| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 86.4% | 58.0 / 4.5 | 22 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/0); new base C (10/9); total (13/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGT > NC_002947/1126503‑1126786 | gggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCCCGAATGCGGAGGTTTAGGCCCCAACGCATTCGC‑CGGG‑GAA‑ccccc > 3:54251/1‑145 (MQ=255) gatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTa < 6:26436/148‑1 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGGTTAACCCCCAATGCGGAGGTATAGCCCCCATCCCCATCGCGGGGT‑AAC‑CCGCGCCGac > 3:59722/1‑145 (MQ=255) cgagCTTGAACTGGTCGAAGACGCGCTGTGAAAGGGGTACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGGGTACTTTGATCCGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTAcaca < 8:31554/147‑1 (MQ=21) tCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGGGGTTTTGGCCACAAAGCATTAGCGGGGT‑AAC‑CCCCGCCGACACACACCCCCCCCCCCAAGCCacggggg > 7:92231/1‑142 (MQ=255) tCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCCCCATAGC‑GGGTAAAA‑CCGCGCCTACACACAGCCCCCCCCCCCAGCCCGGGGGc > 6:158896/1‑148 (MQ=255) cctcctGCCCGGGTGTGGGGTGGACATTGCGCCCTGTAGGCGCGGGTTAACCCGCGAATGCGGAGGTAACGCCACCCTCGCATGCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAg < 5:147439/148‑1 (MQ=25) cATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAc < 4:117806/148‑1 (MQ=255) cgcgGGTTTAACCCCGAATTCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTAGC‑CGGT‑AAACCCGCTCCGACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGGGGGGGGGCGGGCTATCACGCGTCCTGCTAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCa > 2:76111/1‑148 (MQ=255) tACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCgg > 1:125307/1‑148 (MQ=255) cccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc > 8:17111/1‑148 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc < 5:158896/147‑1 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCg > 3:61640/1‑148 (MQ=255) ccGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCg > 8:152845/1‑148 (MQ=255) gcgAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGcc > 1:79190/1‑148 (MQ=255) ggAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgg > 7:109312/1‑74 (MQ=255) gAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCGGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt < 4:59722/148‑1 (MQ=255) gAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCggg < 8:109312/74‑1 (MQ=255) gTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc < 4:133657/148‑1 (MQ=255) aTCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGCCGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGa > 7:18828/1‑148 (MQ=255) aTCGCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGa > 2:158707/1‑148 (MQ=255) gCATTCGC‑GGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcg > 2:102482/1‑148 (MQ=255) ggT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGt < 8:92231/148‑1 (MQ=255) | GGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGC‑GGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGT > NC_002947/1126503‑1126786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |