| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 441,326 | 0 | G | . | 24.5% | 129.7 / 41.5 | 49 | coding (207/1173 nt) | bioF | 8‑amino‑7‑oxononanoate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/13); new base . (7/5); total (31/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCG > NC_002947/441180‑441467 | cGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGtgt‑g < 3:421665/147‑1 (MQ=255) ccATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑ggg‑gg < 7:106696/148‑1 (MQ=255) ccATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑ggg‑g < 3:289237/147‑1 (MQ=255) ttGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCGGGCAATCGGCAGCAATGACGACCTGTGCCTGGCCCACCACCCCGAGGTGCTCGACGCCGGGCATGCCGGCGCCG‑CGCGCTGGGGTgg‑ggg‑ggggg > 8:45087/1‑148 (MQ=255) ggAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑ggg‑ggggggcctc > 2:129235/1‑144 (MQ=255) aaaGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCGTAAGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCAGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCt > 1:45800/1‑148 (MQ=255) aaaGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGccgc > 7:12259/1‑146 (MQ=255) ccGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGGCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGccc > 5:68287/1‑145 (MQ=255) ccGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGGCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGccc > 5:62017/1‑145 (MQ=255) ggCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑GG‑GGGGGGGGCCTCGCCCCTGGTAGt > 6:379258/1‑147 (MQ=255) gcGGAAGTGGGGGGGG‑CCGGCCAGCGGTTGGTGGCCTTCTGCACCAATGACAACCTGGGCCGGGCCAACCCCCCCGTGGTTTTCGCCCCCGGGCCGGCCGGCGCCG‑TGCGGTGGGGGGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTg < 2:40183/147‑1 (MQ=255) ggtCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCCCCTGGTATTTGGCCACAGCAc > 4:343598/1‑147 (MQ=255) g‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑‑G‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCAc > 8:148635/1‑148 (MQ=255) ggCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑‑G‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCa < 3:215800/147‑1 (MQ=255) ggCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑‑G‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCAt < 7:148635/148‑1 (MQ=255) gCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑‑G‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCTCAGCACCCCGCACCATCAGGt > 2:183184/1‑148 (MQ=255) ccGGTTGCTGGCCTTCTGCACCAATGACTACCTGGGGCTGGCCAACCCCCCCGAGGGTATCGCCGCCTGGCAGGCCGGGGCCG‑AGCGGGGGGGTGT‑GGGCGGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCa < 1:311368/147‑1 (MQ=255) cTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑‑G‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAaga < 1:129235/147‑1 (MQ=255) ggCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAagag > 2:38150/1‑148 (MQ=255) cagcaATGCCTACCTGGGCCGGGCCAACCACCCCGCGGTGATCGCCGCCGGGCAGGCCGGCGCCG‑AGGGGTGGGGGGT‑‑GG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTg < 7:89316/148‑1 (MQ=255) cagcaATGCCTACCTGGGCCGGCCCACCCCCCCCGAGGGGTACGCCGCCTGCCCGGCCGGCGCCGTCGCGGTGGGGT‑T‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTgg < 2:302842/146‑1 (MQ=255) cagcaATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGCCCTCGCCCCTGGTAGTTGGCCCCCGCACCCCGCACAATCAGGTGCAAGAGGCCCGGGc > 5:142542/1‑147 (MQ=255) cagcaATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑‑G‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCTCAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGa < 1:183184/148‑1 (MQ=255) caATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCCCCTGGTAGTTGGCCCCGCCCCCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCCCTGGCTGa > 6:388106/1‑147 (MQ=255) aaTGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTTGTTGGCCCCAGCCCCCCCCCCCAGCAGGTGGAAGAGGGCCTGGGTGaag > 2:61702/1‑147 (MQ=255) cTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCCCAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCGGAACTCAc > 3:402876/1‑147 (MQ=255) ccggggCCTGGCCACCCCCCCCGTGGTGTCCCCCGCGGGGCCGGCCGGCGCCG‑CGCGCGGGGGGGG‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGgc < 8:147243/145‑1 (MQ=255) cTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTgggt > 7:3849/1‑133 (MQ=255) cTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑GG‑GGGGGGGGCCACCCACATGGTAGTTGCCCACAGCACCCGGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGCACTCACCGgcc > 4:89045/1‑147 (MQ=255) tGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑GG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCCCCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAAATCACCGgccgc > 2:259802/1‑148 (MQ=255) ccACCCCCCCCGCTGTGATCCCCGCCTGGCAGGCCGGCCCCG‑CGCGGTGGGGGGG‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTGGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCgcgcgc < 7:45087/148‑1 (MQ=255) aaCCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGccc > 8:18277/1‑148 (MQ=255) ccaccCCGTGGTGTCGGCCGCGGGGGCGGCGGGGGCCG‑CGGGGTGGGGGGG‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCt < 4:402876/147‑1 (MQ=255) ccccccGCGGTTTTCGCCGCCTGGCCGGCCGGGGCCG‑CGCGGGTGGGGGG‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCtgt < 2:14769/146‑1 (MQ=255) ccccGCGGTGATCGCCGCCGGGCCGGCCGGGGCCG‑ACCGCGGGGGGGG‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCtgtt < 3:344064/147‑1 (MQ=255) ccGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGTGGGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTTGTTGGCCCCCGCACCCCGCCCAATCAGGTTGAAGGGGCACTGGGTGAACACACCGGCCGCCCGCGCGCCCggttgt > 1:187611/1‑148 (MQ=255) ccGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCAGCCCCCGTGGTAGTTGCCCCACCCCCCCCGCCCAAAAGGGTTTAAGAGGCCCTGGATTAAAACCCCGCCCCCCCGCCCGCCCGgtggtt > 2:83228/1‑148 (MQ=255) ccGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑GG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCTTCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCCCCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTtc > 7:355953/1‑148 (MQ=255) ccGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑‑GG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTgttgtt > 4:184367/1‑147 (MQ=255) cggTGATCCCCGCCGGGCAGGCCGGCGCCG‑AGGGCTGGGGGGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTtct < 6:138863/146‑1 (MQ=255) tCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GTG‑GGGGGGGGCCACGAACATGGAATTTGCCAACACAACCCCGCACAAACAGGTAAAATAGACACAGGGTAAAATCAACGCCACCCCCCGCGCCCTGTTGTACTCCAcc > 4:98118/1‑146 (MQ=255) gccgccTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACATGGTATTTGGCCACCGAACACCCCCCCAGCAGCTTAAAGAGGCAGGGGCTGAAATAACCGCCCGCCCCCCCGCCCTGTTGTACTCCCCCgga > 2:295048/1‑146 (MQ=255) cgccTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCCCCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCtat > 7:338514/1‑148 (MQ=255) cTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCCCACCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGCGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTgttgtt > 1:190082/1‑132 (MQ=255) ccGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCGGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAAta > 3:336734/1‑146 (MQ=255) ccGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCGCGCACCTGGTAGTTGGCCCCAGCCCCCCGCCCCAGCAGGTTGCTGCGGCACGGGCTGACAACACCGGCCGCCCGCGCGCCCGGTTGTGGTCCACCGGCTATATGGCCAATc > 5:237692/1‑147 (MQ=255) ggCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCGTCGCACCTGGTAGTTGGCCCCAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCCCTGGCTGAACTCACCGGCCCCCCCCGCGCCCTGTTGTTATCCACCGGCTATATGGCCAATCTg > 5:191063/1‑147 (MQ=255) ggcCG‑CGCGGGGGGGGGG‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTggg < 6:142542/146‑1 (MQ=255) gcCG‑AGCGCTGGGGTGTGGGG‑GGGGGGGGCCACCCACCTGGTATTTGGCCACAGCACCCCGCCCCAACAGGTTGAAGAGGCACTGGGTGAAAACACCGGCCCCCCGCGCGCCCTGTTGTAATCCACCGGCTATATGGCCAATCTggg > 4:378006/1‑147 (MQ=255) ccG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGgcgc < 7:18277/148‑1 (MQ=255) cccccgggggggg‑ggg‑ggggGCCGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCANCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCAt < 1:243622/142‑1 (MQ=255) cgcTGGGGTGG‑GGG‑GGGGTGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCAACAGCACCCCGCACCATCAGTTTGAAGATGCTCTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCTCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCa < 2:45800/148‑1 (MQ=255) gggggggTGG‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCAc < 8:336087/145‑1 (MQ=255) gcTGGGGTGTGGGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCCCCCCGCACCAACAGGTTGAAGAGGCACTGCCTGAACAAACCGGCCCCCCCCGCGCCCTGTTGTTATCAACCGGCTATATGGCAAATCTGGGCGCCATc > 3:408686/1‑147 (MQ=255) gggTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCCCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACcgcg > 1:383836/1‑148 (MQ=255) | CGGCCATTGCTGGAAAGCCCGCAAGGGCCGGAAGTGGTGGTCG‑ACGGCCAGCGGTTGCTGGCCTTCTGCAGCAATGACTACCTGGGCCTGGCCAACCACCCCGAGGTGATCGCCGCCTGGCAGGCCGGCGCCG‑AGCGCTGGGGTGT‑GGG‑GGGGGGGGCCTCGCACCTGGTAGTTGGCCACAGCACCCCGCACCATCAGGTTGAAGAGGCACTGGCTGAACTCACCGGCCGCCCGCGCGCCCTGTTGTTCTCCACCGGCTATATGGCCAATCTGGGCGCCATCACCGCG > NC_002947/441180‑441467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |