| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,470,848 | C→A | 7.0% | A562S (GCG→TCG) | PP_3084 ← | ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,470,848 | 0 | C | A | 7.0% | 184.1 / 3.5 | 57 | A562S (GCG→TCG) | PP_3084 | ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/22); new base A (2/2); total (33/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.44e-01 | |||||||||||
CACTCGATGGTGCCGTTGGCCCCTGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCGCTGCCGAAATAG > NC_002947/3470701‑3470996 | cacTCGATGGTGCCGTTGGCCCCTGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGcc < 1:221555/149‑1 (MQ=255) ggTGCCGTTGGCCCCTGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTc > 3:49102/1‑149 (MQ=255) tGCCGTTGGCCCCTGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGa < 1:248421/149‑1 (MQ=255) ggcctGGCCCAGGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑g > 1:211147/5‑149 (MQ=255) gcctGGCCCAGGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑Gc > 4:187306/4‑149 (MQ=255) gCCCCTGGGCCAGGCCCTCGATGCGGGTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATc < 8:77318/149‑1 (MQ=255) cccTGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGa < 7:214278/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGAGCGACt > 1:194033/1‑149 (MQ=255) tGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTg > 8:96739/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCCTCGATGCGGTTGTCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGATCAGC‑GTCGACAGCTGGGCGACTGccac < 6:261769/149‑3 (MQ=38) cTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAc > 6:32919/1‑126 (MQ=255) cTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAc < 5:32919/126‑1 (MQ=255) ggTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTc < 4:49102/149‑1 (MQ=255) gTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTc > 1:133155/1‑148 (MQ=255) ttGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCaa < 2:211147/149‑1 (MQ=255) ggCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAAc < 6:58006/148‑1 (MQ=255) gCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACa < 3:187306/148‑1 (MQ=255) aaCGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGATCAGC‑GTCGACAGCTGGGCGACTGc > 7:190927/1‑120 (MQ=38) aaCGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGATCAGC‑GTCGACAGCTGGGCGACTGc < 8:190927/120‑1 (MQ=38) aCGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCgg > 1:378307/1‑149 (MQ=255) gACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGcc > 3:350411/1‑118 (MQ=255) gACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGcc < 4:350411/118‑1 (MQ=255) aTGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCca < 7:96739/149‑1 (MQ=255) tCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCcagcag > 4:205176/1‑149 (MQ=255) cccAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCagcagc < 6:48933/149‑1 (MQ=255) tGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGgtg > 1:176691/1‑149 (MQ=255) aTCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGAGCGTc > 2:145073/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGAGTCGGa > 4:40017/1‑148 (MQ=255) ccATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAAcgc < 2:133155/149‑1 (MQ=255) aTACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGa < 2:176691/149‑1 (MQ=255) acCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGct > 8:255883/1‑149 (MQ=255) gggTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCttg > 5:141120/1‑149 (MQ=255) gtgATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCg < 6:94178/126‑1 (MQ=255) gATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCg < 7:81442/147‑1 (MQ=255) gATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCg > 8:81442/1‑147 (MQ=255) gATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGt > 7:21509/1‑149 (MQ=255) gATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGt > 4:247435/1‑149 (MQ=255) aCTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTg > 8:338303/1‑149 (MQ=255) cTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGc < 3:247435/149‑1 (MQ=255) gTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGCCGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCcgacga > 1:141706/1‑149 (MQ=255) tAAGGCGTGTTGCGCACACGTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCGGATCGACTGCCGGGGCACTCCCAATGTCAACAGAACGCGGTCATCAAGCAGCCGCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGAt < 8:355027/149‑1 (MQ=255) gtgtTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCgg > 1:335827/1‑149 (MQ=255) gcgcACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAAcgc > 7:162028/1‑108 (MQ=255) gcgcACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAAcgc < 8:162028/108‑1 (MQ=255) gcgcACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGt > 1:55129/1‑149 (MQ=255) cgcACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTg > 5:60434/1‑149 (MQ=255) cgcACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGAACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTg > 1:289964/1‑149 (MQ=255) gcACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTg > 8:68303/1‑148 (MQ=255) acacCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCa > 7:305162/1‑148 (MQ=255) cTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGCCTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCg > 7:23709/1‑149 (MQ=255) cTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCg > 7:246987/1‑149 (MQ=255) gtgGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCGAGCAGCCCGAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTATTGCCGACGATGCGCCGGTCGTGCAAATCGCt > 6:89035/1‑149 (MQ=255) tgGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCGCt < 3:205176/148‑1 (MQ=255) tgGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGAGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCGCt < 3:40017/148‑1 (MQ=255) gCAGTCGATCAGC‑GTCGACAGCTGGGCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCGCTGcc > 4:336086/1‑149 (MQ=255) gTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCGCTGCCGa > 5:367708/1‑148 (MQ=255) tCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCGCTGCCGaaa < 7:338303/149‑1 (MQ=255) cGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCGCTGCCGAAAt < 8:246987/149‑1 (MQ=255) cccAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCGCTGCCGAAATAg > 5:256534/1‑149 (MQ=255) | CACTCGATGGTGCCGTTGGCCCCTGGGCCAGGCCCTCGATGCGGTTGGCATAGAACGACACATGCTCCCAGGGTTTGATCACCAGGCCATACACCGGGGTTGTGATCGACTCATCGTAAGGCGTGTTGCGCACACCTGTGGCAGTCGCCCAGCTGTCGAC‑GCTGATCGACTGCCGGCGCACGCCCACGGTCAACAGCACGCGGTCATCCAGCAGCCCCAGGGTGTCGGACAACGCGACGCTCTTGTTGCGGTTCTTGCCGACGATGCGCGGGTCGTGCAAATCGCTGCCGAAATAG > NC_002947/3470701‑3470996 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |