| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,719,255 | Δ1 bp | 6.4% | coding (382/585 nt) | nfuA → | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,719,255 | 0 | A | . | 6.4% | 241.7 / 10.4 | 78 | coding (382/585 nt) | nfuA | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/37); new base . (2/3); total (38/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
GCGCTGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGC > NC_002947/2719108‑2719402 | gcgcTGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACCAAGACAGCCCCATCAACGAACGAATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGgccac > 7:14512/1‑148 (MQ=255) cTGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGgccagcca > 8:333429/1‑149 (MQ=255) tGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCAt > 1:349348/1‑149 (MQ=255) tCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGAACATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATAAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACAGAGATCAACCCCGGACTGGCCAGCCAAggc > 8:23503/1‑149 (MQ=255) gACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCC‑GCCATggctgg > 8:206569/1‑146 (MQ=255) taatccACAGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACAAACAAGGCGCAAAACGCCAAGGTGCCGATTGTCAAAGAAGACAGCAAGATCAACGAAAGTATAAACTAGAACCTACAGACAGAGATCAACCCCGGCCTTGCCACACATggc‑ggc > 6:373359/5‑147 (MQ=255) cGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAgg < 1:13274/149‑1 (MQ=255) cGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAgg < 3:323075/149‑1 (MQ=255) gCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGCCCGAGGTCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGt > 5:394603/1‑149 (MQ=255) cgaccgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGcc < 3:77638/149‑1 (MQ=255) cgaccgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGcc > 4:77638/1‑149 (MQ=255) cgaccgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAggccgggg < 7:206569/149‑7 (MQ=255) accgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtg < 5:140498/149‑1 (MQ=255) accgCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCtg < 3:269923/149‑1 (MQ=255) tGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGAc < 7:333429/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTgg < 2:219002/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTgg > 1:389828/1‑149 (MQ=255) gCCATCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGt < 6:282166/148‑1 (MQ=255) 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cAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTg > 1:345848/1‑149 (MQ=255) aaCGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGAc > 3:233943/1‑120 (MQ=255) aaCGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGAc < 4:233943/120‑1 (MQ=255) cGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGt > 4:127212/1‑149 (MQ=255) gCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGtt > 8:366317/1‑149 (MQ=255) cAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCg > 6:175080/1‑149 (MQ=255) gTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGCCCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCggtgg > 6:239237/1‑149 (MQ=255) gTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCggtgg > 2:251169/1‑149 (MQ=255) gTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCggtgg < 5:251919/149‑1 (MQ=255) tGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCggtggt < 8:205048/149‑1 (MQ=255) ccGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGgtggtg < 7:366317/148‑1 (MQ=255) 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aCGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGt > 5:350557/1‑149 (MQ=255) cGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTAc > 4:360515/1‑122 (MQ=255) cGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTAc < 3:360515/122‑1 (MQ=255) gAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTg > 3:4797/1‑149 (MQ=255) aGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCg < 3:127212/149‑1 (MQ=255) gCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAg > 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> 6:233471/1‑149 (MQ=255) | GCGCTGGTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGT‑GGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGC > NC_002947/2719108‑2719402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |