| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,348,705 | 0 | A | G | 55.1% | ‑3.0 / 112.5 | 89 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/23); new base G (23/26); total (40/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACC > NC_002947/4348591‑4348848 | cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 1:256824/147‑1 (MQ=14)cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt > 3:268668/1‑147 (MQ=31)cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTACGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 1:345844/147‑1 (MQ=14) gCATTACGGTTACCAACGAGACGGCTACGCCGTCTGGCGGCATAACCTGTGCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCGTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 6:119417/146‑1 (MQ=11) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTgg > 3:286187/1‑146 (MQ=32) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGc > 2:136783/1‑146 (MQ=17) tACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATACCGTCGCCTTTCGACGCGCGGCAGCACAGGGGCa‑a > 3:265797/1‑146 (MQ=12) tACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGACACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCAGTCGCCTTTCTACGCGCGGCAGCACAGTGGCA‑Ag > 3:271101/1‑147 (MQ=255) aCGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAg > 8:207882/1‑139 (MQ=11) aCGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAg < 7:207882/139‑1 (MQ=11) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCg < 5:260845/146‑1 (MQ=34) ttACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTAc < 4:268668/147‑1 (MQ=34) ccAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGa < 1:217019/147‑1 (MQ=34) aaCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGAtc > 6:105302/1‑147 (MQ=21) cGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTcc < 7:395074/148‑1 (MQ=34) gCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGCCTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGAGGCA‑AGCGGACAGATCTCCGAggg > 6:254257/1‑146 (MQ=11) gCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGt < 5:334097/147‑1 (MQ=34) cGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCACAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAAtt < 1:220669/148‑1 (MQ=255) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcg < 7:82291/148‑1 (MQ=21) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTc > 6:73609/1‑147 (MQ=21) tACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcg < 5:73609/147‑1 (MQ=21) cTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCTGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgc < 1:168472/146‑1 (MQ=21) tGGCGGCATAACCTGTTCGTCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgcg < 3:276055/146‑1 (MQ=21) tGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGa < 5:44412/147‑1 (MQ=34) cggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAAATCGCGCGACCtt > 8:138391/1‑148 (MQ=21) cggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAg < 2:349923/130‑1 (MQ=35) cggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAg > 1:349923/1‑130 (MQ=35) ggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCtt < 5:347318/147‑1 (MQ=34) ggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCtt < 4:118507/147‑1 (MQ=34) cATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCt > 1:213572/1‑148 (MQ=21) cATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCt < 2:7572/148‑1 (MQ=21) aTAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCt > 4:288326/1‑147 (MQ=21) tAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc > 2:200646/1‑148 (MQ=21) tAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCCGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc > 1:123419/1‑148 (MQ=21) aCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCtt < 2:43700/148‑1 (MQ=21) ccTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGTCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑CGGGTACAGCTCTGCCAGGGTACTTCGGGCGACCTGCGTGCtga > 8:193811/1‑146 (MQ=11) ccTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa < 7:17047/148‑1 (MQ=34) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCTGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTTCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa < 6:226652/147‑1 (MQ=255) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa < 5:83182/147‑1 (MQ=21) tCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCACCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATg < 5:24612/145‑1 (MQ=21) tCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATg < 3:33823/145‑1 (MQ=34) cGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTc < 1:208819/135‑1 (MQ=34) cGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTc > 2:208819/1‑135 (MQ=34) ccTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCg < 6:336503/147‑1 (MQ=34) cTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAg < 2:184428/111‑1 (MQ=25) cTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAg > 1:184428/1‑111 (MQ=25) tggCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTa < 5:178538/147‑1 (MQ=21) tggCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTa < 3:104821/147‑1 (MQ=34) ggCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTGATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc > 5:234871/1‑147 (MQ=21) gcgcGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACg < 7:100139/147‑1 (MQ=34) cgcgGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACg < 5:105302/146‑1 (MQ=21) gcgGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTca < 2:213572/148‑1 (MQ=21) cgGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGa > 7:44064/1‑138 (MQ=34) cgGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGa < 8:44064/138‑1 (MQ=34) cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTcc > 7:203487/1‑148 (MQ=21) cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACg < 7:133883/136‑1 (MQ=34) cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACg > 8:133883/1‑136 (MQ=34) cACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTg > 7:275569/1‑112 (MQ=25) cACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTg < 8:275569/112‑1 (MQ=25) aCTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGt > 5:55852/1‑146 (MQ=21) aCTTACTACGGCTGCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTg < 6:140126/147‑1 (MQ=21) tacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAt > 1:36076/1‑148 (MQ=21) cGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAtt < 7:138391/147‑1 (MQ=21) ggCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAtt < 2:212048/146‑1 (MQ=34) ggCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAtt > 1:212048/1‑146 (MQ=34) 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cTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCGCAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt > 8:73038/1‑148 (MQ=21) tGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGCTCTCCGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt > 6:318915/1‑147 (MQ=255) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCATGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGc < 2:270480/147‑1 (MQ=21) cACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgtg < 2:123419/146‑1 (MQ=34) aCGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACg < 4:45908/104‑1 (MQ=25) aCGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCA‑AGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACg > 3:45908/1‑104 (MQ=25) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |