New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1419549 | 24 (0.380) | 20 (0.320) | 14/260 | NT | 31.9% | intergenic (‑38/+98) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1419636 | 62 (1.000) | intergenic (‑125/+11) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCA > NC_002947/1419401‑1419687 | caggcaGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C < 8:266686‑M1/147‑1 (MQ=255) cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C < 8:38618‑M1/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C < 3:290633‑M1/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTATGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cc > 7:7748‑M1/1‑148 (MQ=255) ggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgc > 4:249289‑M1/1‑141 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTGTGTTGTGTTGTCGGTGGTCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGATG‑G‑Cctcttcgcgg > 1:301618‑M1/1‑139 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgg < 6:142350‑M1/149‑11 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGGTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGGTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgg < 3:389814‑M1/149‑11 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcac > 5:365586‑M1/1‑135 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcac > 1:380280‑M1/1‑135 (MQ=255) ttCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgccc < 6:347662‑M1/149‑19 (MQ=255) tGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcgtgcccgcgaa < 3:249289‑M1/149‑24 (MQ=255) tGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcc < 8:43730‑M1/149‑24 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTTGTAGAAGAAGGGATTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTTTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccac < 2:301618‑M1/149‑27 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctccca > 7:247186‑M1/1‑122 (MQ=255) gCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGTTAGAAGAAGGTCTTGCCGACTGTTGTGGGTTCTTTTGGGTTGGCGGTGGGCATTTTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGTGCTGTC‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAc < 4:155997/149‑1 (MQ=37) gCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacaggtac < 4:265409‑M1/149‑33 (MQ=255) cGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacaggtact < 1:161396‑M1/149‑34 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacaggtactgt < 6:365586‑M1/149‑36 (MQ=255) aGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCa < 8:329029/148‑1 (MQ=255) gttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGc < 6:245315/149‑1 (MQ=255) ttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCCCCGGTACTGTGCAGTggg > 8:19500/1‑147 (MQ=255) cTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 2:315231/149‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCATGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 7:339624/147‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 7:276680/147‑1 (MQ=255) ttgtaGCTGGGCTTGCCGTCTGTGGTGGGTTCTGTTGTTTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGa < 4:234008/145‑1 (MQ=38) aGGTCTTGGCGTCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGGTGTCGGTGGGCTTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑CGTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCTCAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg < 3:137925/149‑1 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg < 5:141460/149‑1 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg > 7:156606/1‑149 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGGGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGTCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg < 4:331310/149‑1 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTTGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 8:7748/149‑1 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtgg < 3:278711‑M1/149‑67 (MQ=255) tCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGTCAG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtggga < 8:195875‑M1/149‑69 (MQ=255) gcggactGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccaaagccgtgacgcactgcacagtacctgtgggagcg < 7:99746‑M1/145‑72 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGc < 5:253313/147‑1 (MQ=255) gCCGACTGGGGTGGGTTCGTTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGc < 8:247186/147‑1 (MQ=38) ccGTCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCGTGGATTCTGGGGTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCggg < 4:48677/149‑1 (MQ=38) ccGACTGGGGGGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGGGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 2:380280/148‑1 (MQ=38) cGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 4:197985/149‑1 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtgggagc < 4:266669‑M1/144‑71 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtgggagc > 3:266669‑M1/1‑74 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctc > 4:118255‑M1/1‑62 (MQ=255) tgcTGTTGTGTTGTGGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCGTGGATTCTGGGTGGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCTGTGCGTGAGGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAaga < 6:134704/147‑1 (MQ=25) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg > 8:79162/1‑124 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg < 7:79162/124‑1 (MQ=255) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCt < 6:247969/78‑1 (MQ=255) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCt > 5:247969/1‑78 (MQ=255) cTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCa > 7:76959/1‑149 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCA > NC_002947/1419401‑1419687 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |