Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,348,891 | 0 | G | A | 21.9% | 61.0 / 10.9 | 34 | P366P (CCG→CCA) | PP_2065 | multidrug RND transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/14); new base A (7/0); total (19/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CCTATGAAACCGCACGCTTCATCGATGCGTCGATCCATGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGAAAACGTGCACCGGCATATC > NC_002947/2348749‑2349032 | ccTATGAAACCGCACGCTTCATCGATGCGTCGATCCATGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTg < 2:86393/146‑1 (MQ=255) aTGAAACCGCACGCTTCATCGATGCGTCGATCCATGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGTTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGa > 1:196178/1‑147 (MQ=255) tCATCGATGCGTCGATCCATGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCTCGGTGGTGGCCATTCCTCTGTAGATTCTGGGGGCTGCgg > 4:72487/1‑147 (MQ=255) cATCGATGCGTCGATCCATGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTCTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGATGATCGCGGTGGTGGCCAATACGCTGTCGATGCTGTGGGCTGCggg > 3:257652/1‑147 (MQ=255) cGATGCGTCGATGCATGAAGTGGTGCGCACCTTGGTTGAGGCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCt < 8:248902/147‑1 (MQ=255) cGATCCATGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGGCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCtgatgttga < 5:380660/147‑1 (MQ=255) aTGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGttt < 7:289096/146‑1 (MQ=255) tGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGAAGATCTCGGTGGTCGCCATTACAATATAAAAAATAGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTgg > 6:223333/1‑147 (MQ=255) tGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGCTGATCGTGCTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGAAGATCTCGGTGGTAGCCATAACAATATAAATAATACGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTgg > 8:288811/1‑147 (MQ=255) 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gCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGAAGATCTCGGTGGTCGCCATAACAATATAAAAAATAGGGGATGCGGGACTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGCCCTTg > 4:99580/1‑147 (MQ=255) aTGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTg < 4:120282/147‑1 (MQ=255) gtTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGAAGATCTCGGTGGTCGCCATAACAATAAAAAAAAAATAGGATGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGATgg > 6:15627/1‑146 (MQ=255) ttGGTGATCTGGCTGTGCCTTGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGcc < 2:300349/147‑1 (MQ=255) tGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCg > 1:141237/1‑147 (MQ=255) 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gTGCTGATCGCGGTGCTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGACTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGACATCGGCCTGGTGGTGTACGATGCCATTgtggtggt > 5:273920/1‑146 (MQ=255) cTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGa > 6:133158/1‑146 (MQ=255) aTCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGAAAAc > 3:65532/1‑147 (MQ=255) tCGCGGTGGTGGCCATTCCTCTGTCGATTCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCGATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGAAAACg < 7:288811/147‑1 (MQ=255) tCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGAAAACg > 4:194388/1‑147 (MQ=255) gtggCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGAAAACGTGCACCgg < 6:294821/147‑1 (MQ=255) cATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGAAAACGTGCACCGGCatat > 5:6333/1‑147 (MQ=255) aTTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGAAAACGTGCACCGGCATATc > 7:96844/1‑147 (MQ=255) ttCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGAAAACGTGCACCGGCatat > 5:284289/1‑145 (MQ=255) | CCTATGAAACCGCACGCTTCATCGATGCGTCGATCCATGAAGTGCTGCGCACCTTGGTGGAGGCGATGCTGATCGTGGTGTTGGTGATCTGGCTGTGCCTGGGTTCGCTGCGCAGCGTGCTGATCGCGGTGGTGGCCATTCCGCTGTCGATGCTGGGGGCTGCGGGCCTGATGTTGATGTTTGGTTTCAGCCTCAACCTGCTGACCTTGCTGGCGATGGTGCTGGCCATCGGCCTGGTGGTGGACGATGCCATTGTGGTGGTGGAAAACGTGCACCGGCATATC > NC_002947/2348749‑2349032 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |