Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,741,296 | A→C | intergenic (+533/+220) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,741,296 | 0 | A | C | 96.9% | 110.0 / NA | 32 | intergenic (+533/+220) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (16/15); minor base G (0/1); total (16/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGAACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCC > NC_002947/4741169‑4741406 | cACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCtt < 3:194477/147‑1 (MQ=255) ccGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTg > 4:21722/1‑146 (MQ=255) ccGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa > 4:178791/1‑147 (MQ=255) ccATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCAc < 6:342817/147‑1 (MQ=255) tATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCacac > 8:218335/1‑147 (MQ=255) tGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcg > 1:51248/1‑146 (MQ=255) aCTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACcgcg > 2:16179/1‑145 (MQ=255) gggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg > 1:154356/1‑147 (MQ=255) gggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg > 7:297460/1‑147 (MQ=255) gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAgg < 2:247488/145‑1 (MQ=255) tataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCt < 1:175268/147‑1 (MQ=255) ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 6:203117/147‑1 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGt < 2:93147/147‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTa < 7:79250/146‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACt > 6:45811/1‑147 (MQ=255) tCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACt < 4:372537/147‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt > 3:104122/1‑146 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTgg < 3:48158/147‑1 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTgg > 6:257704/1‑147 (MQ=255) gCTCTGGTCAACTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAGCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa < 4:306340/147‑1 (MQ=255) cACCTTCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa < 5:45811/147‑1 (MQ=255) ttCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg > 6:168891/1‑107 (MQ=255) ttCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACgg < 5:168891/107‑1 (MQ=255) ttCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc < 7:262186/144‑1 (MQ=255) ttCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 8:262186/1‑144 (MQ=255) ttCGTGCTTGAGCAGCTTCTGCGACTTGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTc > 3:237807/1‑147 (MQ=255) caTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctc < 3:178791/145‑1 (MQ=255) caTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctc > 8:269640/2‑146 (MQ=255) caTTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcct < 4:237807/144‑1 (MQ=255) ttCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCACCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCcgtcctcgtc > 6:385311/1‑147 (MQ=255) cacaGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTg > 2:356390/4‑145 (MQ=255) cacaGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGcc < 1:22851/144‑1 (MQ=255) | CACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGAACCTCCGCCAACTGCAATTCGTGAACCAAGCAAAAGGCCCCGAAAAGGCCCTCC‑GCAGCCCCCCCAACCTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGAGGGACACCTTGATCCCGTCCTCGTCCTTGGCCACTTGCC > NC_002947/4741169‑4741406 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |