Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,583,571 | 0 | G | . | 20.6% | 87.5 / 20.7 | 34 | intergenic (‑144/+27) | treSB/glgE | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase/alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/4); new base . (5/2); total (28/6) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTACCACGACCAGCGGTGGCCGTTCATCAGGTCTTCACCCTG > NC_002947/4583425‑4583714 | cATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCACGTAGGAGAGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACATGCTTCGCCGCTGTTAGCTGAAAAACCCGCTCATACg > 1:293173/1‑147 (MQ=255) aTGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTGGATCCCCCGTACGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGAGGTGCCGAGGTGAATG‑GAACCGGCTTCGCGGGTGTTCGCGGTAAAACCCGCTCCTAggg > 6:148588/1‑147 (MQ=255) gctaCTCATTTCAATTGCATGCACAGACATCCGTGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCATACggggg < 6:319641/143‑1 (MQ=255) gCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGCGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACgggg < 1:84893/146‑1 (MQ=255) tCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACgggggggggg > 5:180569/1‑146 (MQ=255) tttCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGgac > 8:176346/1‑147 (MQ=255) ttCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGccc‑a > 5:211432/1‑147 (MQ=255) tgcatgcaCAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGa > 5:171685/1‑147 (MQ=255) acaGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCGC‑GGTCGGGACCTTGt > 1:301832/1‑147 (MQ=255) aGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTATGAACCTTGTTa > 6:319439/1‑147 (MQ=255) aTCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGCGGCAC‑AGTCAGAACCTTGTAAA‑ccg > 8:75638/1‑145 (MQ=255) gAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCtt > 3:265451/1‑147 (MQ=255) ttGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGGGCAAGGATGAACCTTTTTAA‑AGGGGttt > 6:94637/1‑145 (MQ=37) gatagATCCCCCGTAGGATCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGAATG‑GCACCGGCTTCCCCGGTGTTCGCGGATATAACCGCAAATACGGGGGGGGGGGGAA‑AGTATTAAACTTGTTAAGCGGGAttttg > 8:309936/5‑144 (MQ=25) tCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTTCGGGGGGGGGGGGAC‑CGTCTGCACCTTGTTTA‑CGGGGGTTTTGGATg > 7:326238/1‑147 (MQ=38) gATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCCA‑CGGCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTAGATgcg > 6:281426/1‑147 (MQ=38) tCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGcc > 4:241984/1‑147 (MQ=255) ccGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCGC‑AGGCGGAACCGTGTTTA‑AGGGCTTTTTGGATGCGCCCGAt > 1:48290/1‑147 (MQ=37) gTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCGCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGACTGAACCTTGTTAA‑AGGGCTTTTTCGATGCCCCaaaagc > 2:104271/1‑142 (MQ=38) aGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGGTCCTAC‑GGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACg > 7:298304/1‑147 (MQ=255) cgcaGATGACACCGCGGCGCCGAGGGGCATG‑GCACCGGCGTCGCCGGTGTGCGCGGATAACCCCGCTCCTAC‑GGGCGGGGCGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGc < 8:298304/144‑1 (MQ=255) aTGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTAC‑GGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTAt > 6:54412/1‑147 (MQ=255) tGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGGCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGAAGGTGCCAGGGCTCTAt > 3:149369/1‑147 (MQ=255) ccGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGG‑AC‑CGGCTGAACCGTGTTAA‑CGGGCTTTTTGGATGGGCCACATGCCCAACGGCAGGTg > 7:2631/1‑129 (MQ=25) gcgGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTAC‑GGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTTTTTA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGATCTATGCGCATcc > 4:261787/1‑147 (MQ=255) aTG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGGCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTAGATGCCCCAGATGCCACACGGCAGGTGCCAGGACTCTATGCGCAACAATAGGGTCTTGcc > 7:200088/1‑146 (MQ=38) g‑gCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTAC‑GGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTa > 7:228553/1‑146 (MQ=255) cACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑CGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGATTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTCCCAGGCGTATATGCCCATCCATTGGGTATTCCCGTAcc > 8:21596/1‑147 (MQ=38) cACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTAC‑GGGGGGGGGGCTC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTAcc < 5:54412/146‑1 (MQ=255) gtcttAACCCCGGTCCTCCGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTACCACGACCAGCGGTGGCCGTtca < 5:197160/143‑1 (MQ=255) cgGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTGTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCCCCAGATGCCCAACGCCAGGTGCCAGGGATCTATGCGCAGCCATTGGGTATTGCCGTACCACGACCCCCGGTGCCCGtac > 2:17759/1‑144 (MQ=255) cgGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGACCGGCAGGTGCCAGGGCTATATGCGAATCCATTGGTGCTTGCCGTCCCACGCCAACCGGTGGCCGTtc > 7:125544/1‑146 (MQ=255) cccGCTCCTAC‑GGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCATATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTACCACGACCAGCGGTGGCCGTTCATCAGGTCtt > 7:220260/1‑147 (MQ=255) cGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTGTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTATATGCGAATCCATTGGGTGTTGCCGTACCCCGACCAGCGGTGGCCTGTCATCAGGTCTTc > 4:125600/1‑147 (MQ=255) cGCTCCTACGGGGGGGGGGCCAC‑AGACTGAACCTTGTTAC‑CGGGGTTTTTCGATGGGCCAGATGCCCAACGGCAGGTCACAGGGCACTAGGCCCATCCATTGGGACTTGCGGTACCCCGCCCAGCGGTGGCCGTTCATCAGGTCtt > 8:67005/1‑146 (MQ=255) ccctcGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTACCACGACCAGCGGTGGCCGTTCATCAGGTCTTCAccc < 5:48690/143‑1 (MQ=255) cccccGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTACCACGACCAGCGGTGGCCGTTCATCAGGTCTTCAccc < 4:149369/143‑1 (MQ=255) ccTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTACCACGACCAGCGGTGGCCGTTCATCAGGTCTTCAccc > 8:3610/1‑147 (MQ=255) cccGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTCTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTACCACGACCAGCGGTGGCCGTTCATCAGGTCTTCACCCTg < 5:319439/145‑1 (MQ=255) | CATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATG‑GCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCAC‑AGTCTGAACCTTGTTAA‑CGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCGTACCACGACCAGCGGTGGCCGTTCATCAGGTCTTCACCCTG > NC_002947/4583425‑4583714 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |