| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,244,992 | A→C | 6.4% | I10S (ATC→AGC) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,244,992 | 0 | A | C | 6.4% | 232.0 / 4.6 | 74 | I10S (ATC→AGC) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/35); new base C (3/2); total (37/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATTTCTTCCATCT > NC_002947/4244846‑4245127 | gcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCATCGCCGG‑CGACGGCGCTg < 7:141063/149‑1 (MQ=255) tGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTgg > 7:160317/1‑149 (MQ=255) tCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTgg < 5:15062/147‑1 (MQ=255) tCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGt < 3:330463/149‑1 (MQ=255) cGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTg < 6:259061/149‑1 (MQ=255) gATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTg < 6:264691/148‑1 (MQ=255) cgccTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTgg > 4:340545/1‑139 (MQ=255) cgccTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTgg < 3:340545/139‑1 (MQ=255) gccTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGc < 5:277279/149‑1 (MQ=255) cTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑TGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCg > 4:196450/1‑148 (MQ=255) gacgaTAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTa < 7:171896/147‑1 (MQ=255) tAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATg < 1:362524/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGc < 4:62732/149‑1 (MQ=255) gAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTcc > 7:317489/1‑149 (MQ=255) 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aGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGGCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGGCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATgg < 3:224874/149‑1 (MQ=255) gggTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAAtt < 8:160317/149‑1 (MQ=255) ggTCACCCACCGTCAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAAttt < 8:317489/149‑1 (MQ=255) cccaccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTc > 6:357991/1‑149 (MQ=255) cccccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCGGGGGATGCGTTGGGGGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCGTTGCAATGGCAATTGCAGGcg > 4:33164/4‑149 (MQ=255) ccaccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTc > 8:153022/1‑148 (MQ=255) ccaccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTc > 1:349146/1‑148 (MQ=255) ccaccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTc > 6:134342/1‑148 (MQ=255) caccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTcga > 4:70206/1‑149 (MQ=255) accGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCGTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGc < 1:241648/107‑1 (MQ=255) accGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGc > 2:241648/1‑107 (MQ=255) 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1:297741/5‑132 (MQ=255) ccaacGCATCGCCGG‑CGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGAtt > 7:91525/5‑149 (MQ=255) ccGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATttct < 2:376633/149‑1 (MQ=255) cGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATttctt > 4:339666/1‑149 (MQ=255) cGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATttctt < 8:27578/149‑1 (MQ=255) gCATCGCCGG‑CGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTT‑GAAATGCCCCAAAAGGGGTTAAAAAAGGCGAGCAAAGCGCCGGTTGAttaatg > 5:6848/1‑144 (MQ=255) gCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATCCGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATttcttc > 3:53606/1‑149 (MQ=255) gCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATttcttc < 6:340660/149‑1 (MQ=255) gCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATttcttc > 5:340660/1‑149 (MQ=255) gCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATttcttc < 7:101840/149‑1 (MQ=255) atcgcCGG‑CGACGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATTTCTTCCa > 1:336374/3‑149 (MQ=255) gcCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATTTCTTCCAtct > 2:15194/1‑149 (MQ=255) | GCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCGCAGCGCCGT‑CGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCC‑GTTGATTTCTTCCATCT > NC_002947/4244846‑4245127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |