Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,472,089 | T→G | 7.2% | Q148P (CAA→CCA) | PP_3084 ← | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,472,089 | 0 | T | G | 7.2% | 155.3 / 2.0 | 51 | Q148P (CAA→CCA) | PP_3084 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/23); new base G (2/2); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTAGCCACTGCCGGCCAACAGACGG > NC_002947/3471948‑3472235 | ttGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCAGAACGGCACGTCGCTGATAGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGCCGCTAAGGGCTACCTGGCCACCTTGCCacg > 7:364365/1‑146 (MQ=255) agcagcACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTAt < 1:168597/148‑1 (MQ=255) gcagcaCGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCg > 5:356111/1‑149 (MQ=255) gcagcaCGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGGCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCg < 8:34397/149‑1 (MQ=255) gTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCAAGGTGGCCAGGTa > 5:258803/1‑139 (MQ=255) gTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCAAGGTGGCCAGGTa < 6:258803/139‑1 (MQ=255) ccAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTggcggc > 8:338917/1‑148 (MQ=255) cAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCa < 7:338917/149‑1 (MQ=255) cGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCt < 1:71020/149‑1 (MQ=255) gggCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTg > 8:71885/1‑149 (MQ=255) ggCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTcg > 4:276955/1‑149 (MQ=255) ggCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTc < 5:91853/148‑1 (MQ=255) gCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCCTGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTcgc < 5:305958/149‑1 (MQ=255) tCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGt > 3:149636/1‑149 (MQ=255) ggCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTg > 8:325780/1‑124 (MQ=255) ggCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTg < 7:325780/124‑1 (MQ=255) gCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCAc < 3:154807/149‑1 (MQ=255) cGGTATAGCTTGCAACTCTGAACGGCACTTCGCTTATTGCCTGGTCGACCACCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGTCTACCTTGCCACCTTGCAAGGTATCTGTTCGGGCGGCCAGGTCTCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCAc < 6:389515/148‑1 (MQ=255) gCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGc < 7:71885/149‑1 (MQ=255) gCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGc < 4:13075/149‑1 (MQ=255) cTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGcc < 3:292510/149‑1 (MQ=255) gTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGcc > 2:227987/1‑146 (MQ=255) gTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCa < 1:227987/148‑1 (MQ=255) aaCGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGt > 5:310896/1‑149 (MQ=255) gCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGa > 8:103926/1‑149 (MQ=255) gCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGa > 3:310375/1‑149 (MQ=255) aCGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTc < 3:73229/149‑1 (MQ=255) aCGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTc < 2:228883/149‑1 (MQ=255) cGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCg > 8:22106/1‑149 (MQ=255) gCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGgc < 6:356111/149‑1 (MQ=255) gTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGcc > 1:332327/1‑148 (MQ=255) tCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCaa < 3:276955/149‑1 (MQ=255) gCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGt > 4:239044/1‑149 (MQ=255) cccAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCGACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTc < 6:310896/149‑1 (MQ=255) cAGCACGCCCAGTCGTGCGCTACGGGCTTCCTCGCCACCTGCCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCATGTCGCGTTTGATGGCGTTCGCGGCCAGTTCCAGGGGATTGCCCACGTCGACCGTCGGCGCAATGGTTTAACCGGCACTGTCgg < 8:364365/149‑1 (MQ=255) cAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCgg > 1:387574/1‑149 (MQ=255) aCGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGt > 8:84002/1‑149 (MQ=255) gCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCTCCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCgtcgtcgt > 1:36375/1‑142 (MQ=255) cccAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGAt > 7:33375/1‑149 (MQ=255) cAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGAt > 7:278002/1‑147 (MQ=255) ggcgggcgCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAgg < 4:310375/149‑1 (MQ=255) gcgggcgCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGc < 3:239044/149‑1 (MQ=255) gcgggcgCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGc > 6:258397/1‑149 (MQ=255) tACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTAGCCa > 3:366049/1‑149 (MQ=255) tACCTGGCAAGGTGGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCCGTTCCACGGGATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTATCCACTGCCgg > 6:28066/1‑149 (MQ=255) cTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTAGCCACTGCCg > 8:278436/1‑145 (MQ=255) cTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTAGCCACTGCCg < 7:278436/145‑1 (MQ=255) cTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTAGCCACTGCCGGCCa < 7:103926/149‑1 (MQ=255) ggCCACCTTACCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTAGCCACTGCCGGCCaa > 6:121595/1‑148 (MQ=255) cACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTAGCCACTGCCGGCCAACAGa > 1:77546/1‑149 (MQ=255) cTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTAGCCACTGCCGGCCAACAGACgg < 2:332327/149‑1 (MQ=255) | TTGAGCAGCACGTCACCCAGGGTACGGGCCTGCTGGTCGGCGATGGTCTTGGCGGTATAGCTGGTAACGCTGAACGGCACGTCGCTGATTGCCTGGTCGCCCAGCACGCCCAGGCGGGCGCTACGGGCTACCTGGCCACCTTGCCAGGTATCGGTGCTGGCGGCCAGGTCGCTGTTGATGGTGGTCGCGCCCAGTTCCACGGCATTGCCCAGGTCGACCGTCGGCGCCAAGGTATAACCGCCACTGTCGGTAGTGATCAGGCTGTAGCCACTGCCGGCCAACAGACGG > NC_002947/3471948‑3472235 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |