Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,610,268 | A→C | 11.6% | intergenic (‑36/+20) | PP_3183 ← / ← mcoA | SCO1/SenC family protein/Mn(II) copper oxidase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,610,268 | 0 | A | C | 11.6% | 130.6 / 8.3 | 50 | intergenic (‑36/+20) | PP_3183/mcoA | SCO1/SenC family protein/Mn(II) copper oxidase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/18); new base C (2/3); total (28/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 |
GAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGG > NC_002947/3610129‑3610415 | gagGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCCATGCGGccc < 3:299107/149‑1 (MQ=255) ctgctTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCCATGCGGcccccatcag < 1:73241/149‑7 (MQ=255) ctTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGca < 1:229551/148‑1 (MQ=255) tCGGCCACCGTTCGGTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACCACGCCAGTACCAGCAGGAATCCCCAGGAGCCGGACATGATGCGGTCCTCGTGGGTGGGCTGATGGCGGCCGCATGCCGGCCCCGCTATGcact > 2:97219/1‑148 (MQ=255) gCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGcactcact > 6:63919/1‑149 (MQ=255) ggTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGgcg > 4:180939/1‑149 (MQ=255) ttGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGGATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCt < 7:303502/149‑1 (MQ=255) ccAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAtgt > 4:354243/1‑130 (MQ=255) ccAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTAtgt < 3:354243/130‑1 (MQ=255) aGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTg > 4:82234/1‑149 (MQ=255) gAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCGTGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTgg < 3:38235/149‑1 (MQ=255) aaCGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGc < 1:178875/149‑1 (MQ=255) ggAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCACATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGAcc > 6:333684/1‑147 (MQ=255) aaTGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGt > 6:241151/1‑117 (MQ=255) aaTGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGt < 5:241151/117‑1 (MQ=255) cTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTc < 5:63919/148‑1 (MQ=255) gAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCAcc > 7:180373/1‑149 (MQ=255) caacGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGAGCTGTCACCGTCTGGCCCACCGTCGATTTCACCGTg > 7:346866/1‑149 (MQ=255) aacGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGa > 2:171135/1‑149 (MQ=255) gcagGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGt > 4:102260/1‑149 (MQ=255) gAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCATCGTGACCGTCGCTGGCGTGGcc > 1:386324/1‑149 (MQ=255) gCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGc < 3:180939/148‑1 (MQ=255) gCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGc > 7:127154/1‑148 (MQ=255) ccATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGcc > 8:167697/1‑148 (MQ=255) ccATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGcc > 6:72818/1‑148 (MQ=255) ccATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGcc > 5:56055/1‑148 (MQ=255) gCCGGGCATGCTGCGGTACTCGTGGGTGGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGAGTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCg < 4:280412/149‑1 (MQ=255) gCCGGACATGATGCGGTCCTCGTGGGTGGGCTGATGGGGGCCGCAGGGCGGCCCCGCTGTGCACTCACTTGTAGGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCg < 1:97219/149‑1 (MQ=255) ccGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTGTGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCgg > 6:321969/1‑149 (MQ=255) ggCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCggtgg < 5:72818/149‑1 (MQ=255) ggCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGAAGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCggtgg > 1:33331/1‑149 (MQ=255) cATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCggtggtg < 6:56055/149‑1 (MQ=255) ggTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTg < 8:261769/115‑1 (MQ=255) ggTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTg > 7:261769/1‑115 (MQ=255) gTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGc > 8:183626/1‑148 (MQ=255) cTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTAcc > 8:12180/1‑149 (MQ=255) tCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTAccc > 2:288990/1‑149 (MQ=255) tGGGTTGGCTGATGGGGGCCACATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGACCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGcc < 5:333684/149‑1 (MQ=255) cTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCggtggtg < 4:273850/125‑1 (MQ=255) tGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAAc > 2:53844/1‑143 (MQ=255) tGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAAc < 1:53844/143‑1 (MQ=255) tGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGccc > 5:307215/1‑149 (MQ=255) aaagcggggCCGCCATGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGccc > 6:76478/6‑149 (MQ=255) aTGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGccccc < 3:102260/149‑1 (MQ=255) ggggCCGCCATGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCg > 7:311920/1‑147 (MQ=255) ggggCCGCCATGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTa < 5:76478/149‑1 (MQ=255) gggCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCATCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAg < 2:386324/149‑1 (MQ=255) cGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGt < 7:183626/149‑1 (MQ=255) gCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTg > 8:57508/1‑149 (MQ=255) cATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGCCCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTgg > 4:231502/1‑149 (MQ=255) | GAGGCCGCTGCTTCGGCCACCGTTCGTTGGGGTTGCAACGGCCAGAACGGAATGCTGGCGGCGAACAACGCCAGTACCAGCAGGAATCGCCATGAGCCGGGCATGATGCGGTCCTCGTGGGTTGGCTGATGGGGGCCGCATGGCGGCCCCGCTTTGCACTCACTTGTATGTGACTGGCGCTGTCACCGTCTGGCCCAGCGTCGATTTCACCGTGACCGTCGCTGGCGTGGCCGGGCCAAAGCCGGTGGTGGTCACCGCTACCCGCCAACGGGCCCCCGTAGTCGTGG > NC_002947/3610129‑3610415 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |