New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1835105 | 33 (0.480) | 4 (0.060) | 4/268 | 4.1 | 9.4% | coding (454/495 nt) | PP_1639 | SprT family protein |
? | NC_002947 | = 1835165 | 46 (0.710) | coding (394/495 nt) | PP_1639 | SprT family protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCGGGGCAGCGCACGTCTCGGGAATTGTACGACCCCCGATCTATTCGACCCGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCACCATGGGCCTGGATG > NC_002947/1835024‑1835310 | gcgGGGCAGCGCACGTCTCGGGAATTGTACGACCCCCGATCTATTCGACCCGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACgg < 6:279259/145‑1 (MQ=255) cgcACGTCTCGGGAATTGTACGACCCCCGATCTATTCGACCCGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCttt < 2:328192/147‑1 (MQ=255) cccggctcGGGAATTGTACGTCCCCCGATCTGCTCGACCCGCGTCGCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTGGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGc < 4:43697/142‑1 (MQ=255) cACGTCTCGGGAATTGTACGACCCCCGATCTATTCGCCCCGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGc > 7:218824/1‑147 (MQ=255) aCGTCTCGGGAATTGTACGACCCCCGATCTATTCGACCCGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGcg < 4:162113/147‑1 (MQ=255) gACCCCCGATCTATTCGACCCGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGa > 2:256287/1‑147 (MQ=255) gATCTATTCGACCCGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCCCGCGCCCTTGGTGCCCCAGATTGGGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAATGCGGTTTGCGGGAACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTCG‑‑c > 1:309960/1‑147 (MQ=255) ttCGACCCGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCAc > 5:115425/1‑147 (MQ=255) tCGACCCGCGTCTCGCCGCGGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGGATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑Cgg < 8:247851/141‑1 (MQ=255) ccGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTgcgcg > 7:116070/1‑147 (MQ=255) ccGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTgcgcg < 1:275984/147‑1 (MQ=255) tctcGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGtt < 7:17900/147‑1 (MQ=255) tGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCAt < 5:186505/147‑1 (MQ=255) acCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑C‑CCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTtgt < 6:351441/147‑1 (MQ=255) ccAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTCGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTtgt < 2:58613/147‑1 (MQ=255) cAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTtgtg < 4:111028/147‑1 (MQ=255) tCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGa > 3:16108/1‑147 (MQ=255) aCCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGggcg < 1:281453/147‑1 (MQ=255) cacaGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTc > 6:1211/1‑146 (MQ=255) acaGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCAt < 3:362416/147‑1 (MQ=255) tCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCGATGTGGAGGTGAAGGAAGGCTCACTCCGCGCCGTTGCACTTCATTGTGGTGGCAAGTATTGGGCGGAAGTTCATa > 1:314167/1‑147 (MQ=255) cgccCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTtgtg > 2:359647/1‑113 (MQ=255) cgccCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTtgtg < 1:359647/113‑1 (MQ=255) cgccCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTCCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCgcgc > 7:207488/1‑147 (MQ=255) gccCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCa > 3:114902/1‑147 (MQ=255) ccTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATg > 1:204714/1‑147 (MQ=255) ttGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGa > 1:296724/1‑146 (MQ=255) ttGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGAt < 1:256287/147‑1 (MQ=255) ttGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑AGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATAAACCACGCGCATGa > 3:157862/1‑146 (MQ=255) gTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAg > 2:372811/1‑147 (MQ=255) gTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAg > 1:82645/1‑147 (MQ=255) gTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAg > 7:217308/1‑147 (MQ=255) cACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTg > 5:31800/1‑147 (MQ=255) aCCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTg > 1:245102/1‑146 (MQ=255) cAGCTTGTGCAGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGCGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCTACGTTAGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGGCa > 8:279922/1‑147 (MQ=255) tgtgCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCActct > 3:95906/1‑146 (MQ=255) tgCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCcg < 8:38239/123‑1 (MQ=255) tgCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCcg > 7:38239/1‑123 (MQ=255) gCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCa < 1:26535/146‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTTGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCAcc > 1:136772/1‑147 (MQ=255) tGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGTCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCACCATgg > 8:156512/1‑147 (MQ=255) tGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCACCATgg > 2:385658/1‑147 (MQ=255) gcgGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCACCATggg < 5:1211/145‑1 (MQ=255) gcgGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCACCATGGGcc < 7:156512/147‑1 (MQ=255) tAAAAGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGAGGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCACCATGGGCCTGGa < 2:314167/147‑1 (MQ=255) aaaCGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCACCATGGGCCTGGAt < 6:268397/147‑1 (MQ=255) aCGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCACCATGGGCCTGGATg < 2:296724/146‑1 (MQ=255) | GCGGGGCAGCGCACGTCTCGGGAATTGTACGACCCCCGATCTATTCGACCCGCGTCTCGCCGCTGTACACCAGGACTTCCCGGCACCGCTTGCACAGGTATCGC‑CGCCCTTGGTGCACCAGCTTGTGCCGCTGCGCGGTAAACGGGAAGTCGCTTTGCGGGCACGGGCAGCG‑‑GT‑‑AGATGTAG‑‑CGGGTCACTGCGCGCCGTTGCACGTCATAGTTGTGGCAACGATTGGGCGGCAGTTCATACACCCCGCGCATGATCAGCTGCCACTCTTCACCATGGGCCTGGATG > NC_002947/1835024‑1835310 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |