| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1844134 = | 0 (0.000) | 70 (0.980) | 60/268 | 0.2 | 73.3% | coding (660/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | = 2179376 | 51 (0.710) | intergenic (+175/+93) | PP_1931/PP_5486 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCT > NC_002947/1843988‑1844277 | ttCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATG < 8:173468‑M1/147‑1 (MQ=255) tGGATTTCGATGGTTTCCAGGTGCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGT < 4:412089‑M1/146‑1 (MQ=255) caaaagacctcaagaacgactcacaacgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTc < 1:381261‑M1/4‑1 (MQ=255) ctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGc > 4:215777‑M1/137‑147 (MQ=255) tGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgt < 3:380118‑M1/147‑11 (MQ=255) aagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCgttg < 2:185920‑M1/15‑2 (MQ=255) aagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGtt < 5:122257‑M1/14‑1 (MQ=255) aagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGt > 2:304584‑M1/134‑146 (MQ=255) agaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGtt > 6:122257‑M1/133‑146 (MQ=255) tCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaac > 7:86979‑M1/1‑132 (MQ=255) tCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaa > 4:341653‑M1/1‑132 (MQ=255) tCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactg < 7:194131‑M1/139‑8 (MQ=255) gactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttct > 5:232333‑M1/128‑143 (MQ=255) gactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttct < 6:232333‑M1/16‑1 (MQ=255) cacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttctt > 6:427654‑M1/124‑140 (MQ=255) tCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgc < 3:341653‑M1/147‑23 (MQ=255) catcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttcttc > 5:260265‑M1/122‑139 (MQ=255) catcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttcttc < 6:260265‑M1/18‑1 (MQ=255) tcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCg > 3:316391‑M1/120‑147 (MQ=255) gccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaacgacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttctcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTc > 1:104010‑M1/118‑147 (MQ=255) ccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCt > 2:414442‑M1/117‑148 (MQ=255) cACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTGGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtct < 2:211260‑M1/148‑31 (MQ=255) aCGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtct < 3:193129‑M1/147‑31 (MQ=255) gccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCt > 4:318983‑M1/109‑146 (MQ=255) ccccagcacggcgatttgagctaaaccaggcaatttcttgcgagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCATGCGTTCTTCGATGTGGCCGTCTTTGAGCTGa > 6:203703‑M1/108‑147 (MQ=255) cGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttc > 3:154263‑M1/1‑110 (MQ=255) ggTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaa > 8:291799‑M1/1‑109 (MQ=255) cccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGAt < 3:65259‑M1/41‑1 (MQ=255) 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4:223222‑M1/116‑1 (MQ=255) acgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGTTGGTGCGGCTCATGAGCAGCGCCAACAGGCAGCTGAGTg < 4:281281‑M1/116‑1 (MQ=255) cgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCg > 1:32366‑M1/29‑101 (MQ=255) cgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCg < 2:32366‑M1/73‑1 (MQ=255) cgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCca < 5:111333‑M1/119‑1 (MQ=255) aGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactttgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccgtctggtagtagtgacagtggggacaatcatgcagcgagtcatcgaaggtgacgctcgaacgccggttacattgctgccggag > 6:46893‑M1/1‑30 (MQ=255) atttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATgc < 4:396961‑M1/92‑1 (MQ=255) atttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATgc > 3:396961‑M1/26‑117 (MQ=255) tttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACAGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑CGTCGTTGATGTTGCGGCTCATGCGCACCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCcaggcag < 2:152415‑M1/124‑1 (MQ=255) ttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCcaggcag < 5:52786‑M1/124‑1 (MQ=255) cAGCTCATGGCTGCCGTTGGTGcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatggaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctgga < 7:172850‑M1/147‑126 (MQ=255) aGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggac > 8:398267‑M1/1‑21 (MQ=255) gttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGa > 6:254759‑M1/17‑147 (MQ=255) cTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgac < 2:268810‑M1/148‑130 (MQ=255) tCATGGCTGACAATGGTCcagactgtgtgaaaacgaccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgac > 8:40575‑M1/1‑18 (MQ=255) ttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCa > 1:419788‑M1/14‑147 (MQ=255) cATGGCTGCCCAGGGTCccgactgtggcaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgacta < 1:182619‑M1/148‑132 (MQ=255) tGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggtagtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggaagactacg > 1:57423‑M1/1‑15 (MQ=255) cacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCcag < 3:220549‑M1/120‑1 (MQ=255) cacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCcag > 4:220549‑M1/12‑131 (MQ=255) cacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAg < 5:405537‑M1/135‑1 (MQ=255) cacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCaa > 3:319248‑M1/10‑147 (MQ=255) cTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtc > 4:282538‑M1/1‑12 (MQ=255) acagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGt < 4:32029‑M1/71‑1 (MQ=255) acagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGt > 3:32029‑M1/9‑79 (MQ=255) cagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAg < 8:133539‑M1/141‑1 (MQ=255) gCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcac > 5:84672‑M1/1‑10 (MQ=255) agcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAg > 5:144104‑M1/7‑147 (MQ=255) ctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGAGGGAGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCt < 1:132276‑M1/145‑1 (MQ=255) | TTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCT > NC_002947/1843988‑1844277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |