| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,586,056:1 | +C | 68.0% | intergenic (+139/+76) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,586,056 | 1 | . | C | 68.0% | 53.4 / 24.3 | 25 | intergenic (+139/+76) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/5); new base C (6/11); total (9/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATG > NC_002947/4585914‑4586180 | ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGGAGCTGCATTGAAAGGTTGAGGATCAACCGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGAATTGATCGGGCGGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTGCTACAAGGGA‑ccgtg > 8:300665/1‑145 (MQ=255) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGc > 7:291195/1‑149 (MQ=39) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGc > 2:310077/1‑149 (MQ=39) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTTCCAGGGACC‑GTGCCGGCCtt < 7:300665/148‑1 (MQ=39) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTg < 3:317330/149‑1 (MQ=39) cgatgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGaa < 6:377349‑M1/39‑1 (MQ=255) cGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgc < 2:244683/149‑1 (MQ=39) ccGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTAGGCAACGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑CTGCCCGCCATGAAAgcggac > 5:120921/1‑146 (MQ=37) cGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCt > 1:196784/1‑149 (MQ=39) 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aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcg < 4:4379/129‑1 (MQ=38) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcg > 3:4379/1‑129 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTACTACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 1:310077/148‑1 (MQ=255) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 2:196784/146‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAcc < 8:291195/148‑1 (MQ=38) ctCCAGTGAAAGGTTGAGGATGAGCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 4:78934/147‑1 (MQ=37) ctttGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGGATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGTGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 6:120921/145‑1 (MQ=37) ctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg < 6:211500‑M1/55‑1 (MQ=255) ctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg > 5:211500‑M1/39‑93 (MQ=255) ttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCGTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCCCCTCACCCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTgatctccc < 7:15817‑M1/143‑3 (MQ=255) gGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATg < 7:252937‑M1/148‑1 (MQ=255) gGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATg < 1:240989‑M1/148‑1 (MQ=255) | TTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATG > NC_002947/4585914‑4586180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |