| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,013,885 | T→C | intergenic (+90/+20) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,885 | 0 | T | C | 96.8% | 93.8 / NA | 31 | intergenic (+90/+20) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (12/18); minor base G (0/1); total (12/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCA > NC_002947/6013740‑6014025 | acgcgcgGGCCCGGGTGAAGGCGCGGGACGGTGGTGGGGGCAGCTGCAGCGAATAACCGCGACACCTGCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGGGCAGCACAGGGCTCGCACGCTGGGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGc < 5:77298/145‑1 (MQ=21) gTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCCCGCCCCCTCCCACA‑CGTGCAGCACAGGTATCGAACGCAGTGGCGGACCGGTGGGGGCGGG‑CGTGCCCGCGAATTGCCGCACCCCgttt > 4:65264/1‑148 (MQ=255) tGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCCCCCCCCCTCCCACA‑CGTGCCACACAGGGCGCGAACCCTGTGGCGTAACTGTGGGGGCGGG‑CGGGGCCGCCCAAGGCCGCACCCCGGTTAT‑Ctt > 7:109853/1‑147 (MQ=255) tGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTg < 4:41116/148‑1 (MQ=255) tGGAAGGTGGTGTGGGCAGCTTCATCGAATAAACCCGACACCTGCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTg < 6:81473/148‑1 (MQ=255) acgggggtgggggCAGCTTCATCGAATAACCGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCAACC‑GGGGCAGCACAGGTGTCGACCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGtt < 2:58937/143‑1 (MQ=25) aaGGTGGGGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGtt < 8:5315/148‑1 (MQ=255) aGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGc < 6:63920/148‑1 (MQ=255) ttCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaa < 5:36879/148‑1 (MQ=255) aaTAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCCCCCCCCCACCCACACGGTGC‑CCACAGGTGTCGCACCCGGTGCCGGAACGGTGGGAGCGGGCCGGGCCCCCAAAAGGCC‑CAACCCATTTATATTGTTTGCCCCCGGCCCCCCaaaaaacag > 8:2918/1‑147 (MQ=255) aaTAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCGGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAAATGCCGCAACCCGTTTAT‑CTGGTTGCCGCCCGCCCCGCcaacaaacac > 4:155995/1‑144 (MQ=37) aTAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGGCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGGGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAgc < 2:48856/148‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTtcttct < 7:2918/148‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCGCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTAGCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttctt < 8:62622/146‑1 (MQ=255) 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cGGG‑CGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGt < 8:87768/148‑1 (MQ=255) g‑CGGGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCa < 2:177141/148‑1 (MQ=255) | AATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGG‑CGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCA > NC_002947/6013740‑6014025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |