Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,770,396 | C→G | 7.7% | A661A (GCC→GCG) | PP_3330 → | ferric siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,770,396 | 0 | C | G | 7.7% | 161.1 / 4.4 | 52 | A661A (GCC→GCG) | PP_3330 | ferric siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/24); new base G (2/2); total (26/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 |
AGACCATCGGCGGCGTGGTGTACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATCCACCAGACCAACACC > NC_002947/3770251‑3770543 | agaCCATCGGCGGCGTGGTGTACTCGCGCAAGGGGAAGAAGCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGAACTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAac < 7:147495/149‑1 (MQ=255) aTCGGCGGCGTGGTGTACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGc > 7:103054/1‑149 (MQ=255) ggcggcGTGGTGTACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTTGGCGTACACCgat > 2:308503/1‑145 (MQ=255) ggcgTGGTGTACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTTGGCGTACACCgatgagac < 1:308503/149‑8 (MQ=255) ggcgTGGTGTACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATAc < 3:184235/149‑1 (MQ=255) gtgtACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCAt < 2:277117/148‑1 (MQ=255) gtgtACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATg < 7:1123/149‑1 (MQ=255) gtgtACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATg > 1:351550/1‑149 (MQ=255) tACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATggg > 4:330884/1‑148 (MQ=255) cTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTa < 7:306518/148‑1 (MQ=255) tCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTAcc > 4:181647/1‑149 (MQ=255) gCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACAcc > 5:143571/1‑149 (MQ=255) cGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACggg > 7:141818/1‑149 (MQ=255) cGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACggg < 2:351550/149‑1 (MQ=255) cGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACggg < 3:181647/149‑1 (MQ=255) aTCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCAt < 6:143571/149‑1 (MQ=255) tCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTTGGCGTACACCgatg < 3:331619/105‑4 (MQ=255) tCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTTGGCGTACACCgatg > 4:331619/1‑102 (MQ=255) cccGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGa < 5:99280/148‑1 (MQ=255) gACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCa < 1:83464/149‑1 (MQ=255) cAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCCCGACCTGGAc > 4:314777/1‑148 (MQ=255) tctGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCAc > 5:46586/1‑149 (MQ=255) gACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCaa < 8:141818/148‑1 (MQ=255) cTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCa < 8:103054/149‑1 (MQ=255) aCGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTcc < 3:258376/113‑1 (MQ=255) aCGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTcc > 4:258376/1‑113 (MQ=255) aCGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGTACAACCACGTGCAAGTCacc > 5:207560/1‑147 (MQ=255) cGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAg < 7:297284/147‑1 (MQ=255) gACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAgcgc > 5:41923/1‑149 (MQ=255) aCCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAgcgcg > 1:334184/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCCGGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAgcgcgc < 8:270992/148‑1 (MQ=255) cccGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGGTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGGATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTgcg > 2:371354/1‑149 (MQ=255) aGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCAcc > 8:345108/1‑149 (MQ=255) aGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCAcc > 6:177333/1‑149 (MQ=255) aGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCAcc > 6:362401/1‑149 (MQ=255) ggggCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACcgacga < 2:130568/149‑1 (MQ=255) ggCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAgg < 6:46586/149‑1 (MQ=255) gCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGgt > 1:169711/1‑149 (MQ=255) ccGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGgtg < 2:169711/149‑1 (MQ=255) ccGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGccc > 8:123121/1‑149 (MQ=255) gaTGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCtt < 7:365509/148‑1 (MQ=255) gTCTCTTCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCTTGGGTACCGCCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTTGACAAGCACGTGCATGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCa < 6:207560/148‑1 (MQ=255) tctcATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACcg > 7:61189/1‑126 (MQ=255) tctcATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACcg < 8:61189/126‑1 (MQ=255) tctcATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATc > 2:49300/1‑149 (MQ=255) tcATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATcca > 7:96567/1‑149 (MQ=255) aTCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAg > 7:52494/1‑127 (MQ=255) aTCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAg < 8:52494/127‑1 (MQ=255) ggTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATCCACCAg < 1:371354/148‑1 (MQ=255) tgtACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATCCACCAGAc > 6:61167/1‑148 (MQ=255) gtACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATCCACCAGAcc > 5:71160/1‑148 (MQ=255) cGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATCCACCAGACCAac < 2:311631/148‑1 (MQ=255) ccAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATCCACCAGACCAACAcc > 2:292004/1‑149 (MQ=255) ccAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATCCACCAGACCAACAcc > 1:235749/1‑149 (MQ=255) | AGACCATCGGCGGCGTGGTGTACTCGCGCAAGGGCAAGAACCCGGTCAACATCCCCGACCGCGTGGCCAACCTCTGGTTGACCTACGACCTGGCGCCCGGCTGGCAGGTCGGGGCCGATGCCCGCTATGTCTCATCGGTGTACGCCAACACCGCCAATACCGCATGGGTACCGTCGTACACCGTCTACGGGCTGTCCATGACCCACGACCTGGACAAGCACGTGCAAGTCAGCGCGCGGCTGCGCAACCTCACCGACGAGGTGTATGCCCGCTTCATCCACCAGACCAACACC > NC_002947/3770251‑3770543 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |