Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,071,901 | G→A | 6.9% | G86G (GGC→GGT) | mdtB ← | multidrug transporter membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,071,901 | 0 | G | A | 6.9% | 171.4 / 2.4 | 58 | G86G (GGC→GGT) | mdtB | multidrug transporter membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/29); new base A (2/2); total (27/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
GGCCGGGTTGACCTTGTTGTACACCGGCGGTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTCGGGTAATCCACCTGCG > NC_002947/4071754‑4072046 | ggCCGGGTTGACCTTGTTGTACACCGGCGGTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGc < 7:41292/149‑1 (MQ=255) ttGACCTTGTTGTACACCGGCGGTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACt > 5:278412/1‑149 (MQ=255) aCCTTGTTGTACACCGGCGGTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGt > 3:42454/1‑149 (MQ=255) ttgtACACCGGCGGTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCGAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGc < 8:328255/149‑1 (MQ=255) gtACACCGGCGGTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCa > 1:346089/1‑149 (MQ=255) tACACCGGCGGTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCAt < 6:217529/149‑1 (MQ=255) cacCGGCGGTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCt < 2:346089/149‑1 (MQ=255) cggTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCa < 2:343630/149‑1 (MQ=255) gTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAgg > 6:17920/1‑149 (MQ=255) cACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCACCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGt > 5:282773/1‑131 (MQ=255) cACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCACCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGt < 6:282773/131‑1 (MQ=255) aCTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCAATGTACATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGACAGAACTGGTAGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGc > 8:249317/1‑149 (MQ=255) agggCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGcc > 4:164244/2‑148 (MQ=255) cagGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGc < 6:278412/149‑1 (MQ=255) cagGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGc < 4:42454/149‑1 (MQ=255) cagGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCAGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGc > 1:218072/1‑149 (MQ=255) atgTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGc < 5:194891/146‑1 (MQ=255) tGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAgc < 4:14150/149‑1 (MQ=255) gcggcgTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAgc < 2:296200/147‑1 (MQ=255) ggcgTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAgcggtg > 3:225588/1‑149 (MQ=255) cgTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAgcggtgcg < 7:216378/149‑1 (MQ=255) tCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACg > 2:263294/1‑149 (MQ=255) tCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGCCATCTGGCCGAAATGGCGTTCCAGCGGGGCGGTGACg > 6:270340/1‑149 (MQ=255) gcgGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACgg < 3:329515/148‑1 (MQ=255) gcgGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGgc > 8:90264/1‑149 (MQ=255) cgGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCg < 2:362316/127‑1 (MQ=255) cgGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCg > 1:362316/1‑127 (MQ=255) cTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTgg < 1:263294/149‑1 (MQ=255) aCCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGtcat < 7:57183/149‑1 (MQ=255) cTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGtcatca > 4:197495/1‑149 (MQ=255) cTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGtcatca > 5:96905/1‑149 (MQ=255) gTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCACCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCAcc > 3:42114/1‑149 (MQ=255) cTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGc < 7:90264/148‑1 (MQ=255) tCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCgg > 7:103674/1‑149 (MQ=255) tCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCACCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCgg < 4:42114/149‑1 (MQ=255) ggCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCgg < 7:138708/147‑1 (MQ=255) gCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCt > 4:115002/1‑149 (MQ=255) cAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTg < 4:138160/149‑1 (MQ=255) gTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGCCGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGgcgc > 8:80372/1‑149 (MQ=255) gTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCt < 7:304903/137‑1 (MQ=255) gTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCt > 8:304903/1‑137 (MQ=255) ccATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCGGGCATCTGGCCGAGCTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCg > 2:360230/1‑149 (MQ=255) cATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTAc < 3:164244/148‑1 (MQ=255) tGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAgg > 7:100527/1‑149 (MQ=255) gTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCAGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAgcggtgcgg < 1:273448/104‑1 (MQ=255) tCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAggg < 5:72615/148‑1 (MQ=255) ttGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGAc < 6:102168/149‑1 (MQ=255) ttGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGAc > 5:102168/1‑149 (MQ=255) gCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATg > 5:115522/1‑149 (MQ=255) aGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGTCGTTCCAGCTGTGCTGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTc < 7:249317/149‑1 (MQ=255) aGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTc < 6:115522/149‑1 (MQ=255) tCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTCggg < 1:303501/149‑1 (MQ=255) aGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTCGGGt < 6:96905/148‑1 (MQ=255) ccGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTCGGGTAATcc < 8:100527/149‑1 (MQ=255) gCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTCGGGTAATCCACCTg > 3:316583/1‑149 (MQ=255) cACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTCGGGTAATCCACCTGc > 1:344304/1‑149 (MQ=255) aCCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTCGGGTAATCCACCTGCg > 5:365848/1‑149 (MQ=255) aCCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTCGGGTAATCCACCTGCg < 4:225588/149‑1 (MQ=255) | GGCCGGGTTGACCTTGTTGTACACCGGCGGTGCCGGCAGGTCACTGGGCAGCAGGTTGCTGGCGGCGTTGATCGCGGCCTGCACCTGTTGCTCGGCAACGTCCATGTTCATGTCGAGGTTGAAACGCAAGGTCAGCACCGACGCACCGCCAGAACTGGTCGAGGCCATCTGTTCCAGGCCCGGCATCTGGCCGAACTGGCGTTCCAGCGGTGCGGTGACGGCGCTGGTCATCACCTGCGGGCTGGCGCCGGGGTACAGGGTCATGACGCGAATGGTCGGGTAATCCACCTGCG > NC_002947/4071754‑4072046 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |