| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,348,705 | 0 | A | G | 45.7% | 50.1 / 135.5 | 105 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/30); new base G (24/24); total (51/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCAC > NC_002947/4348588‑4348852 | tttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAg < 4:329467/149‑1 (MQ=11) cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTg < 6:163304/148‑1 (MQ=17) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGc < 1:61329/147‑1 (MQ=17) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCaa < 4:6084/149‑1 (MQ=17) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTa < 7:149058/149‑1 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCCCTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTa > 6:385341/1‑148 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTAc < 1:244508/149‑1 (MQ=21) aCCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGa > 3:340298/1‑148 (MQ=34) ccAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGAt < 5:62020/148‑1 (MQ=21) cAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGAtct > 5:412820/1‑149 (MQ=34) aaCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGAtctc > 3:369642/1‑149 (MQ=34) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTcc > 5:111709/1‑149 (MQ=21) gagaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCa < 5:101132/149‑1 (MQ=34) agaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAg > 3:289850/1‑149 (MQ=21) gaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAgg < 8:241888/149‑1 (MQ=21) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTcc < 7:361064/144‑1 (MQ=21) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTcc > 8:361064/1‑144 (MQ=21) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAggg < 4:94843/149‑1 (MQ=34) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAggg < 4:338610/149‑1 (MQ=34) cGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑TGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACGGATCTCCCAggg > 3:122311/1‑148 (MQ=21) aCGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTc < 6:214245/149‑1 (MQ=21) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgc < 8:327848/149‑1 (MQ=34) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgc > 6:51263/1‑149 (MQ=34) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgc < 4:190304/149‑1 (MQ=34) 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tAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCt > 2:272272/1‑149 (MQ=34) aCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑GACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa < 2:100364/149‑1 (MQ=21) ccTGTTCGGCCCTTGGTTGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGc < 2:38007/103‑1 (MQ=12) ccTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGc > 1:38007/1‑103 (MQ=17) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATg > 4:121196/1‑149 (MQ=21) tGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc > 3:9481/1‑149 (MQ=34) 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cTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt > 1:252106/1‑149 (MQ=34) cTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt < 3:161198/149‑1 (MQ=34) gtggCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑TGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACGGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc < 4:122311/149‑1 (MQ=21) tggCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACg > 5:357718/1‑149 (MQ=34) gcgcGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATACCGTCGCCTTTCGACGCGCGCT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCAACGGTAATTCGCGCGACCTTACTGCTTATGCCTGTCGGATATACGt > 8:355612/1‑148 (MQ=11) 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cTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGc > 3:178831/1‑148 (MQ=21) cTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGc > 7:157871/1‑148 (MQ=34) aCTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGAtt < 3:17814/149‑1 (MQ=34) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg > 7:308764/1‑149 (MQ=21) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCaa > 6:107302/1‑128 (MQ=35) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCaa < 5:107302/128‑1 (MQ=35) tCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt < 2:185620/104‑1 (MQ=25) tCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt > 1:185620/1‑104 (MQ=25) cTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 5:385341/148‑1 (MQ=21) gCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTg > 5:64516/1‑130 (MQ=35) gCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTg < 6:64516/130‑1 (MQ=35) gCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCCGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCATGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGCATTTGGCGATTtgtga > 4:213443/1‑147 (MQ=255) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCa > 5:328322/1‑149 (MQ=21) | TTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTA‑CGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGT‑AG‑CACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCAC > NC_002947/4348588‑4348852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |