Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 92.7% | 170.9 / 6.9 | 55 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/0); new base C (20/31); total (24/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAA‑CCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTAC > NC_002947/1126498‑1126788 | tGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCGCATGCGGAGGGTTATCCACCAACGCCATAG‑C‑GGG‑Gaaaa > 3:32336/1‑148 (MQ=255) cgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTa < 7:66929/149‑1 (MQ=255) gccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAA‑cccgc < 3:237101/140‑4 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTAca‑ca < 3:281094/148‑1 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑Cag < 7:291600/149‑1 (MQ=255) tCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCGCATGCGGTGGTATATCCACCATCGCATTAG‑CGGGG‑TAAC‑CCGCGACAACA‑CAGAGcc > 7:296334/1‑149 (MQ=255) ttGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCGCGAATTCGGAGGTATTGCCCCCAAAGCCTTAG‑C‑GGGTTAAC‑CCGCGGCTACA‑CCGAGccca > 5:280032/1‑148 (MQ=255) gatcAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGccc < 1:79687/143‑1 (MQ=255) 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aCATTGCGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGGGAATGCGGAGGTATCGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAc < 3:40876/149‑1 (MQ=38) aCATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAc < 5:380743/149‑1 (MQ=255) aCATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATGCG‑C‑GGG‑AAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGAGCTATCAGGACGCCTGATAGCcctccccgcca < 1:184132/149‑8 (MQ=37) aCATTGACCCCTGTCGGCGCGGGTTAACCCGCGAAGGCGGAGGTATACCCACCACCGCATGGG‑C‑GGT‑AAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAc < 3:395077/149‑1 (MQ=255) cattccccccTGTAGGCGCGGGCTTCCCCGCGTATGCGGCGGTATCGCCCCCATCCCATCCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACg < 8:157786/142‑1 (MQ=37) 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ggAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGtt > 2:139867/1‑149 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCgg > 4:199174/1‑149 (MQ=255) caccaTCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGc < 6:203549/149‑1 (MQ=255) cacaaTCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGc < 7:351268/149‑1 (MQ=255) accaTCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc > 6:86308/1‑125 (MQ=255) accaTCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc < 5:86308/125‑1 (MQ=255) accaTCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAAAACGTTGTCGACCCGGcc > 2:303166/1‑149 (MQ=255) aTCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGAc > 6:287510/1‑149 (MQ=255) gCATTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcg < 2:114614/148‑1 (MQ=255) aTTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatcg < 6:71830/89‑1 (MQ=255) aTTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatcg > 5:71830/1‑89 (MQ=255) aTTCG‑C‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcg > 3:300827/1‑149 (MQ=255) g‑TAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTAc > 7:114667/1‑149 (MQ=255) | TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGG‑TAAA‑CCGCTCCTACA‑CAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTAC > NC_002947/1126498‑1126788 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |