| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 274,154 | A→T | 6.4% | L139Q (CTG→CAG) | PP_0221 ← | methionine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 274,154 | 0 | A | T | 6.4% | 218.8 / 3.7 | 77 | L139Q (CTG→CAG) | PP_0221 | methionine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/33); new base T (3/2); total (42/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.72e-01 | |||||||||||
GTCGGCGTCGTCGTAGGCGCGTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCTTTTGTACTTTTTCGAGTACAGGCCAACGTTGTTGATGATGCCCGGGGCGTAAGGCACAAGGTTGAAGCCTGCAG > NC_002947/274006‑274298 | ggcGGCGTCGTCGTAGGCGCGTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCcagcagcagca < 6:327443/147‑1 (MQ=255)gTCGGCGTCGTCGTAGGCGCGTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCcagcagcagca < 2:86813/149‑1 (MQ=255) tCGGCGTCGTCGTAGGCGCGTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCcagcagcagcag < 3:85846/149‑1 (MQ=255) ggCGTCGTCGTAGGCGCGTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGTGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGc < 1:282411/149‑1 (MQ=255) gCGTCGTCGTAGGCGCGTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGcc > 8:23427/1‑149 (MQ=255) gtAGGCGCGTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGc > 5:309320/1‑149 (MQ=255) gtAGGCGCGTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCGTGGCCTGCTGCTGCTGGCCAAGGCCg < 4:370568/148‑1 (MQ=255) gTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATc > 4:215707/1‑149 (MQ=255) gTACCAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATc < 7:23427/149‑1 (MQ=255) ccAGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCggg > 7:363922/1‑149 (MQ=255) aGTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTc < 4:166508/149‑1 (MQ=255) gTTGCACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCg > 8:329434/1‑149 (MQ=255) cACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCCGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGTTGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTg < 4:25953/148‑1 (MQ=255) cACCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTgg < 4:260669/149‑1 (MQ=255) aCCGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGc < 6:309320/149‑1 (MQ=255) cGCCTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGa < 2:120251/149‑1 (MQ=255) ccTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGGCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑g < 8:219450/149‑1 (MQ=255) ccTCGACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑g < 1:389629/149‑1 (MQ=255) gACCTGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGcc < 7:329434/148‑1 (MQ=255) tGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCt > 3:47597/1‑149 (MQ=255) tGAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCA‑GGCCTTGGCCATCATCAGCAGGCCACTGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCActat > 5:327125/1‑146 (MQ=255) gAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTg > 6:92933/1‑149 (MQ=255) gAAGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGATGGCGAT‑GGCCACGCTg > 4:177280/1‑149 (MQ=255) aaGGATCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTgg > 3:320480/1‑149 (MQ=255) tCTTCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCt > 3:20494/1‑149 (MQ=255) ttCAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGGGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGATGGGGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCAAGGCCGCTGTTTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCtt < 1:265170/149‑1 (MQ=255) ttCAGCATTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACTCCGGCCTTGAGGGTGATAAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGATGGCGACtt > 5:196909/1‑148 (MQ=255) cAGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAg > 3:123150/1‑149 (MQ=255) aGCTTTTTAGGGTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAgg < 5:92933/149‑1 (MQ=255) ggTTGGCGAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGc > 5:174525/1‑148 (MQ=255) gAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGATAGGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCtt < 1:69539/149‑1 (MQ=255) gAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGcc < 6:59943/115‑1 (MQ=255) gAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGcc > 5:59943/1‑115 (MQ=255) gAGGATGTCAGCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCttt > 1:348605/1‑149 (MQ=255) 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2:281921/1‑149 (MQ=255) gCCTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCTTTTGTACttttt > 8:353112/1‑149 (MQ=255) ccTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCtttt > 2:383024/1‑139 (MQ=255) ccTCGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCtttt < 1:383024/139‑1 (MQ=255) cGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCCTGGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCTTTTGTACTTTTTc > 1:270855/1‑147 (MQ=255) cGGTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCGTTTGTTCTTTTTCGAg > 8:138093/1‑149 (MQ=255) ggTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCTTTTGTACTTTTTCGa < 3:215707/147‑1 (MQ=255) ggTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCTTTTGTACTTTTTCGa < 4:47597/147‑1 (MQ=255) ggTGGCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCTTTTGTACTTTTTCGa < 1:281921/147‑1 (MQ=255) gCCTTGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGCCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCTTTTGTACTTTTTCGAGTACAg > 5:390493/1‑149 (MQ=255) ttGTAGCCCACGCCGGGCTTGAGGGTGATCAACCC‑GGCCTTGGCCAGCAGCAGCAGGCCACGGCCGCTG‑TTGATCGGGTCGTTGGCGAT‑GGCCACGCTGGCGTCTTCAGGCAGCTCGGCAAAGCTTTTGTACTTTTTCGAGTACAGGc > 1:13490/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |