Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,273,066 | 0 | A | T | 31.0% | 61.6 / 43.3 | 60 | intergenic (+31/+260) | PP_2003/PP_2004 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/23); new base T (8/10); total (27/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAG > NC_002947/2272921‑2273214 | gcCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑cc > 2:120888/1‑149 (MQ=255) tggtggATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGa < 7:169869/149‑1 (MQ=255) gtggATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGaaa < 8:384113/149‑1 (MQ=255) gtggATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGaaa < 7:145295/149‑1 (MQ=255) ggATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAgg < 8:10497/149‑1 (MQ=255) aTGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGc < 4:376218/149‑1 (MQ=255) tGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑GCCGCGAAAGGGc‑c > 5:7556/1‑149 (MQ=255) aCAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑Cg < 8:113580/148‑1 (MQ=39) aCAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCCCCCCATTAGCCCGCCG‑CCCGCGAAAGGGC‑Cgg > 8:175628/1‑149 (MQ=255) aGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCATTCGCCCGCAC‑CCCGCCAAAGGGC‑CGGt > 6:350173/1‑148 (MQ=255) gCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGtt > 8:233326/1‑148 (MQ=255) aGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCGCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAgg < 1:120888/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAAc < 7:175628/149‑1 (MQ=255) gCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTc < 2:79400/136‑1 (MQ=38) gCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTc > 1:79400/1‑136 (MQ=38) gtgGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGtt < 5:231352/131‑1 (MQ=255) gtgGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGtt > 6:231352/1‑131 (MQ=255) cccGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAAc < 3:315546/138‑1 (MQ=255) cccGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAAACGACCCATTAGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTAAGGCTGTAAAc > 4:315546/1‑138 (MQ=255) aGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAGAGCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCcg < 1:302265/149‑1 (MQ=255) gCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCAGAACCCACCCTTTAGCCGGCCC‑CCCCCGAAAAGGG‑CGGGTAACGCTGTTAACAAACCCTGGTACACCAGCCCcgcgca > 8:229195/1‑146 (MQ=255) cACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGtt > 7:102822/1‑131 (MQ=255) cACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGtt < 8:102822/131‑1 (MQ=255) cACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTAAACCCCCCCATTAGCCCGCAC‑CCCCCGAAAAGGC‑CCGGTCAGGGTGTAAACAAACCCTGTTAAATACCCCCCGCGCTa > 8:158879/1‑148 (MQ=255) aCCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTa > 3:262494/1‑131 (MQ=255) aCCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTa < 4:262494/131‑1 (MQ=255) aCCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAAc < 6:302384/149‑1 (MQ=255) aTTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTc > 4:128896/1‑149 (MQ=255) ttCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCt < 8:7775/149‑1 (MQ=255) gTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCGCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAaca < 5:350173/149‑1 (MQ=255) tGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAacac < 7:233326/149‑1 (MQ=255) cagGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGCCCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGc > 7:77016/1‑148 (MQ=255) ccAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTAc < 2:381691/149‑1 (MQ=255) cgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTAGCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑Cgg > 4:65507/1‑73 (MQ=17) cgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTAGCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑Cgg < 3:65507/73‑1 (MQ=17) aGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGc < 6:7556/149‑1 (MQ=255) gccgccgccCCCTCCCTTTGATGGGTAGCCTGAAACCACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGCAAGGGC‑CGGTTCAGGCAGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGAGAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCtt > 5:88399/1‑149 (MQ=255) cgccCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGtca > 6:384096/1‑148 (MQ=255) cctTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTATGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCtt > 8:205278/1‑148 (MQ=255) tGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt < 6:88399/147‑1 (MQ=255) aTGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CTGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCa < 3:395204/149‑1 (MQ=255) aTGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGtc < 3:172320/132‑1 (MQ=255) tGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCAc < 7:229195/149‑1 (MQ=255) ttacagCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGtcat > 5:385519/6‑132 (MQ=25) ttacagCCTGAACCGGCCCTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGtcat < 6:385519/127‑1 (MQ=25) aaCCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCt > 2:250331/1‑149 (MQ=255) ccGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGa < 3:128896/149‑1 (MQ=255) cggcccTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt > 6:162585/4‑130 (MQ=38) cggcccTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt < 5:162585/127‑1 (MQ=38) gcccTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCGGTTACAGCCGCCCCGCGAGACCTTTCTGAACACCGGCTACGTTTACCAGTCATATGCTTGTCATCCTCCCTGGATCCCACCTGCTTAGGATGAAgg > 4:263135/2‑149 (MQ=25) aCCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGCGCGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGACCACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCt > 1:234031/1‑112 (MQ=255) aCCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCt < 2:234031/111‑1 (MQ=255) ccTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAg < 5:361608/139‑1 (MQ=255) ccTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGAAGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTAAAACTAATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAg > 6:361608/1‑139 (MQ=255) cTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGtt > 6:199203/1‑93 (MQ=37) cTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGtt < 5:199203/93‑1 (MQ=37) cTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCAc < 4:84829/99‑1 (MQ=37) cTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCAc > 3:84829/1‑99 (MQ=37) cTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt < 6:390466/125‑1 (MQ=255) cTTTCGCGGGCTG‑CCGGCGAAAGGGT‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt > 5:390466/1‑125 (MQ=255) aG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAg < 1:250331/149‑1 (MQ=255) | GCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGACCCTTTCGCCGGCAG‑CCCGCGAAAGGGC‑CGGTTCAGGCTGTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAG > NC_002947/2272921‑2273214 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |