Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,586,057 | +C | intergenic (+140/+75) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 97.1% | 103.1 / ‑5.3 | 35 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); major base C (14/19); minor base T (0/1); total (15/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTT > NC_002947/4585909‑4586197 | aaGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGa > 2:96197/1‑149 (MQ=255) aGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGA‑c < 6:130049/149‑1 (MQ=255) cTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCTCG‑GGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGA‑ccgt < 4:227536/149‑4 (MQ=39) ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGA‑ccgtg > 8:9597/1‑145 (MQ=39) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGcc > 5:397941/1‑149 (MQ=39) aaGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGA‑ccgtgc < 6:392321/148‑6 (MQ=39) aGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCg < 3:119332/149‑1 (MQ=39) aCGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATg < 2:340909/149‑1 (MQ=39) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGcccc < 7:9597/149‑1 (MQ=39) gAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGCTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt > 3:386500/1‑149 (MQ=38) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg > 8:72959/1‑149 (MQ=39) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGATCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 5:394608/149‑1 (MQ=39) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 1:96197/149‑1 (MQ=39) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg < 3:106355/148‑1 (MQ=39) cAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 6:397941/149‑1 (MQ=39) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt > 1:48210/1‑141 (MQ=38) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt < 2:48210/140‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGCTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 4:386500/146‑1 (MQ=38) gctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGttt < 7:72959/149‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:60507/147‑1 (MQ=38) ccATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc > 7:363823/1‑145 (MQ=38) ccATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 8:363823/145‑1 (MQ=38) cATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 7:41479/147‑1 (MQ=38) cATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCGTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcg > 8:41479/1‑147 (MQ=38) cATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATAGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTTAAAACCCTCCTAGCAA‑GGACCGGGCAGGCCATGAAATCGGCGCGGCCCCAGGGAAGAGCGGGGTTAACagcg > 1:303172/1‑149 (MQ=255) tttaaaGGTTGTGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAACATCTTGCATTGATCGGCCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCG‑GGACCGTGCCGGCCTTTAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGTGCGGTTTTACCCGCGaa < 4:123960/146‑1 (MQ=37) ttGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg > 2:36351/1‑136 (MQ=38) ttGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 1:36351/136‑1 (MQ=38) ttGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTA‑TTAGCGGGTAAAACCGCAACAACCAGTGCC‑CGGGCCGGCCTTGCATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTTACCGCGaa > 8:300616/1‑149 (MQ=255) tGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg > 2:230373/1‑127 (MQ=38) tGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 1:230373/127‑1 (MQ=38) gggTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCcaca < 6:107918/133‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCcaca > 5:107918/2‑134 (MQ=255) aCCCGCTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAAc > 2:155740/1‑149 (MQ=255) cTCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTg < 3:147895/149‑1 (MQ=255) tCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCt < 6:383723/147‑1 (MQ=255) tCCTACCAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCt > 5:383723/1‑147 (MQ=255) ccAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACAt < 7:278854/84‑1 (MQ=255) ccAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACAt > 8:278854/1‑84 (MQ=255) ccAG‑GGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCtt > 4:39821/1‑149 (MQ=255) | AAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACC‑GGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTC‑TCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAG‑GGA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTT > NC_002947/4585909‑4586197 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |