Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,446,491 | G→C | 13.4% | Y358* (TAC→TAG) | nicC ← | 6‑hydroxynicotinate 3‑monooxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,446,491 | 0 | G | C | 13.4% | 99.5 / 8.6 | 39 | Y358* (TAC→TAG) | nicC | 6‑hydroxynicotinate 3‑monooxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/16); new base C (2/3); total (19/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 |
CCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATG > NC_002947/4446344‑4446635 | ccTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTg > 6:43061/1‑148 (MQ=255) cATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTCTACAGCCAgg < 8:182100/149‑1 (MQ=255) aTAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTCTACAGCCAgga < 6:392683/149‑2 (MQ=255) tAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTTTACAGCCAggaa < 8:98283/149‑3 (MQ=255) tAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTg < 5:184947/149‑1 (MQ=255) aTGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGa < 3:103618/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTCGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATAc < 1:33163/149‑1 (MQ=255) cGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCATCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGAt > 1:292077/1‑149 (MQ=255) cATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTATAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCt < 2:335159/149‑1 (MQ=255) cATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCt > 2:83617/1‑149 (MQ=255) cATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGATGCTGCCCATAGAGGTCGTAGACGTAAACACAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCAAGGTGTTGGCG‑TTGGATACAGATTGCACCt > 5:213638/1‑149 (MQ=255) accaGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCg < 1:184148/149‑1 (MQ=255) accaGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCg < 2:90072/149‑1 (MQ=255) aGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGAACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGtt > 2:196677/1‑149 (MQ=255) gCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTg < 8:233701/149‑1 (MQ=255) aaGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCa < 7:65867/149‑1 (MQ=255) aaGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACAGATTGCACCTGCCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTc < 1:202112/149‑1 (MQ=255) ggTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATa < 1:83617/149‑1 (MQ=255) gTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑tt < 6:300552/100‑1 (MQ=255) gTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑tt > 5:300552/1‑100 (MQ=255) cTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAAc > 3:15581/1‑149 (MQ=255) cccGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGc < 4:15581/149‑1 (MQ=255) ccGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCg > 1:355279/1‑149 (MQ=255) gctgcCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGc > 6:228720/1‑149 (MQ=255) cccATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCgg > 7:86248/1‑149 (MQ=255) gagGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTcc > 1:305528/1‑149 (MQ=255) gTCGTAGCCGTAAACACAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGTCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGACGGACAGACCGGTCTACTg > 8:303879/1‑147 (MQ=255) gTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCa < 7:357716/100‑1 (MQ=255) gTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCa > 8:357716/1‑100 (MQ=255) gaGCCGTATACGCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGGG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑TGATGCGCGCTCTATGCGGTTGGCTTCATAGAACGCGATCGCCGTGCGGTGGTCTGACAGCCCGGTCTCCTgcaggca < 6:213638/148‑1 (MQ=255) aaCCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTTGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCa < 2:355279/149‑1 (MQ=255) cAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCAt > 2:103852/1‑149 (MQ=255) aGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGAGACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATg < 8:86248/149‑1 (MQ=255) gCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGc > 5:235970/1‑149 (MQ=255) caacaccTGGCTCTACAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGt > 3:218203/6‑149 (MQ=255) aTCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGt > 3:368097/1‑149 (MQ=255) tCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTc > 3:95305/1‑149 (MQ=255) ccTGGCTCTACAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCg < 4:218203/149‑1 (MQ=255) cTGGCTCTACAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGa > 7:27847/1‑149 (MQ=255) ggCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATg > 3:8619/1‑149 (MQ=255) | CCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCG‑TTGGATACCGATTGCACCTG‑CGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATG > NC_002947/4446344‑4446635 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |