Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,287,276 | 0 | T | C | 26.9% | 33.2 / 14.1 | 27 | intergenic (+17/+24) | PP_2889/xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/6); new base C (5/2); total (18/9) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.61e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGT‑CAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATGC > NC_002947/3287145‑3287424 | tGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTACAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGt > 1:307333/1‑148 (MQ=255) ccAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTGGGT‑CAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCAccc > 1:291859/1‑149 (MQ=255) cTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACATTGCCTTGGT‑CAGCGCGGGGCACGATGTGCGAGGGGCGGGGGTGGGGGAGGACTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTTGGGccctgt > 5:68835/1‑139 (MQ=255) ggCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGT‑CAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCt > 1:223677/1‑149 (MQ=255) gTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGT‑CAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTccagc > 2:187228/1‑147 (MQ=255) gCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTc > 2:71721/1‑149 (MQ=255) gggggTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATACCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGc > 6:303552/1‑149 (MQ=255) gggggAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCtt > 6:74721/1‑149 (MQ=255) ggggAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTg < 5:74721/149‑1 (MQ=255) gTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAg < 2:223677/149‑1 (MQ=255) gTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGctgctg > 8:54835/1‑149 (MQ=255) tGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCtgtg > 5:26278/1‑149 (MQ=255) gggaaGTGTGGGCCCAAGGTGGGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGAGCGGCGCATGGGCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCtgtg < 6:132081/146‑1 (MQ=255) gTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCtgt > 7:216291/1‑147 (MQ=255) tgGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCAt < 5:303552/148‑1 (MQ=255) gggCCCAAGGTGCACACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa < 2:97203/141‑1 (MQ=255) gggCCCAAGGTGCACACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa > 1:97203/1‑141 (MQ=255) gCCCAAGGTGCACACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGag > 7:252881/1‑147 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAgg < 7:246506/140‑1 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAgg > 8:246506/1‑140 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCa < 8:216291/149‑1 (MQ=255) cccAAGGTGCACACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTg > 6:386371/1‑115 (MQ=255) cccAAGGTGCACACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTg < 5:386371/115‑1 (MQ=255) cccAAGGTGCACACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAt > 3:12659/1‑147 (MQ=255) cccAAGGTGCACACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAt > 5:214453/1‑147 (MQ=255) aaGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAg > 3:196525/1‑136 (MQ=255) aaGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAg < 4:196525/136‑1 (MQ=255) tgCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATgc > 2:398488/1‑149 (MQ=255) | TGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGT‑CAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACC‑TTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATGC > NC_002947/3287145‑3287424 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |