| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,499,508 | +C | intergenic (+85/‑79) | trpS → / → zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,499,506 | 1 | . | C | 95.9% | 142.5 / 0.5 | 49 | intergenic (+83/‑81) | trpS/zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (20/27); total (22/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
GCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCA‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑T‑‑TCGGGCA‑CG‑CCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGACGCGGCGCAG > NC_002947/1499361‑1499652 | gCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑cg < 4:362553/147‑1 (MQ=37)gCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCCTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGGGCAAGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑cg > 3:288984/1‑147 (MQ=37) cccGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑cg‑cccgctc < 4:69597/147‑6 (MQ=25) cccGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCTAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑GGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑cg‑cccgctc < 3:31443/147‑6 (MQ=25) ccGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTcc < 3:81482/147‑1 (MQ=25) cGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCca > 2:290464/1‑148 (MQ=25) gttaTGCGGCCATTCAGAGCCTCAACGACGCCTTGGCACCACAGCAGCACTGCGGCTGCCAACCGGGGGCCGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCca < 4:139383/144‑1 (MQ=18) aTGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAg > 2:106935/1‑147 (MQ=21) gCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGCAACACGCGCCCCGGTGCATTGCAC‑CCGCTTTTCCGGT‑GT‑TCGCCGGGAC‑CC‑CCGCGCCCACAGACTGAt > 7:20125/1‑148 (MQ=255) cATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTg > 2:289240/1‑148 (MQ=21) agCCTGTACCAAGCGTTGGCCCAACCGCAGGATTGAGGCGGCCAACGGGGGGTCGGGGGCGTGCCCGCTAAACCGGCGCCGGGGGGCTTGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGCCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTaa < 8:189173/148‑1 (MQ=12) agCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGGGGGGGATGGCAC‑CGGCTTTGGCGGT‑GT‑TA‑GCGGGCA‑CGCCCGCGGCCCCAGGCGGATTGCCAt > 3:67096/1‑145 (MQ=21) gCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACATCAGGACTGCGGCTGCAAAAGGGTGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAAACTGGGGCCGCGGTGCATGGCAC‑GGGCTTTGCGGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACATACTGATTGCCAt < 4:288984/144‑1 (MQ=18) 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cGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCa < 5:385937/147‑1 (MQ=25) tgCGTGCCCTCGAAACAGGAGCCGCGGTGCATGGCAA‑CGGCTTTGCCGTT‑GT‑TC‑GCGGGGA‑CGCCCGCTCCCAAAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACATTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATg < 4:330144/146‑1 (MQ=255) ccGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTccc > 4:247275/1‑146 (MQ=37) cgctAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCC‑CGCCCGCGCCCACCGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGGTGTTTGTTGCCTCGCTAACGAAGCATGACTccc > 5:270716/1‑145 (MQ=25) cgcgAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTccc > 3:5124/1‑145 (MQ=37) gcgAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGcc < 8:326290/122‑1 (MQ=25) gcgAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGcc > 7:326290/1‑122 (MQ=25) gcgAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTccc > 5:406656/1‑144 (MQ=37) cgAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa > 4:284930/1‑146 (MQ=37) cgAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGa < 2:288673/148‑1 (MQ=37) aaaCAGGCGCCGCGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAAc < 7:43506/148‑1 (MQ=37) cgccgcGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATc > 8:321553/1‑147 (MQ=37) ccgcGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACt < 4:282748/129‑1 (MQ=25) ccgcGGTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACt > 3:282748/1‑129 (MQ=25) gTGCATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGa < 3:247275/147‑1 (MQ=38) cATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTACCTTAGAACGCTATCAAGCAGATc < 2:409766/146‑1 (MQ=37) cATGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTACCTTAGAACGCTATCAAGCAGATc > 1:409766/1‑146 (MQ=37) aTGGCAC‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGa < 1:289240/148‑1 (MQ=38) ggCTTTGCCGGTGGT‑C‑‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTcc < 4:67096/147‑1 (MQ=39) cTTTGCCGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCGCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGa > 2:38228/1‑148 (MQ=39) ccGGT‑GT‑TC‑GCGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGActtc > 6:30473/1‑147 (MQ=255) tcgcGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCAt < 3:284930/143‑1 (MQ=255) gcGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGa < 6:109137/118‑1 (MQ=255) gcGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGa > 5:109137/2‑119 (MQ=255) cGGGCA‑CGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGAcg < 6:406656/147‑1 (MQ=255) g‑ccgcTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGACGCGGCGCAg < 3:151493/147‑1 (MQ=255) | GCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAACAGGCGCCGCGGTGCATGGCCA‑CGGCTTTGCCGGT‑GT‑T‑‑TCGGGCA‑CG‑CCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGACGCGGCGCAG > NC_002947/1499361‑1499652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |