1 (MQ=255) gcatACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGTC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTc < 1:228618/146‑1 (MQ=255) gcgcAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCAc > 4:89801/1‑149 (MQ=255) gcAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCg > 7:101998/1‑149 (MQ=255) aGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGtt < 7:254761/149‑1 (MQ=255) tttGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTgg < 8:101998/149‑1 (MQ=255) tCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCaaa < 3:89801/149‑1 (MQ=255) gAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGt > 7:363894/1‑149 (MQ=255) gAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGt > 5:217385/1‑149 (MQ=255) aCGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGt > 1:390179/1‑149 (MQ=255) ggtgggCACGTGACCTGCCCGCCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCAc > 2:275884/4‑116 (MQ=255) ggtgggCACGTGACCTGCCCGCCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCAc < 1:275884/113‑1 (MQ=255) gCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTc > 6:167349/1‑149 (MQ=255) gggCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCgg < 7:169298/149‑1 (MQ=255) gggCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCgg > 1:158499/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCTGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGc < 7:323036/149‑1 (MQ=255) | TAGCCCAAGGTGTAGGCCGTGGCGGAGAACTCGCGGTTGTAGTCGTAGCCACCGCCTTTGAGTACCTGGCGCGCCACTTCGGTGTCGCCGAAGTACTCGATGCGCAGTTTGTCGAAATTGTAGCGGCCACGGC‑TGGCGGGCAGGTCACGTGCCCACCATGCCGGGTCGCGTTCGAAGGTGATGCTGCGGCCGTTGTCGATGCGCCCAATGCGGTATGGCCCGCTGCCGACTGGCTTGTCGAAGCCGGCACCGTTGGCAAAGTCGCGCTGCTGCAGGTCGTGCTCGGGC > NC_002947/3463402‑3463689 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |