| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 86.7% | 131.5 / 16.0 | 45 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/1); new base C (15/24); total (20/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCT‑GTAGGC‑GCGGG‑TTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑C‑GGGT‑AA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCG‑GGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAG > NC_002947/1126498‑1126785 | tGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCT‑GTAGGC‑GCGGG‑TTTTACCGCGAATGCGGAGGTATAGGCACCAACGCGATAG‑C‑GGGT‑aa‑a > 1:357926/1‑148 (MQ=255) ccgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCT‑GTAGGC‑GCGGGTTTTACCCCCCAA‑GCGGAGGGATAGCCACCAACGCATTAA‑CGGGGT‑AA‑A‑CCGCGcc > 2:236403/1‑148 (MQ=255) atCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCT‑GTAGGC‑GCGGG‑TTTAACCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCAACGCATTAG‑C‑GGGG‑AA‑ACCCGCTCCTACACagag > 2:112810/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |